201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2305 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  100 
 
 
424 aa  858    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  91.78 
 
 
426 aa  761    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  70.69 
 
 
438 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  69.1 
 
 
426 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  71.22 
 
 
426 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  70.82 
 
 
426 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  69.7 
 
 
428 aa  585  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  64.69 
 
 
426 aa  493  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  52.02 
 
 
415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  50.75 
 
 
415 aa  431  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  50.7 
 
 
414 aa  434  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  52.28 
 
 
408 aa  430  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  50.12 
 
 
419 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  48.7 
 
 
414 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  35.43 
 
 
385 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  35.66 
 
 
394 aa  210  4e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.79 
 
 
410 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.24 
 
 
403 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.06 
 
 
420 aa  194  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 
397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 
393 aa  106  7e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 
389 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
391 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  27.82 
 
 
389 aa  98.6  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
397 aa  85.1  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 
397 aa  78.2  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  26 
 
 
443 aa  74.7  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  25.51 
 
 
444 aa  73.2  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 
381 aa  72  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  27.25 
 
 
437 aa  71.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  27.25 
 
 
447 aa  70.1  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  25.59 
 
 
442 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  27.77 
 
 
441 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.77 
 
 
441 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  27.32 
 
 
444 aa  62.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  23.29 
 
 
402 aa  62  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  27.7 
 
 
394 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  23.68 
 
 
457 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
379 aa  60.8  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  25.34 
 
 
441 aa  60.5  0.00000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  25.34 
 
 
441 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  22.59 
 
 
441 aa  60.1  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  23.45 
 
 
444 aa  59.3  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  22.03 
 
 
440 aa  59.7  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  23.59 
 
 
457 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  25.07 
 
 
446 aa  57.8  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  22.63 
 
 
454 aa  57  0.0000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  23.92 
 
 
446 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  29.34 
 
 
414 aa  55.8  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
379 aa  56.2  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
377 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.67 
 
 
438 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.48 
 
 
387 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.72 
 
 
466 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  22.96 
 
 
444 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
395 aa  54.7  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.29 
 
 
444 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  26.17 
 
 
443 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
405 aa  53.9  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  22.45 
 
 
428 aa  53.9  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.94 
 
 
404 aa  53.5  0.000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.18 
 
 
429 aa  53.9  0.000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  22.78 
 
 
429 aa  53.5  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.57 
 
 
415 aa  53.1  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  25.07 
 
 
441 aa  53.1  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.44 
 
 
382 aa  52.4  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  24.81 
 
 
443 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
421 aa  52.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.3 
 
 
401 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
392 aa  52.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  23.25 
 
 
384 aa  51.6  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  22.02 
 
 
379 aa  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
387 aa  52.4  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.02 
 
 
382 aa  51.2  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  22.25 
 
 
394 aa  51.2  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.1 
 
 
420 aa  51.6  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 
404 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
392 aa  51.2  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
403 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 
400 aa  50.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
398 aa  50.4  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  24.81 
 
 
441 aa  50.4  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  22.52 
 
 
379 aa  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
379 aa  50.1  0.00008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 
396 aa  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.62 
 
 
389 aa  50.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.71 
 
 
405 aa  49.7  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  22.92 
 
 
438 aa  49.3  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  26.86 
 
 
418 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  23.48 
 
 
412 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  28.36 
 
 
383 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 
381 aa  48.9  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
378 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 
396 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.75 
 
 
378 aa  48.5  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.04 
 
 
421 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  33.04 
 
 
406 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
394 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
394 aa  48.9  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.28 
 
 
384 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>