More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00903 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  61.13 
 
 		 662 aa  842    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.98 
 
 		 662 aa  839    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  53.17 
 
 		 648 aa  682    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  56.55 
 
 		 690 aa  775    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  59.46 
 
 		 654 aa  809    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  50.52 
 
 		 642 aa  656    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  49.78 
 
 		 641 aa  653    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  60.98 
 
 		 662 aa  840    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  100 
 
 		 679 aa  1414    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.89 
 
 		 649 aa  669    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.07 
 
 		 642 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  49.18 
 
 		 639 aa  658    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  50.6 
 
 		 636 aa  651    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.57 
 
 		 642 aa  667    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.7 
 
 		 653 aa  639    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  61.72 
 
 		 659 aa  853    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.59 
 
 		 641 aa  671    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.44 
 
 		 646 aa  725    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.55 
 
 		 664 aa  654    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.98 
 
 		 662 aa  840    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.63 
 
 		 651 aa  681    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.59 
 
 		 641 aa  678    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  62.82 
 
 		 681 aa  848    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  61.14 
 
 		 658 aa  833    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.63 
 
 		 665 aa  827    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  57.29 
 
 		 669 aa  758    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.41 
 
 		 645 aa  678    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.54 
 
 		 658 aa  823    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  38.27 
 
 		 637 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  45.86 
 
 		 615 aa  316  9e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.77 
 
 		 617 aa  314  3.9999999999999997e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  32.31 
 
 		 632 aa  311  2.9999999999999997e-83  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.78 
 
 		 617 aa  299  1e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.12 
 
 		 707 aa  297  3e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3822  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.46 
 
 		 615 aa  298  3e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.51 
 
 		 709 aa  296  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.21 
 
 		 626 aa  295  2e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0514  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.83 
 
 		 599 aa  295  3e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.58 
 
 		 602 aa  294  4e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0041  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.51 
 
 		 615 aa  294  4e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00446699  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.23 
 
 		 709 aa  294  5e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6833  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.57 
 
 		 708 aa  293  8e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0072  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.29 
 
 		 674 aa  293  9e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.234386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.45 
 
 		 607 aa  292  1e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.76 
 
 		 626 aa  291  3e-77  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.03 
 
 		 707 aa  290  4e-77  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  46.18 
 
 		 607 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.05 
 
 		 716 aa  290  6e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2541  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.99 
 
 		 646 aa  290  8e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0694576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1991  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 593 aa  290  8e-77  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0252  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.33 
 
 		 602 aa  289  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.810621  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0469  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.14 
 
 		 607 aa  288  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1229  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.47 
 
 		 779 aa  288  2e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1951  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.69 
 
 		 729 aa  288  2.9999999999999996e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2442  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.12 
 
 		 606 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 609 aa  288  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.41 
 
 		 594 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.9 
 
 		 611 aa  287  4e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 609 aa  287  4e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 609 aa  287  4e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 611 aa  287  4e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.16 
 
 		 607 aa  287  5e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0053  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.08 
 
 		 619 aa  287  5e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0383  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 607 aa  287  5.999999999999999e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  42.6 
 
 		 609 aa  286  8e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0409  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 607 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000268253 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0384  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 607 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  42.6 
 
 		 611 aa  286  9e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.31 
 
 		 607 aa  286  9e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000632462 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0297  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.53 
 
 		 725 aa  286  9e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2928  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.92 
 
 		 728 aa  286  1.0000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000212564  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.6 
 
 		 611 aa  286  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.69 
 
 		 608 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.62 
 
 		 610 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.56 
 
 		 609 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.87 
 
 		 599 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.83 
 
 		 607 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2656  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.49 
 
 		 790 aa  283  5.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.343812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0328  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.18 
 
 		 721 aa  283  8.000000000000001e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.6 
 
 		 736 aa  283  1e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.765409 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.03 
 
 		 608 aa  282  1e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.88 
 
 		 737 aa  281  2e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0884  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.88 
 
 		 595 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.385904  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0838  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.17 
 
 		 527 aa  281  2e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0327  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.24 
 
 		 724 aa  281  2e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.946569  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.83 
 
 		 607 aa  282  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1920  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  44.28 
 
 		 563 aa  281  3e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.000000000199537  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.42 
 
 		 731 aa  281  3e-74  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.83 
 
 		 607 aa  281  3e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4797  ATP-dependent DNA helicase RecQ  38.72 
 
 		 590 aa  281  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.121709 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0061  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.34 
 
 		 647 aa  281  4e-74  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0888  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.6 
 
 		 595 aa  281  4e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.73 
 
 		 608 aa  280  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.06 
 
 		 615 aa  280  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  42 
 
 		 698 aa  280  5e-74  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0900  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.55 
 
 		 605 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.586975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.2 
 
 		 451 aa  280  5e-74  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0412103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.8 
 
 		 599 aa  280  6e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0332  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.44 
 
 		 613 aa  280  6e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.99 
 
 		 609 aa  279  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>