More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01028 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2768  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  36.63 
 
 		 1286 aa  710    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01028  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  100 
 
 		 1336 aa  2780    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0681  exodeoxyribonuclease V beta chain  31.29 
 
 		 1208 aa  528  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.112115  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2111  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.52 
 
 		 1251 aa  513  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2534  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.38 
 
 		 1276 aa  503  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03301  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  31.12 
 
 		 1212 aa  502  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1936  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.23 
 
 		 1251 aa  501  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3263  exonuclease V subunit beta  31.06 
 
 		 1181 aa  500  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2047  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.52 
 
 		 1273 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.680974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2094  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.27 
 
 		 1273 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.780628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4565  hypothetical protein  30.97 
 
 		 1273 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002685  exodeoxyribonuclease V beta chain  30.73 
 
 		 1224 aa  496  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2279  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.97 
 
 		 1273 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02668  exonuclease V (RecBCD complex), beta subunit  30.46 
 
 		 1180 aa  491  1e-137  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.501353  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02629  hypothetical protein  30.46 
 
 		 1180 aa  491  1e-137  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.447852  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0991  exonuclease V subunit beta  30.45 
 
 		 1220 aa  492  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3042  exonuclease V subunit beta  30.54 
 
 		 1180 aa  493  1e-137  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3231  exonuclease V subunit beta  30.45 
 
 		 1220 aa  492  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1043  exonuclease V subunit beta  30.45 
 
 		 1220 aa  492  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0871  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.38 
 
 		 1180 aa  489  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3140  exonuclease V subunit beta  30.38 
 
 		 1180 aa  489  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1904  exodeoxyribonuclease V, 135 kDa subunit  30.07 
 
 		 1208 aa  488  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2291  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.34 
 
 		 1273 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3157  exonuclease V subunit beta  30.79 
 
 		 1181 aa  489  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2966  exonuclease V subunit beta  30.38 
 
 		 1180 aa  489  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0895  exonuclease V subunit beta  30.38 
 
 		 1180 aa  489  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.861993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  30.19 
 
 		 1170 aa  486  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  30.08 
 
 		 1180 aa  485  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2642  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.02 
 
 		 1229 aa  473  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3320  exonuclease V subunit beta  30.59 
 
 		 1181 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.602721 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3814  exonuclease V subunit beta  29.89 
 
 		 1183 aa  475  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565336  normal  0.0108471 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3220  exonuclease V subunit beta  30.51 
 
 		 1181 aa  474  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3389  exonuclease V subunit beta  30.08 
 
 		 1203 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3232  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.5 
 
 		 1240 aa  472  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0067022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1901  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.38 
 
 		 1224 aa  469  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0914  exonuclease V subunit beta  30.05 
 
 		 1194 aa  466  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51710  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.46 
 
 		 1226 aa  463  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.4 
 
 		 1224 aa  462  9.999999999999999e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4851  exodeoxyribonuclease V beta chain  31.23 
 
 		 1244 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.95 
 
 		 1223 aa  462  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1459  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.92 
 
 		 1226 aa  458  1e-127  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0681  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.31 
 
 		 1230 aa  452  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.639627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1169  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.47 
 
 		 1269 aa  452  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.54 
 
 		 1230 aa  446  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3007  exonuclease V subunit beta  30.42 
 
 		 1189 aa  442  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1986  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.65 
 
 		 1209 aa  439  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0259297  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4568  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.95 
 
 		 1263 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1852  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.71 
 
 		 1269 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.93 
 
 		 1207 aa  431  1e-119  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1774  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.59 
 
 		 1274 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2246  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.4 
 
 		 1263 aa  431  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.919114 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2148  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.58 
 
 		 1259 aa  429  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1757  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.52 
 
 		 1320 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2420  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  33.81 
 
 		 1238 aa  422  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.415139  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2149  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.02 
 
 		 1203 aa  420  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.277093  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0521  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.48 
 
 		 1274 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000558508 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0929  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.31 
 
 		 1216 aa  416  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2130  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.69 
 
 		 1223 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1893  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.77 
 
 		 1200 aa  412  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000174869 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0804  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.89 
 
 		 1242 aa  412  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.888497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1055  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.88 
 
 		 1203 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0011  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.04 
 
 		 1241 aa  402  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1777  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.81 
 
 		 1272 aa  400  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000848552 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.26 
 
 		 1199 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0372  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.15 
 
 		 1168 aa  390  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0389874  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55670  exodeoxyribonuclease V beta chain  33.47 
 
 		 1245 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.80629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0689  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  32.37 
 
 		 1229 aa  386  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0221198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1748  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.36 
 
 		 1241 aa  384  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4323  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.38 
 
 		 1236 aa  382  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.182798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4671  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.66 
 
 		 1224 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000828259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1614  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.38 
 
 		 1232 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0364449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1401  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.97 
 
 		 1221 aa  374  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1359  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.57 
 
 		 1226 aa  371  1e-101  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.182882  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4537  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.54 
 
 		 1224 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.227788  normal  0.354601 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4673  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.81 
 
 		 1224 aa  367  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.214082 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3206  exonuclease V subunit beta  32.09 
 
 		 1181 aa  363  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.146819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1270  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.92 
 
 		 1240 aa  363  1e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3140  exonuclease V subunit beta  31.98 
 
 		 1181 aa  362  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0344  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.91 
 
 		 1130 aa  352  2e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0324  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.85 
 
 		 1129 aa  350  1e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.904758 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0997  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.57 
 
 		 1203 aa  350  1e-94  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.749431 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0546  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  26.89 
 
 		 1183 aa  344  7e-93  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0579  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.33 
 
 		 1085 aa  344  8e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  31.44 
 
 		 1240 aa  341  5.9999999999999996e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1981  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.89 
 
 		 1259 aa  335  5e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.335433  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2851  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  27.84 
 
 		 1321 aa  333  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.191976  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2352  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.28 
 
 		 1355 aa  320  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2547  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.57 
 
 		 1198 aa  312  2.9999999999999997e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.789149 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2932  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.57 
 
 		 1198 aa  312  2.9999999999999997e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.09 
 
 		 1234 aa  310  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0918971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1848  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  30.78 
 
 		 1321 aa  308  6e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1098  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.25 
 
 		 1234 aa  304  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1746  UvrD/REP helicase  26.83 
 
 		 1243 aa  302  2e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.17 
 
 		 1200 aa  301  4e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03906  exodeoxyribonuclease V beta chain  28.21 
 
 		 1357 aa  298  3e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0735  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.38 
 
 		 2007 aa  296  2e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1814  exodeoxyribonuclease V beta chain  26.39 
 
 		 1242 aa  295  6e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1215  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.01 
 
 		 1235 aa  294  9e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.513189  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1188  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  29.04 
 
 		 1235 aa  294  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.513756  normal  0.625115 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2088  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  28.89 
 
 		 1236 aa  290  1e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>