More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00175 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  100 
 
 
390 aa  805    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  38.04 
 
 
406 aa  269  8e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  34.97 
 
 
418 aa  216  5e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  33 
 
 
403 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01138  predicted FAD-binding phosphodiesterase  33.17 
 
 
403 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01146  hypothetical protein  33.17 
 
 
403 aa  210  3e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2484  diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 
403 aa  209  7e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1303  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.93 
 
 
403 aa  209  7e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1259  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  32.93 
 
 
403 aa  209  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577088  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2463  diguanylate phosphodiesterase  32.93 
 
 
403 aa  209  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.537462  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  37.78 
 
 
266 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  36.25 
 
 
262 aa  159  6e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  36.56 
 
 
246 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  36.56 
 
 
254 aa  157  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  36.12 
 
 
246 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  35.68 
 
 
260 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  36.56 
 
 
239 aa  152  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  33.92 
 
 
260 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 
332 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  37.39 
 
 
252 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.58 
 
 
255 aa  144  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 
259 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 
263 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  33.61 
 
 
283 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  35.93 
 
 
259 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  34.22 
 
 
257 aa  139  6e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  33.61 
 
 
265 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  35.68 
 
 
258 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  34.22 
 
 
256 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  35.24 
 
 
258 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  33.06 
 
 
257 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  31.44 
 
 
254 aa  137  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
291 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 
259 aa  136  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.89 
 
 
256 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  32.46 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.07 
 
 
265 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  34.8 
 
 
253 aa  134  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  32.6 
 
 
257 aa  133  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  34.62 
 
 
356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  34.63 
 
 
266 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  32.61 
 
 
251 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  32.46 
 
 
253 aa  130  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  35.94 
 
 
249 aa  128  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.02 
 
 
766 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4149  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.11 
 
 
680 aa  125  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.498458 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  34.78 
 
 
248 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
340 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.68 
 
 
1244 aa  121  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3081  sensory box protein/response regulator  29.2 
 
 
710 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.789878  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  29.85 
 
 
829 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3768  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
765 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661883  normal  0.152244 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.04 
 
 
772 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
258 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  29.85 
 
 
828 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  33.74 
 
 
475 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and MHYT sensor(s)  32.38 
 
 
817 aa  117  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.866609 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 
797 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07500  hypothetical protein  32.1 
 
 
1245 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.411522  normal  0.391796 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.09 
 
 
745 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
786 aa  116  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2589  hypothetical protein  28.97 
 
 
759 aa  116  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.394973  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 
257 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 
257 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  36.52 
 
 
413 aa  115  8.999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0553  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.18 
 
 
699 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  30.74 
 
 
257 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4011  diguanylate cyclase  31.18 
 
 
817 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237804  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  31.71 
 
 
1245 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2712  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.16 
 
 
793 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3810  putative phosphodiesterase  31.8 
 
 
668 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.612302 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 
753 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3838  putative phosphodiesterase  30.96 
 
 
649 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.261716 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 
352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  30.3 
 
 
257 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  31.11 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3822  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
786 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.44 
 
 
883 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0550  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 
595 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4017  putative phosphodiesterase  30.54 
 
 
651 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0583  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 
743 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6278  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.62 
 
 
1064 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.719663  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3991  putative phosphodiesterase  31.8 
 
 
668 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.185818 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3935  putative phosphodiesterase  30.54 
 
 
651 aa  114  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.86 
 
 
833 aa  114  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.59 
 
 
409 aa  114  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.9 
 
 
862 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3402  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.41 
 
 
736 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.111622 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5741  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.81 
 
 
774 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.961978  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.1 
 
 
650 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4894  putative phosphodiesterase  30.54 
 
 
662 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.509756  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7376  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.9 
 
 
736 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0703  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.1 
 
 
646 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3926  putative phosphodiesterase  31.02 
 
 
657 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3823  putative phosphodiesterase  31.38 
 
 
668 aa  113  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0693  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.1 
 
 
646 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.1 
 
 
646 aa  113  6e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  29.82 
 
 
590 aa  112  8.000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3887  putative phosphodiesterase  31.3 
 
 
668 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3931  putative phosphodiesterase  31.3 
 
 
668 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>