More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_4447 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_1016  DNA gyrase, A subunit  46.83 
 
 
845 aa  768  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  9.44183e-11 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0738  DNA gyrase subunit A  46.91 
 
 
859 aa  808  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.958835  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2067  DNA gyrase, A subunit  74.42 
 
 
929 aa  1286  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0388557  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2042  DNA gyrase subunit A  49.89 
 
 
893 aa  849  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.430376  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0920  DNA gyrase subunit A  47.96 
 
 
867 aa  825  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0820357 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1315  DNA gyrase subunit A  48.35 
 
 
902 aa  829  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  8.57491e-07  decreased coverage  3.46296e-25 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0959  DNA gyrase subunit A  48.46 
 
 
885 aa  808  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2123  DNA gyrase subunit A  49.67 
 
 
893 aa  847  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.155054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4447  DNA gyrase, A subunit  100 
 
 
914 aa  1857  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.950017 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0999  DNA gyrase subunit A  48.04 
 
 
851 aa  809  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2306  DNA gyrase, A subunit  47.74 
 
 
905 aa  818  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0379216  hitchhiker  1.00846e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2151  DNA gyrase, A subunit  85.49 
 
 
910 aa  1564  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587258  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1374  DNA gyrase subunit A  47.14 
 
 
923 aa  827  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2379  DNA gyrase subunit A  50.22 
 
 
875 aa  856  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.076856  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1420  DNA gyrase subunit A  50.22 
 
 
875 aa  856  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67679e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2846  DNA gyrase subunit A  50 
 
 
897 aa  852  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215176  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0008  DNA gyrase, A subunit  45.93 
 
 
812 aa  718  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  8.00696e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0006  DNA gyrase, A subunit  43.16 
 
 
840 aa  709  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  9.48225e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2606  DNA gyrase subunit A  50.33 
 
 
875 aa  858  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3009  DNA gyrase subunit A  48.18 
 
 
878 aa  829  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.354996  normal  0.0330044 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2616  DNA gyrase subunit A  49.56 
 
 
878 aa  841  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.341614 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2408  DNA gyrase subunit A  49.56 
 
 
878 aa  841  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000367831  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0005  DNA gyrase, A subunit  48.43 
 
 
836 aa  787  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4482  DNA gyrase, A subunit  50.81 
 
 
906 aa  711  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2498  DNA gyrase subunit A  49.56 
 
 
878 aa  844  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2512  DNA gyrase subunit A  49.56 
 
 
878 aa  841  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0982635 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2457  DNA gyrase subunit A  49.56 
 
 
878 aa  841  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0910619  normal  0.208896 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2578  DNA gyrase subunit A  49.89 
 
 
904 aa  831  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.551431 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0096  DNA gyrase, A subunit  48.09 
 
 
827 aa  690  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180112  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2869  DNA gyrase subunit A  74.07 
 
 
913 aa  1392  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.135991  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0828  hypothetical protein  43.78 
 
 
816 aa  748  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.725746 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0027  DNA gyrase, A subunit  48.89 
 
 
848 aa  817  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000124476  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5084  DNA gyrase, A subunit  84.87 
 
 
908 aa  1550  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615317  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0008  DNA gyrase subunit A  50.97 
 
 
807 aa  754  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.425562  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00734  DNA gyrase subunit A  49.72 
 
 
898 aa  824  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.942934  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0771  DNA gyrase subunit A  48.53 
 
 
889 aa  844  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.380841  hitchhiker  0.00768544 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2871  DNA gyrase subunit A  63.76 
 
 
922 aa  1181  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.236942  normal  0.0392982 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1358  DNA gyrase subunit A  47.03 
 
 
921 aa  823  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.832857  normal  0.422434 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0010  DNA gyrase, A subunit  46.1 
 
 
807 aa  774  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0200618  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0328  DNA gyrase, A subunit  44.83 
 
 
823 aa  692  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1539  DNA gyrase subunit A  47.07 
 
 
850 aa  771  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.202951  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4317  DNA gyrase, A subunit  71.77 
 
 
914 aa  1313  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3049  DNA gyrase, A subunit  71.78 
 
 
965 aa  1316  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.288748  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1459  DNA gyrase subunit A  43.04 
 
 
873 aa  695  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.371947  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1244  DNA gyrase subunit A  42.93 
 
 
875 aa  711  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2767  DNA gyrase subunit A  50 
 
 
897 aa  851  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0123016  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0761  DNA gyrase subunit A  42.21 
 
 
862 aa  689  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000813267  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4493  DNA gyrase, A subunit  47.25 
 
 
891 aa  778  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0318161 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0006  DNA gyrase subunit A  45.76 
 
 
821 aa  746  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0979169  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2182  DNA gyrase subunit A  70.94 
 
