More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01252 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009091  P9301_06101  glycogen branching enzyme  44.18 
 
 
754 aa  651    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03284  glycogen branching enzyme  48.06 
 
 
728 aa  657    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0237204  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0282  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.06 
 
 
728 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.890555  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2740  glycogen branching enzyme  47.66 
 
 
736 aa  638    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.296268  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4058  glycogen branching enzyme  47.91 
 
 
736 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3632  glycogen branching enzyme  48.06 
 
 
728 aa  657    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1475  glycogen branching enzyme  48.15 
 
 
740 aa  684    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0239  glycogen branching enzyme  53.76 
 
 
775 aa  649    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0137851  normal  0.599627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6323  glycogen branching enzyme  48.96 
 
 
712 aa  676    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0125562  normal  0.86015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3840  glycogen branching enzyme  47.78 
 
 
728 aa  647    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.933712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1494  glycogen branching enzyme  47.89 
 
 
746 aa  681    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2762  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.55 
 
 
741 aa  646    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.184347  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0117  glycogen branching enzyme  55.14 
 
 
729 aa  815    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3657  glycogen branching enzyme  48.75 
 
 
736 aa  680    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0888692  normal  0.0129978 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1785  glycogen branching enzyme  47.77 
 
 
736 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.146996  normal  0.282857 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1049  glycogen branching enzyme  47.92 
 
 
755 aa  651    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.145385  normal  0.795016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2491  glycogen branching enzyme  47.03 
 
 
741 aa  654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00781855  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3911  glycogen branching enzyme  48.06 
 
 
728 aa  657    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0582  glycogen branching enzyme  47.03 
 
 
749 aa  639    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0020  glycogen branching enzyme  44.95 
 
 
755 aa  662    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.663134  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4229  glycogen branching enzyme  48.34 
 
 
750 aa  651    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06401  glycogen branching enzyme  45.09 
 
 
755 aa  664    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.636304  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2058  glycogen branching enzyme  47.4 
 
 
740 aa  649    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0222807  normal  0.370562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1207  glycogen branching enzyme  48.61 
 
 
716 aa  695    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4647  glycogen branching enzyme  48.2 
 
 
728 aa  670    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.616835 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3960  1,4-alpha-glucan branching protein  50.63 
 
 
763 aa  663    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.169565  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4616  glycogen branching enzyme  45.78 
 
 
764 aa  661    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.490681 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2714  1,4-alpha-glucan branching enzyme  57.1 
 
 
784 aa  718    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0904  glycogen branching enzyme  48.53 
 
 
749 aa  671    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2536  glycogen branching enzyme  48.61 
 
 
743 aa  667    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.507075 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2448  glycogen branching enzyme  50.28 
 
 
728 aa  705    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7032  glycogen branching enzyme  46.73 
 
 
735 aa  636    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.131595  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0919  glycogen branching enzyme  44.5 
 
 
764 aa  646    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.144042  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1018  glycogen branching enzyme  44.28 
 
 
765 aa  640    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.650452  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1357  glycogen branching enzyme  48.11 
 
 
743 aa  679    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.513069 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0511  glycogen branching enzyme  47.04 
 
 
726 aa  654    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.971764  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2745  glycogen branching enzyme  52.2 
 
 
634 aa  671    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225912  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0584  glycogen branching enzyme  44.3 
 
 
754 aa  653    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1085  glycogen branching enzyme  46.95 
 
 
774 aa  677    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000217496 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0717  glycogen branching enzyme  46.45 
 
 
746 aa  641    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1248  glycogen branching enzyme  47.83 
 
 
745 aa  671    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18371  glycogen branching enzyme  43.58 
 
 
756 aa  640    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.801014 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2576  glycogen branching enzyme  51.78 
 
 
740 aa  727    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.894399  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5489  glycogen branching enzyme  47.91 
 
 
732 aa  654    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461102  decreased coverage  0.0000652942 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10681  glycogen branching enzyme  44.16 
 
 
759 aa  644    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.134433  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1111  glycogen branching enzyme  50.56 
 
 
728 aa  709    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.827586  normal  0.454122 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2191  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.11 
 
 
737 aa  677    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3681  glycogen branching enzyme  48.08 
 
 
812 aa  646    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.024212  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1882  glycogen branching enzyme  48.88 
 
