More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01092 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1699  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 1075 aa  664    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1544  transcriptional regulator, CadC  40.58 
 
 		 1089 aa  648    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0944  transcriptional regulatory protein-like protein  37.16 
 
 		 1131 aa  666    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.80445  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01092  transcriptional regulator  100 
 
 		 1092 aa  2247    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.974377  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2838  transcriptional regulator, CadC  39.58 
 
 		 1075 aa  645    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.199766  normal  0.195433 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0402  transcriptional regulator, CadC  36.35 
 
 		 1124 aa  659    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2580  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  40.58 
 
 		 1063 aa  663    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2647  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  38.94 
 
 		 1075 aa  665    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.15837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0799  transcriptional regulator, CadC  39.96 
 
 		 1102 aa  657    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2755  transcriptional regulator  37.53 
 
 		 1080 aa  668    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.647625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1508  transcriptional regulator, CadC  40.68 
 
 		 1089 aa  651    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.76281  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1517  transcriptional regulator, CadC  37.08 
 
 		 1067 aa  655    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1415  transcriptional regulator, CadC  37.29 
 
 		 1092 aa  650    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.931625  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0430  putative transcriptional regulator, CadC  35.62 
 
 		 1074 aa  601  1e-170  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4287  HEAT repeat-domain-containing protein-like protein  28.89 
 
 		 1194 aa  122  4.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1422  serine/threonine protein kinase  26.3 
 
 		 1046 aa  117  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5405  hypothetical protein  25 
 
 		 1073 aa  113  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5605  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.52 
 
 		 1823 aa  110  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.899312  normal  0.15288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4807  serine/threonine protein kinase  24.05 
 
 		 1078 aa  110  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.551353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  25.16 
 
 		 1481 aa  109  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0573  transcriptional activator domain-containing protein  25.16 
 
 		 1699 aa  108  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.836093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3295  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.28 
 
 		 1398 aa  107  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3207  WD-40 repeat-containing protein  26.18 
 
 		 1157 aa  107  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.357908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1417  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.61 
 
 		 1598 aa  104  8e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1272  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.78 
 
 		 1190 aa  103  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000159501 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3296  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.82 
 
 		 1547 aa  100  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.558559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7085  WD-40 repeat-containing protein  25.61 
 
 		 1265 aa  99  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  24.46 
 
 		 1553 aa  98.2  8e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  27.31 
 
 		 1510 aa  98.2  8e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3444  WD-40 repeat protein  24.24 
 
 		 1308 aa  97.8  9e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.777666  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3910  WD-40 repeat-containing protein  26.09 
 
 		 1152 aa  97.8  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3099  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.78 
 
 		 1599 aa  96.3  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.392467 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6551  serine/threonine protein kinase  26.17 
 
 		 1013 aa  94  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.285307 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2167  serine/threonine protein kinase  26.49 
 
 		 973 aa  91.7  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.037734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1092  serine/threonine protein kinase  24.62 
 
 		 969 aa  91.7  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1191  serine/threonine protein kinase  24.62 
 
 		 969 aa  90.9  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  23.79 
 
 		 1686 aa  90.5  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  24.14 
 
 		 1733 aa  91.3  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0571  serine/threonine protein kinase  24.84 
 
 		 965 aa  90.5  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.616948 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1241  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  40.78 
 
 		 412 aa  90.5  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0151467 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3451  WD40 repeat, subgroup  25.87 
 
 		 1357 aa  89.7  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1225  serine/threonine protein kinase  24.18 
 
 		 897 aa  89.4  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.692846  normal  0.0133766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6918  transcriptional regulator, XRE family  25.06 
 
 		 1334 aa  89.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00260237  hitchhiker  0.000100378 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2751  WD-40 repeat-containing protein  25.74 
 
 		 1355 aa  89  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4499  transcriptional regulator, CadC  35.77 
 
 		 711 aa  89  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000101526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6781  WD-40 repeat-containing protein  24.04 
 
 		 1230 aa  86.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.57679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0112  WD-40 repeat protein  25.88 
 
 		 1236 aa  87  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0636944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5302  serine/threonine protein kinase  22.93 
 
 		 972 aa  85.5  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3798  WD40 repeat, subgroup  24.45 
 
 		 1301 aa  85.1  0.000000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0372  serine/threonine protein kinase  22.31 
 
