More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01022 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  100 
 
 		 559 aa  1164    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  63.28 
 
 		 546 aa  743    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  49.91 
 
 		 554 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  49.54 
 
 		 551 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  49.36 
 
 		 554 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 		 554 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 		 554 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 		 554 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  49.17 
 
 		 554 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 		 554 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  48.8 
 
 		 554 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  49.72 
 
 		 554 aa  567  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  48.09 
 
 		 575 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  48.25 
 
 		 555 aa  558  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  47.43 
 
 		 551 aa  556  1e-157  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  47.51 
 
 		 551 aa  551  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  45.86 
 
 		 551 aa  545  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  46.41 
 
 		 555 aa  544  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  47.59 
 
 		 547 aa  523  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  45.8 
 
 		 555 aa  524  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  45.77 
 
 		 555 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  42.51 
 
 		 546 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  45.27 
 
 		 555 aa  495  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  45.27 
 
 		 555 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  44.94 
 
 		 551 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.07 
 
 		 563 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  44.28 
 
 		 547 aa  482  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  43.81 
 
 		 547 aa  481  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.2 
 
 		 563 aa  474  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.6 
 
 		 563 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  44.01 
 
 		 560 aa  461  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  41.8 
 
 		 563 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  41.58 
 
 		 558 aa  447  1.0000000000000001e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  42.96 
 
 		 559 aa  428  1e-118  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  39.7 
 
 		 598 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  39.7 
 
 		 598 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  39.7 
 
 		 553 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  39.51 
 
 		 553 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  40.49 
 
 		 566 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  39.78 
 
 		 555 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  39.42 
 
 		 555 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  28.55 
 
 		 607 aa  265  1e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 618 aa  258  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 604 aa  257  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 604 aa  257  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 604 aa  256  9e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  28.72 
 
 		 626 aa  255  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 623 aa  252  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 610 aa  251  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.42 
 
 		 610 aa  251  3e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 609 aa  246  6.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 		 596 aa  245  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 633 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 603 aa  243  5e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  29.1 
 
 		 605 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 		 620 aa  242  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  30.6 
 
 		 592 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 607 aa  241  2.9999999999999997e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 602 aa  241  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  28.33 
 
 		 610 aa  239  1e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  29.1 
 
 		 588 aa  239  1e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  27.36 
 
 		 610 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 601 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  28.92 
 
 		 601 aa  238  2e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 592 aa  238  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  28.99 
 
 		 590 aa  238  3e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 599 aa  236  8e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 		 612 aa  235  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  30.21 
 
 		 587 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  28.76 
 
 		 630 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  29.06 
 
 		 602 aa  233  7.000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 		 601 aa  233  8.000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3751  AMP-dependent synthetase and ligase  28.08 
 
 		 647 aa  232  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.673702 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 		 610 aa  232  1e-59  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  30.46 
 
 		 596 aa  232  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 		 603 aa  231  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 		 590 aa  230  6e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  29.37 
 
 		 602 aa  229  8e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.82 
 
 		 601 aa  229  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  28.96 
 
 		 616 aa  229  1e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 		 602 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  29.2 
 
 		 602 aa  228  2e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 		 594 aa  228  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  29.32 
 
 		 598 aa  227  4e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  25.74 
 
 		 592 aa  226  1e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  27.89 
 
 		 592 aa  225  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 		 603 aa  225  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 600 aa  225  2e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  27.67 
 
 		 615 aa  224  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  27.64 
 
 		 607 aa  224  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  27.68 
 
 		 610 aa  224  3e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  27.89 
 
 		 604 aa  224  4e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 607 aa  223  6e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  28.4 
 
 		 600 aa  223  7e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  26.84 
 
 		 609 aa  223  8e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  29.91 
 
 		 599 aa  223  9e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 		 597 aa  223  9e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  26.97 
 
 		 609 aa  223  9e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  26.22 
 
 		 663 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.55 
 
 		 601 aa  223  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>