 
716 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.655867  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1658  glycogen branching enzyme  47.09 
 
 
721 aa  637    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0104457  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3113  glycogen branching enzyme  53.32 
 
 
638 aa  649    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2162  glycogen branching enzyme  51.44 
 
 
625 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.750455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0987  glycogen branching enzyme  52.23 
 
 
729 aa  734    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0160232 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1316  1,4-alpha-glucan branching enzyme  49.03 
 
 
728 aa  703    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3680  glycogen branching enzyme  48.61 
 
 
716 aa  672    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1367  glycogen branching enzyme  50 
 
 
725 aa  680    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2863  glycogen branching enzyme  48.84 
 
 
736 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3484  glycogen branching enzyme  48.54 
 
 
716 aa  672    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1331  glycogen branching enzyme  47.83 
 
 
743 aa  682    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1464  glycogen branching enzyme  49.58 
 
 
716 aa  700    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06401  glycogen branching enzyme  44.43 
 
 
754 aa  653    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.556362  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1294  1,4-alpha-glucan branching enzyme  48.11 
 
 
732 aa  645    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1332  glycogen branching enzyme  46.56 
 
 
736 aa  635    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.802487  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4006  glycogen branching enzyme  48.39 
 
 
727 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0316  glycogen branching enzyme  54.11 
 
 
722 aa  758    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1636  glycogen branching enzyme  66.62 
 
 
729 aa  1054    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04851  glycogen branching enzyme  54.66 
 
 
742 aa  810    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1133  glycogen branching enzyme  48.76 
 
 
725 aa  692    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2677  glycogen branching enzyme  50 
 
 
738 aa  716    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.810703  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1783  glycogen branching enzyme  50.64 
 
 
728 aa  693    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3153  glycogen branching enzyme  48.28 
 
 
732 aa  673    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.252202  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3070  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.62 
 
 
1217 aa  650    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.34783  normal  0.34128 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1463  1,4-alpha-glucan branching enzyme  52.02 
 
 
731 aa  763    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.433405  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0889  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.45 
 
 
807 aa  653    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1837  glycogen branching enzyme  44.47 
 
 
776 aa  649    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2758  glycogen branching enzyme  46.79 
 
 
745 aa  669    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2836  glycogen branching enzyme  47.07 
 
 
745 aa  674    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0958  glycogen branching enzyme  47.61 
 
 
695 aa  645    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.32011 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2165  glycogen branching enzyme  46.62 
 
 
744 aa  672    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5592  glycogen branching enzyme  46.88 
 
 
733 aa  635    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36710  glycogen branching enzyme  48.76 
 
 
732 aa  677    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.633943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1168  glycogen branching enzyme  46.25 
 
 
765 aa  655    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.159491 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0739  glycogen branching enzyme  50.22 
 
 
1224 aa  652    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.345275  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6497  glycogen branching enzyme  46.56 
 
 
736 aa  635    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3451  glycogen branching enzyme  52.03 
 
 
642 aa  641    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000151331 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0147  glycogen branching enzyme  48.53 
 
 
727 aa  647    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1518  glycogen branching enzyme  46 
 
 
728 aa  648    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2934  glycogen branching enzyme  46.65 
 
 
745 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0676  glycogen branching enzyme  52.03 
 
 
727 aa  662    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.214818  normal  0.407177 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4428  glycogen branching enzyme  48.54 
 
 
731 aa  681    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1806  glycogen branching enzyme  48.21 
 
 
749 aa  657    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2453  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.4 
 
 
841 aa  656    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0542  1,4-alpha-glucan branching enzyme  46.94 
 
 
732 aa  660    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217591  normal  0.258391 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2364  glycogen branching enzyme  56.89 
 
 
771 aa  874    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.056819 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1321  glycogen branching enzyme  47.83 
 
 
743 aa  682    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.975501  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1434  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.73 
 
 
631 aa  646    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.944975  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4118  glycogen branching enzyme  48.53 
 
 
727 aa  647    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.595644 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2024  glycogen branching enzyme  50.08 
 
 
677 aa  648    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136929  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1104  1,4-alpha-glucan branching enzyme  50.48 
 
 
729 aa  717    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2293  glycogen branching enzyme  47.51 
 
 
712 aa  657    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.467117  hitchhiker  0.000028583 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>