125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_R0076 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  98.72 
 
 
78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  97.44 
 
 
78 bp  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  97.44 
 
 
78 bp  139  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  97.44 
 
 
78 bp  139  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  93.59 
 
 
77 bp  107  4e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  93.59 
 
 
77 bp  107  4e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  93.59 
 
 
79 bp  107  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  93.59 
 
 
77 bp  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  93.59 
 
 
77 bp  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  93.59 
 
 
77 bp  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0057  tRNA-Pro  92.31 
 
 
78 bp  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  93.33 
 
 
74 bp  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0025    91.03 
 
 
78 bp  99.6  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.717404  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0036  tRNA-Pro  91.03 
 
 
78 bp  99.6  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0226486  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0024  tRNA-Pro  91.03 
 
 
78 bp  99.6  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0035  tRNA-Pro  89.74 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.000468595  normal  0.0532724 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0045  tRNA-Pro  89.74 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.240811  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  89.74 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  91.03 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  100 
 
 
84 bp  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0030  tRNA-Pro  89.74 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.237944  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  91.94 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  88.73 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0017  tRNA-Pro  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309295  tRNA-Pro  90.74 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.339192 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0029  tRNA-Pro  87.67 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  90 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  85.9 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  86.49 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  86.49 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  85.9 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  85.9 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  85.9 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  85.9 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  86.49 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100673  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.870471  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  96.77 
 
 
74 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  89.36 
 
 
74 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  100 
 
 
79 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  85.14 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  87.72 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  87.72 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  93.75 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309267  tRNA-Val  100 
 
 
72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  87.5 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t33  tRNA-Pro  86.44 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.152613  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA40  tRNA-Pro  86.44 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82087  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0008  tRNA-Pro  91.43 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R40  tRNA-Pro  86.44 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.681358  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  93.55 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0164  tRNA-Pro  91.43 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA15  tRNA-Pro  91.43 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.924702 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  93.55 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.521011 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>