136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00865 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  53.95 
 
 
908 aa  935    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  42.59 
 
 
906 aa  639    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 
915 aa  1911    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  42.08 
 
 
897 aa  632  1e-180  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  40.55 
 
 
904 aa  593  1e-168  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  39.74 
 
 
899 aa  593  1e-168  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  42.04 
 
 
907 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  43.18 
 
 
912 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  39.6 
 
 
921 aa  569  1e-161  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  38.73 
 
 
887 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  40.96 
 
 
887 aa  568  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  41.25 
 
 
899 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  41.38 
 
 
899 aa  557  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  41.04 
 
 
885 aa  551  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  37.19 
 
 
912 aa  533  1e-150  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  36.23 
 
 
892 aa  488  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  34.81 
 
 
892 aa  424  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  36.11 
 
 
897 aa  413  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  38.34 
 
 
701 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  35.11 
 
 
920 aa  396  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  31.09 
 
 
897 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  30.9 
 
 
823 aa  315  2.9999999999999996e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  31.62 
 
 
888 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  31.4 
 
 
888 aa  309  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  31.36 
 
 
888 aa  300  7e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  30.4 
 
 
883 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  32.3 
 
 
887 aa  283  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  29.56 
 
 
854 aa  253  8.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  30.13 
 
 
944 aa  251  4e-65  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  30.3 
 
 
899 aa  251  5e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  30.06 
 
 
927 aa  248  4e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.91 
 
 
971 aa  243  1e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  30.87 
 
 
908 aa  243  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  36.02 
 
 
905 aa  239  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  29.88 
 
 
948 aa  236  1.0000000000000001e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  29.03 
 
 
970 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  29.48 
 
 
929 aa  236  2.0000000000000002e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  37.93 
 
 
456 aa  231  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  30.52 
 
 
965 aa  229  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  28.89 
 
 
901 aa  224  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  28.47 
 
 
887 aa  222  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  30.27 
 
 
919 aa  221  6e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  28.06 
 
 
854 aa  219  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  29.84 
 
 
888 aa  216  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  29.84 
 
 
860 aa  215  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.84 
 
 
885 aa  214  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  28.82 
 
 
868 aa  213  1e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  26.9 
 
 
871 aa  212  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  28.61 
 
 
879 aa  208  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.93 
 
 
885 aa  207  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  26.81 
 
 
943 aa  206  1e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  31.45 
 
 
881 aa  206  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  30.9 
 
 
968 aa  205  3e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.62 
 
 
944 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  29.63 
 
 
860 aa  199  1.0000000000000001e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  29.28 
 
 
837 aa  199  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.36 
 
 
962 aa  197  6e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  34.25 
 
 
922 aa  193  1e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  28.27 
 
 
857 aa  192  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  27.26 
 
 
933 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  29.26 
 
 
871 aa  186  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  30.2 
 
 
1540 aa  184  5.0000000000000004e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  27.24 
 
 
876 aa  184  9.000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  30.22 
 
 
594 aa  183  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  26.96 
 
 
832 aa  177  6e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  27.59 
 
 
918 aa  168  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  28.46 
 
 
986 aa  154  7e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  25.21 
 
 
750 aa  110  9.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  27.06 
 
 
737 aa  105  4e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  26.85 
 
 
741 aa  103  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 
778 aa  100  1e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  27.82 
 
 
729 aa  100  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  26.08 
 
 
779 aa  97.8  8e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  28.43 
 
 
804 aa  97.4  9e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  26.22 
 
 
781 aa  97.4  9e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  27.99 
 
 
783 aa  96.7  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  25.82 
 
 
763 aa  95.5  4e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.39 
 
 
762 aa  93.6  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  26.39 
 
 
801 aa  89.4  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  27.93 
 
 
827 aa  89  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  25.88 
 
 
795 aa  88.2  6e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  26.23 
 
 
1027 aa  88.2  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  24.87 
 
 
917 aa  87.8  8e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  28.33 
 
 
850 aa  85.1  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  24.86 
 
 
750 aa  82.8  0.00000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  27.72 
 
 
811 aa  80.5  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  25 
 
 
726 aa  77.8  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  25.75 
 
 
736 aa  77.4  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  23.16 
 
 
764 aa  77  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  26.46 
 
 
744 aa  72.8  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  26.58 
 
 
741 aa  71.6  0.00000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  26.29 
 
 
791 aa  70.9  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  23.7 
 
 
799 aa  66.6  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  22.82 
 
 
807 aa  66.6  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  23.62 
 
 
775 aa  65.1  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0697  CRISPR-associated helicase Cas3 family  26.61 
 
 
1093 aa  61.6  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000756095  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3204  CRISPR-associated helicase Cas3  22.34 
 
 
800 aa  61.6  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  23.68 
 
 
729 aa  61.2  0.00000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  23.12 
 
 
566 aa  60.8  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  25.26 
 
 
836 aa  58.9  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>