More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01325 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 314 aa  644    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  81.79 
 
 		 314 aa  545  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  66.77 
 
 		 316 aa  446  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  67.11 
 
 		 315 aa  436  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  61.15 
 
 		 316 aa  413  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  61.04 
 
 		 314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  60.71 
 
 		 314 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 336 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 314 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 329 aa  379  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 329 aa  379  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 317 aa  381  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 329 aa  357  1.9999999999999998e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.74 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 315 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.75 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  34.5 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 301 aa  170  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 311 aa  169  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.76 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.88 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.12 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  34.29 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 319 aa  166  5e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 432 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.31 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 301 aa  164  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 321 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 310 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.65 
 
 		 323 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 300 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 310 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 326 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 323 aa  156  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 322 aa  153  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 297 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 319 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 321 aa  151  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 297 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>