More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1729 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_1729  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  586  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3431  transcriptional regulator, LysR family  86.81 
 
 		 294 aa  509  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2927  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 308 aa  295  7e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5256  LysR family transcriptional regulator  54.04 
 
 		 316 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5641  LysR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 294 aa  281  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.245303  hitchhiker  0.0021835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1845  LysR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 292 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465511 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0731  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733406  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0157  trpBA operon transcriptional activator  37.2 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  40.47 
 
 		 315 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0035  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.33 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3744  transcriptional regulator, LysR family  42.8 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0099  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1736  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 287 aa  174  1.9999999999999998e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0073  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02110  trpBA operon transcriptional regulator, LysR family; TrpI  41.51 
 
 		 318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625987  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4486  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.906105  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3977  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.416539  normal  0.0154243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5916  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.746301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0084  LysR family transcriptional regulator  39.7 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00162977 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.01 
 
 		 293 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1815  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00510599  hitchhiker  0.000707933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0102  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248307 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0099  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.23 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0102  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 300 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.01 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.01 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.01 
 
 		 293 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06604  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.85 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7468  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.559388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26150  putative transcriptional regulator  40.21 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0621134  normal  0.16506 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0039  transcriptional regulator TrpI  38.21 
 
 		 297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0653039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00460  transcriptional regulator TrpI  38.01 
 
 		 295 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.347028 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 309 aa  162  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3735  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 295 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5351  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 292 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.071611 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.47 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.1 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5693  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.45057 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 301 aa  159  7e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.55 
 
 		 307 aa  158  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2285  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 287 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.61649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0489  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3779  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3962  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0529  trpba operon transcriptional activator  35.25 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1981  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 312 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2844  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0530  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 288 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.4 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.01 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>