More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6847 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
296 aa  596  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  98.65 
 
 
296 aa  590  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  89.53 
 
 
297 aa  548  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  90.41 
 
 
297 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  89.53 
 
 
297 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  90.41 
 
 
297 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  82.07 
 
 
299 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  81.72 
 
 
299 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  81.03 
 
 
299 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  82.11 
 
 
299 aa  477  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  80.34 
 
 
299 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  79.66 
 
 
299 aa  472  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  80.7 
 
 
303 aa  473  1e-132  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  78.89 
 
 
299 aa  471  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  79.93 
 
 
299 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  81.29 
 
 
300 aa  462  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  76.55 
 
 
301 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  74.5 
 
 
308 aa  448  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  74.32 
 
 
302 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  73.99 
 
 
302 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  76.33 
 
 
300 aa  441  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  78.39 
 
 
303 aa  436  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  77.66 
 
 
303 aa  435  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  78.02 
 
 
303 aa  433  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  69.07 
 
 
303 aa  417  9.999999999999999e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.46 
 
 
340 aa  415  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  70.11 
 
 
295 aa  409  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  70.71 
 
 
299 aa  402  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  68.09 
 
 
295 aa  399  9.999999999999999e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  68.95 
 
 
296 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  70.18 
 
 
295 aa  394  1e-108  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  68.35 
 
 
298 aa  385  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  65 
 
 
298 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  65 
 
 
298 aa  381  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  66.31 
 
 
301 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  64.31 
 
 
299 aa  379  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  67.38 
 
 
301 aa  375  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  67.6 
 
 
299 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  66.55 
 
 
298 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  63.93 
 
 
300 aa  370  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  68.31 
 
 
298 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  64.77 
 
 
306 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  49.46 
 
 
329 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.92 
 
 
326 aa  268  5.9999999999999995e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  46.55 
 
 
300 aa  264  1e-69  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  51.6 
 
 
290 aa  262  4e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  48.18 
 
 
297 aa  258  7e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  45.42 
 
 
297 aa  249  4e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  46.76 
 
 
279 aa  248  8e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  45 
 
 
286 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  46.4 
 
 
284 aa  238  8e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 
293 aa  237  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 
293 aa  237  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  45.32 
 
 
307 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.07 
 
 
285 aa  235  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  47.5 
 
 
286 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.7 
 
 
305 aa  231  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.66 
 
 
280 aa  228  9e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.24 
 
 
282 aa  227  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.86 
 
 
285 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.7 
 
 
292 aa  228  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.07 
 
 
298 aa  226  4e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  45.04 
 
 
288 aa  225  6e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  43.75 
 
 
307 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  45.9 
 
 
299 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 
311 aa  223  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.8 
 
 
285 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 
311 aa  222  7e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.65 
 
 
307 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  46.64 
 
 
283 aa  222  7e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  42.65 
 
 
307 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
288 aa  221  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  43.9 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.8 
 
 
280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  45.13 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.26 
 
 
313 aa  220  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.16 
 
 
291 aa  220  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  44.04 
 
 
288 aa  220  3e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.52 
 
 
300 aa  219  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.52 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.52 
 
 
300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0570  RNA polymerase factor sigma-32  45.13 
 
 
311 aa  219  5e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.634272  normal  0.0160138 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0486  RNA polymerase factor sigma-32  45.13 
 
 
311 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  44.4 
 
 
285 aa  219  5e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  43.63 
 
 
311 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  43.46 
 
 
281 aa  219  6e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  41.99 
 
 
285 aa  219  6e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0126  RNA polymerase factor sigma-32  44.02 
 
 
303 aa  218  7.999999999999999e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  44.41 
 
 
309 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0301  RNA polymerase factor sigma-32  44.77 
 
 
311 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2741  RNA polymerase factor sigma-32  47.52 
 
 
281 aa  218  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.703982  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4146  RNA polymerase factor sigma-32  44.77 
 
 
307 aa  217  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  42.2 
 
 
282 aa  217  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
287 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4191  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 
290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262321  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3881  RNA polymerase factor sigma-32  48.26 
 
 
290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382692  normal  0.0609598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  45.17 
 
 
287 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4338  RNA polymerase factor sigma-32  47.88 
 
 
290 aa  216  5e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.239407  normal  0.531435 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0204  RNA polymerase factor sigma-32  41.52 
 
 
283 aa  215  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000789244  decreased coverage  0.00000216818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3603  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
285 aa  214  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000309877  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>