 
923 aa  1300  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2287  DNA gyrase, A subunit  47.41 
 
 
916 aa  817  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  9.28458e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1961  DNA gyrase subunit A  46.8 
 
 
921 aa  820  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.844346  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2860  DNA gyrase, A subunit  46.31 
 
 
896 aa  792  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0120458  decreased coverage  5.49862e-10 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1241  DNA gyrase subunit A  70.3 
 
 
931 aa  1297  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.998227  normal  0.707625 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0006  DNA gyrase, A subunit  47.33 
 
 
889 aa  787  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.314343  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02730  DNA gyrase subunit A  50 
 
 
878 aa  858  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2371  DNA gyrase subunit A  50.45 
 
 
875 aa  861  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2526  DNA gyrase subunit A  50.33 
 
 
875 aa  858  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0006  DNA gyrase subunit A  46.26 
 
 
823 aa  758  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0500902  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4567  DNA gyrase, A subunit  83.74 
 
 
911 aa  1517  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1310  DNA gyrase subunit A  50 
 
 
885 aa  853  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0388177  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0638  DNA gyrase, A subunit  46.95 
 
 
848 aa  769  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00668409  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2264  DNA gyrase subunit A  47.23 
 
 
867 aa  812  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4719  DNA gyrase subunit A  46.85 
 
 
888 aa  808  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.902316 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2404  DNA gyrase, A subunit  47.41 
 
 
916 aa  818  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00637691  unclonable  1.91603e-05 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11271  DNA gyrase subunit A  44.68 
 
 
881 aa  700  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.865928 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4627  DNA gyrase, A subunit  44.36 
 
 
827 aa  702  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.116338  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1476  DNA gyrase subunit A  63.9 
 
 
913 aa  1151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0249688 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0673  DNA gyrase, A subunit  50.62 
 
 
830 aa  721  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.24756e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0007  DNA gyrase subunit A  44.32 
 
 
837 aa  698  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.822047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2067  DNA gyrase, A subunit  48.14 
 
 
903 aa  815  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0392339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3269  DNA gyrase subunit A  50 
 
 
882 aa  856  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00267185  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2303  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  47.2 
 
 
904 aa  805  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.55743e-05 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0843  DNA gyrase subunit A  45.01 
 
 
873 aa  709  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.462106  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0873  DNA gyrase, A subunit  43.59 
 
 
899 aa  762  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00218975  hitchhiker  1.81562e-06 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0531  DNA gyrase subunit A  43.74 
 
 
869 aa  714  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.897683  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2473  DNA gyrase, A subunit  45.33 
 
 
809 aa  761  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0007  DNA gyrase, A subunit  44.48 
 
 
811 aa  751  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0006  DNA gyrase, A subunit  44.56 
 
 
820 aa  738  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0007  DNA gyrase, A subunit  45.81 
 
 
932 aa  765  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0706522  hitchhiker  0.000130108 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0007  DNA gyrase, A subunit  45.06 
 
 
901 aa  757  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.607285  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3094  DNA gyrase, A subunit  43.71 
 
 
848 aa  733  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.654737  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0006  DNA gyrase, A subunit  44.42 
 
 
814 aa  766  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0624353  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00060  DNA gyrase subunit A  43.81 
 
 
870 aa  764  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00061935  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00070  DNA gyrase subunit A  43.5 
 
 
875 aa  699  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00060  DNA gyrase subunit A  44.93 
 
 
838 aa  736  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.120033  normal  0.0325774 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2024  DNA gyrase, A subunit  42.45 
 
 
841 aa  692  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0578  DNA gyrase subunit A  44.14 
 
 
857 aa  715  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5446  DNA gyrase, A subunit  44.92 
 
 
859 aa  753  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0328113  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1029  DNA gyrase, A subunit  43.74 
 
 
875 aa  721  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.20578 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0005  DNA gyrase, A subunit  48.43 
 
 
836 aa  784  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.301958 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1105  DNA gyrase subunit A  49.67 
 
 
879 aa  853  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0580579  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0006  DNA gyrase, A subunit  46.61 
 
 
802 aa  762  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.540811  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0006  DNA gyrase subunit A  47.6 
 
 
818 aa  796  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3211  DNA gyrase subunit A  49.45 
 
 
879 aa  847  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11138  DNA gyrase A subunit  49.02 
 
 
848 aa  696  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185535  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2474  DNA gyrase, A subunit  44.23 
 
 
805 aa  720  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  1.72995e-05  decreased coverage  0.00702489 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0007  DNA gyrase subunit A  44.44 
 
 
834 aa  720  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.612132  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0436  DNA gyrase A subunit  44.68 
 
 
806 aa  724  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  3.08081e-06  normal  0.060965 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1204  DNA gyrase, A subunit  50.61 
 
 
870 aa  810  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.41811  normal  0.143456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>