More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00003 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
366 aa  740  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  80.93 
 
 
367 aa  616  1e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  62.3 
 
 
366 aa  471  1e-132  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  62.3 
 
 
366 aa  470  1e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.90466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  462  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  59.84 
 
 
366 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  59.84 
 
 
366 aa  461  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  60.93 
 
 
366 aa  457  1e-128  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  60.93 
 
 
366 aa  457  1e-128  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  60.93 
 
 
366 aa  457  1e-128  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  60.11 
 
 
366 aa  459  1e-128  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.38 
 
 
366 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  60.38 
 
 
366 aa  456  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.34864e-08  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.92 
 
 
366 aa  455  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  59.29 
 
 
366 aa  455  1e-127  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43561e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.74 
 
 
366 aa  451  1e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  59.29 
 
 
366 aa  452  1e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.74 
 
 
366 aa  451  1e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.74 
 
 
366 aa  451  1e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  59.84 
 
 
366 aa  454  1e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.74 
 
 
366 aa  451  1e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  57.92 
 
 
366 aa  449  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  59.29 
 
 
366 aa  448  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.74 
 
 
366 aa  448  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  58.2 
 
 
366 aa  446  1e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.92 
 
 
366 aa  447  1e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  57.38 
 
 
366 aa  446  1e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  56.37 
 
 
369 aa  446  1e-124  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.92 
 
 
366 aa  447  1e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  58.2 
 
 
366 aa  445  1e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  57.92 
 
 
366 aa  447  1e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.65 
 
 
366 aa  442  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.38 
 
 
366 aa  444  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  57.38 
 
 
366 aa  444  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  55.74 
 
 
366 aa  431  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.16 
 
 
367 aa  431  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  58.04 
 
 
367 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  57.22 
 
 
367 aa  429  1e-119  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  55.86 
 
 
367 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.22 
 
 
367 aa  422  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.92 
 
 
365 aa  420  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.91 
 
 
367 aa  414  1e-115  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.13 
 
 
367 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  57.77 
 
 
367 aa  412  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  56.13 
 
 
367 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  57.45 
 
 
367 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.4 
 
 
367 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  57.72 
 
 
367 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  56.13 
 
 
367 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.68 
 
 
367 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.68 
 
 
367 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  52.46 
 
 
366 aa  402  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.08126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.5 
 
 
367 aa  399  1e-110  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  53.8 
 
 
366 aa  378  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  48.5 
 
 
366 aa  360  3e-98  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.78 
 
 
366 aa  357  2e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.6 
 
 
369 aa  356  5e-97  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.52276e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0002  DNA polymerase III, beta chain  49.33 
 
 
369 aa  353  3e-96  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000280325  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0132  DNA polymerase III, beta subunit  46.22 
 
 
370 aa  351  1e-95  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0954051  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.14 
 
 
366 aa  349  4e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  47.17 
 
 
366 aa  347  2e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  49.59 
 
 
366 aa  345  5e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.73 
 
 
366 aa  345  1e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.21 
 
 
368 aa  330  2e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.01704e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  46.2 
 
 
366 aa  322  5e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  44.44 
 
 
367 aa  316  5e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.25 
 
 
367 aa  308  1e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  42.98 
 
 
368 aa  306  2e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  43.99 
 
 
371 aa  305  6e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.15 
 
 
368 aa  305  1e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  8.266e-08  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0002  DNA polymerase III, beta chain  41.8 
 
 
367 aa  304  2e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.71 
 
 
368 aa  303  3e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  41.71 
 
 
368 aa  303  4e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.08 
 
 
372 aa  301  9e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.82 
 
 
368 aa  301  9e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0002  DNA polymerase III, beta chain  41.53 
 
 
367 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.48 
 
 
369 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.15 
 
 
368 aa  300  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.42 
 
 
372 aa  299  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.6 
 
 
367 aa  296  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  7.44787e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.39 
 
 
371 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.39 
 
 
371 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.98 
 
 
372 aa  295  6e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  42.39 
 
 
371 aa  295  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.6 
 
 
372 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.99 
 
 
371 aa  291  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.83 
 
 
368 aa  289  5e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.07 
 
 
372 aa  288  1e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.07 
 
 
372 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.39 
 
 
371 aa  286  4e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>