More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2609 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 354 aa  702    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  94.14 
 
 		 335 aa  578  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  76.04 
 
 		 342 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  77.56 
 
 		 341 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  77.05 
 
 		 341 aa  463  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  77.05 
 
 		 341 aa  463  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  57.38 
 
 		 412 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  59.04 
 
 		 366 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  58.29 
 
 		 366 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  58.82 
 
 		 358 aa  369  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  56.06 
 
 		 351 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  58.6 
 
 		 387 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  63.85 
 
 		 299 aa  368  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  56.13 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  60.81 
 
 		 300 aa  356  3.9999999999999996e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  58.75 
 
 		 363 aa  335  7e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  56.11 
 
 		 324 aa  328  7e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  56.11 
 
 		 324 aa  328  7e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  55.49 
 
 		 324 aa  326  5e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  55.45 
 
 		 309 aa  317  2e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  54.61 
 
 		 310 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  53.95 
 
 		 310 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  53.9 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  53.77 
 
 		 318 aa  302  5.000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  52.77 
 
 		 312 aa  301  8.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  54.69 
 
 		 307 aa  290  2e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  47.12 
 
 		 320 aa  285  5.999999999999999e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  49.83 
 
 		 302 aa  282  6.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  50.17 
 
 		 304 aa  278  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  48.99 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  49.66 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  48.65 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  48.65 
 
 		 301 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  48.48 
 
 		 298 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 		 311 aa  253  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  46.71 
 
 		 306 aa  243  5e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  46.77 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  40.88 
 
 		 296 aa  227  2e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  47.84 
 
 		 318 aa  224  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  43.1 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  42.9 
 
 		 306 aa  216  7e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 304 aa  213  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  42.76 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 308 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  41.41 
 
 		 305 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  45.74 
 
 		 321 aa  206  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  45.88 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  45.88 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  45.88 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  40.74 
 
 		 305 aa  206  7e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  45.49 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  39.74 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  41.86 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0159  tRNA pseudouridine synthase B  40.53 
 
 		 344 aa  199  3.9999999999999996e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 311 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 319 aa  199  7.999999999999999e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 315 aa  197  3e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.88 
 
 		 328 aa  196  8.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 293 aa  194  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40.27 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  44.19 
 
 		 311 aa  194  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  39.39 
 
 		 305 aa  194  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  44.57 
 
 		 304 aa  193  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  40.69 
 
 		 318 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 317 aa  192  6e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.64 
 
 		 318 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 380 aa  191  1e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  38.18 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  42.29 
 
 		 293 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  37.92 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  41.73 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 299 aa  190  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  41.35 
 
 		 317 aa  189  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  40.07 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  43.23 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  47.03 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1249  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 310 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  39.14 
 
 		 317 aa  186  5e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  40.39 
 
 		 317 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  42.97 
 
 		 309 aa  186  7e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  38.98 
 
 		 314 aa  185  8e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 321 aa  185  9e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 313 aa  184  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>