 		 1032 aa  84.3  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.904942 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3123  hypothetical protein  24.05 
 
 		 1392 aa  84  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1433  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  23.43 
 
 		 1583 aa  83.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3078  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.5 
 
 		 1711 aa  82.8  0.00000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.771707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2184  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  24.05 
 
 		 1240 aa  82.8  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.653337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  22.85 
 
 		 1609 aa  82.4  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3572  diguanylate cyclase  23.95 
 
 		 902 aa  82  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0276  WD-40 repeat-containing protein  24.84 
 
 		 994 aa  80.9  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03461  transcriptional regulator  34.93 
 
 		 205 aa  79  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3823  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  26.83 
 
 		 1617 aa  78.2  0.0000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0782446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1958  transcriptional regulator  30.06 
 
 		 928 aa  77.4  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3319  transcriptional regulatory protein-like protein  36.73 
 
 		 691 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.389048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0437  transcriptional regulatory protein-like protein  31.62 
 
 		 762 aa  77  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000809247  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6182  serine/threonine protein kinase  22.54 
 
 		 1314 aa  77  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3769  transcriptional regulator, CadC  28.69 
 
 		 756 aa  76.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0208668  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2159  serine/threonine protein kinase  23.5 
 
 		 1353 aa  77  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4295  WD-40 repeat-containing protein  22.29 
 
 		 1399 aa  75.9  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4252  WD-40 repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1424 aa  74.3  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.501692  normal  0.871737 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0794  tetratricopeptide TPR_4  24.57 
 
 		 539 aa  72.8  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.674308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0928  serine/threonine protein kinase  23.06 
 
 		 1005 aa  72.4  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3825  serine/threonine protein kinase  22.47 
 
 		 1014 aa  72  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.445982  normal  0.0369399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04004  DNA-binding transcriptional activator  30.56 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3858  transcriptional regulator, CadC  30.56 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4602  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.56 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00143405  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4374  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.56 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00319503  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5649  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.56 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000157695  normal  0.551738 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3894  DNA-binding transcriptional activator CadC  30.56 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2424  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  21.36 
 
 		 986 aa  72  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.918325  normal  0.204979 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03966  hypothetical protein  30.56 
 
 		 512 aa  71.6  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.992437  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4184  hypothetical protein  22.43 
 
 		 1657 aa  71.2  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4688  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.63 
 
 		 512 aa  70.5  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0563  transcriptional regulatory protein-like protein  31.43 
 
 		 678 aa  70.5  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1793  transcriptional regulator, XRE family  24.51 
 
 		 901 aa  69.7  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.03808  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2185  transcriptional regulator, winged helix family  25.44 
 
 		 956 aa  69.3  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4485  transcriptional regulator, CadC  38.64 
 
 		 520 aa  68.9  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0188012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  33.65 
 
 		 717 aa  68.6  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3384  transcriptional regulator, CadC  38.64 
 
 		 693 aa  68.2  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2494  DNA-binding transcriptional activator CadC  31.3 
 
 		 542 aa  68.2  0.0000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1024  hypothetical protein  23.29 
 
 		 1026 aa  68.2  0.0000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000341432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6167  transcriptional regulator, winged helix family  31.98 
 
 		 961 aa  67.8  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7125  WD-40 repeat-containing protein  22.12 
 
 		 1401 aa  67.4  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2911  transcriptional regulator, SARP family  24.9 
 
 		 885 aa  67.4  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00504446  hitchhiker  0.0000384659 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3769  DNA-binding transcriptional activator CadC  29.91 
 
 		 518 aa  67.4  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000389639  normal  0.0128814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1957  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 490 aa  67  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2232  serine/threonine protein kinase  22.22 
 
 		 1085 aa  67  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.235062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5333  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.11 
 
 		 1684 aa  66.6  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.90192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0607  putative transcriptional regulator, CadC  30.19 
 
 		 729 aa  67  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.178679 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2824  serine/threonine protein kinase  22.82 
 
 		 1020 aa  65.9  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.533566  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3508  putative transcriptional regulator  29.27 
 
 		 712 aa  65.5  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.189289  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3544  lysine decarboxylase transcriptional regulator, CadC  32.67 
 
 		 945 aa  65.5  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0810782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5304  transcriptional regulator, CadC  31.68 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>