More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4900 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_4900  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
351 aa  712  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.594108  decreased coverage  0.000796621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3289  Radical SAM domain protein  85.19 
 
 
351 aa  595  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814974  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0967  radical SAM domain-containing protein  62.96 
 
 
355 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.182528  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0205  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 
340 aa  124  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0667932  normal  0.157312 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3263  radical SAM family Fe-S oxidoreductase  23.1 
 
 
339 aa  114  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.620706  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0796  Radical SAM domain protein  23.62 
 
 
341 aa  110  4e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.151454 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0240  Radical SAM domain protein  23.81 
 
 
340 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.548206  normal  0.016979 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1114  radical SAM domain-containing protein  23.99 
 
 
322 aa  99  1e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0901  radical SAM superfamily protein  23.99 
 
 
358 aa  99  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0853  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
332 aa  97.4  3e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.796243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  25.53 
 
 
384 aa  96.7  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  9.04645e-11  hitchhiker  1.08839e-06 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1601  heme biosynthesis protein, putative  22.77 
 
 
354 aa  96.7  6e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.196015  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  25 
 
 
515 aa  95.9  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 
367 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0506  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
319 aa  95.1  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00221713  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2349  Radical SAM domain protein  25.32 
 
 
873 aa  94  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0342  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
335 aa  93.2  6e-18  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0151075 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0195  radical SAM family protein  20.78 
 
 
342 aa  88.2  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0173  cofactor modifying protein (cmo)  28.06 
 
 
301 aa  87.8  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.46 
 
 
373 aa  86.7  6e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3588  radical SAM domain-containing protein  25.69 
 
 
446 aa  86.3  8e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3406  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 
330 aa  85.9  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  24.56 
 
 
474 aa  85.5  1e-15  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0197  radical SAM family protein  21.7 
 
 
367 aa  84.7  2e-15  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1542  Radical SAM domain protein  24.1 
 
 
372 aa  84.7  2e-15  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0085806  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1978  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.93 
 
 
372 aa  84.3  3e-15  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.633092  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  30.34 
 
 
450 aa  84.3  3e-15  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0905  radical SAM domain-containing protein  25.89 
 
 
331 aa  84.3  3e-15  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.54943  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1394  radical SAM domain-containing protein  28.94 
 
 
451 aa  83.2  6e-15  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.132829  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0390  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.86 
 
 
380 aa  82.8  8e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.52753  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2056  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 
340 aa  82.4  1e-14  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0507  radical SAM domain-containing protein  23.26 
 
 
332 aa  81.6  2e-14  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0681581  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  27.3 
 
 
377 aa  81.3  3e-14  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  25.15 
 
 
363 aa  80.1  5e-14  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2507  radical SAM domain-containing protein  32.97 
 
 
421 aa  80.1  6e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 
496 aa  80.1  6e-14  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0480  Radical SAM domain protein  25 
 
 
281 aa  78.6  1e-13  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00535769  hitchhiker  0.00252735 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  23.78 
 
 
405 aa  78.6  1e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  25.07 
 
 
427 aa  79  1e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.41 
 
 
479 aa  78.2  2e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0838  radical SAM domain-containing protein  27.12 
 
 
465 aa  77.8  3e-13  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0155744  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2553  radical SAM family protein  20.76 
 
 
341 aa  77  4e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3016  radical SAM domain-containing protein  37.17 
 
 
513 aa  77  4e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0802  radical SAM domain-containing protein  20.92 
 
 
349 aa  77  4e-13  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.186903  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2556  radical SAM family protein  21.99 
 
 
337 aa  77  5e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1235  radical SAM domain-containing protein  30.98 
 
 
434 aa  76.6  5e-13  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.9409  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0804  hypothetical protein  27.47 
 
 
342 aa  76.6  6e-13  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1794  cofactor modifying protein (cmo)  22.08 
 
 
311 aa  76.3  8e-13  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.420776 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1519  radical SAM domain-containing protein  23.68 
 
 
422 aa  74.7  2e-12  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.481264  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3419  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.85 
 
 
414 aa  75.1  2e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058581  normal  0.446493 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 
333 aa  74.3  3e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.48 
 
 
378 aa  74.3  3e-12  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  23.5 
 
 
428 aa  74.3  3e-12  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  23.92 
 
 
411 aa  73.2  6e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  22.82 
 
 
359 aa  73.2  7e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0438  radical SAM domain-containing protein  23.62 
 
 
390 aa  73.2  7e-12  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.777378  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.85 
 
 
371 aa  73.2  7e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1360  Radical SAM domain protein  25.37 
 
 
445 aa  72.8  8e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2515  radical SAM domain-containing protein  25.99 
 
 
471 aa  72.8  8e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 
399 aa  72.8  9e-12  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  27.03 
 
 
381 aa  72.4  1e-11  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3366  radical SAM family protein  23.66 
 
 
374 aa  72.4  1e-11  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0273275 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  24.12 
 
 
437 aa  72.4  1e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  1.84095e-06 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0454  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25 
 
 
368 aa  72.4  1e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1151  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.32 
 
 
373 aa  72  2e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00861011 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2924  Radical SAM domain protein  25.13 
 
 
446 aa  71.6  2e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2033  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.48 
 
 
395 aa  71.6  2e-11  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 
358 aa  71.2  2e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3158  radical SAM domain-containing protein  22.93 
 
 
428 aa  71.6  2e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271249  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  31.03 
 
 
330 aa  71.2  2e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.43 
 
 
386 aa  70.9  3e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4172  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 
338 aa  71.2  3e-11  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1126  Fe-S oxidoreductase  24.47 
 
 
347 aa  70.9  4e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2754  radical SAM domain-containing protein  23.49 
 
 
332 aa  70.5  4e-11  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.27 
 
 
392 aa  70.5  4e-11  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.601943  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.89 
 
 
370 aa  70.5  5e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1381  radical SAM domain-containing protein  21.52 
 
 
345 aa  70.5  5e-11  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  28.71 
 
 
399 aa  70.1  5e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  22.83 
 
 
429 aa  69.7  7e-11  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  22.11 
 
 
325 aa  69.7  7e-11  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0505  radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 
367 aa  69.7  8e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3252  Elongator protein 3/MiaB/NifB  23.6 
 
 
313 aa  69.3  8e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2551  radical SAM family protein  21.55 
 
 
344 aa  69.3  9e-11  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3915  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.07 
 
 
375 aa  69.3  9e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  22.47 
 
 
346 aa  68.9  1e-10  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  27.86 
 
 
413 aa  69.3  1e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1782  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.63 
 
 
389 aa  69.3  1e-10  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2884  Fe-S oxidoreductase  26.4 
 
 
447 aa  68.2  2e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00154845  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1702  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.46 
 
 
375 aa  68.2  2e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.475579 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  29.58 
 
 
422 aa  68.2  2e-10  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  23.75 
 
 
349 aa  68.6  2e-10  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2552  radical SAM family protein  21.88 
 
 
340 aa  68.2  2e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  29.31 
 
 
391 aa  68.6  2e-10  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.53 
 
 
373 aa  67.8  3e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2577  radical SAM domain-containing protein  23.65 
 
 
371 aa  67.8  3e-10  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.014973  unclonable  1.62693e-05 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1133  Radical SAM domain protein  26.34 
 
 
453 aa  67  4e-10  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.318737 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3544  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.69 
 
 
464 aa  67.4  4e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.62 
 
 
384 aa  67.4  4e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3141  Radical SAM domain protein  31.38 
 
 
441 aa  67.4  4e-10  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  27.17 
 
 
381 aa  67.4  4e-10  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>