189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0629 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1540  putative mRNA 3-end processing factor  92.35 
 
 		 345 aa  634    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0629  putative mRNA 3-end processing factor  100 
 
 		 365 aa  729    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  decreased coverage  0.00579405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3560  putative mRNA 3-end processing factor  84.37 
 
 		 352 aa  586  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.146642  normal  0.26456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3236  putative mRNA 3-end processing factor  84.07 
 
 		 352 aa  584  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3431  putative mRNA 3-end processing factor  84.07 
 
 		 352 aa  584  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3692  putative mRNA 3-end processing factor  82.39 
 
 		 351 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0794  putative mRNA 3-end processing factor  71.17 
 
 		 349 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.682803 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0871  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  70.57 
 
 		 348 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0130781  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4616  putative mRNA 3-end processing factor  69.37 
 
 		 351 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0750  putative mRNA 3-end processing factor  69.18 
 
 		 356 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0552  hypothetical protein  67.54 
 
 		 347 aa  468  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0799  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  70.3 
 
 		 348 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187593  normal  0.0112138 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0461  hypothetical protein  66.76 
 
 		 390 aa  445  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0260  putative mRNA 3-end processing factor  65.4 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00946134 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0031  putative mRNA 3-end processing factor  65.26 
 
 		 334 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.321442  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1471  putative mRNA 3-end processing factor  63.01 
 
 		 348 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4043  putative mRNA 3-end processing factor  62.8 
 
 		 337 aa  435  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1072  putative mRNA 3-end processing factor  64.85 
 
 		 344 aa  433  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0686869 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2803  putative mRNA 3-end processing factor  63.58 
 
 		 338 aa  434  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.196277 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6008  hypothetical protein  63.5 
 
 		 337 aa  426  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0913  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  62.99 
 
 		 336 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.228952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0801  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  63.66 
 
 		 336 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4896  putative mRNA 3-end processing factor  60.73 
 
 		 335 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0411  putative exonuclease protein involved in mRNA processing  60.36 
 
 		 329 aa  396  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.894409 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0289  putative mRNA 3-end processing factor  57.27 
 
 		 337 aa  384  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3978  RNA procession exonuclease-like protein  59.75 
 
 		 371 aa  384  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.107304  normal  0.652273 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00669  RNA procession exonuclease-like protein  56.97 
 
 		 338 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1612  RNA procession exonuclease-like protein  60.43 
 
 		 354 aa  378  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0067  putative mRNA 3-end processing factor  57.89 
 
 		 357 aa  349  5e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01738  mRNA 3'-end processing factor  50.15 
 
 		 340 aa  276  3e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2959  mRNA 3'-end processing factor  47.69 
 
 		 332 aa  271  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.624115  hitchhiker  0.0000489273 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1042  exonuclease  45.02 
 
 		 328 aa  270  2e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.251284  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4860  putative mRNA 3-end processing factor  45.16 
 
 		 375 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2916  mRNA 3'-end processing factor  42.11 
 
 		 362 aa  252  6e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0310  putative mRNA 3-end processing factor  44.05 
 
 		 366 aa  248  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.169646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0305  putative mRNA 3-end processing factor  44.05 
 
 		 366 aa  248  2e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0374  putative mRNA 3-end processing factor  41.24 
 
 		 371 aa  248  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1582  RNA procession exonuclease-like protein  44.48 
 
 		 332 aa  244  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1077  putative mRNA 3-end processing factor  44.3 
 
 		 383 aa  242  9e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2414  hypothetical protein  43.77 
 
 		 383 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3043  putative mRNA 3-end processing factor  43.25 
 
 		 346 aa  239  6.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0285628  normal  0.582199 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3896  hypothetical protein  42.74 
 
 		 368 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170406  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1568  RNA procession exonuclease-like protein  44.82 
 
 		 358 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.359999 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1460  exonuclease involved in mRNA processing  43.47 
 
 		 328 aa  236  4e-61  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.562175  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2196  RNA procession exonuclease-like protein  43.66 
 
 		 335 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.260801  hitchhiker  0.00381998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1106  RNA processing exonuclease  44.58 
 
 		 338 aa  236  6e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.599734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1146  RNA procession exonuclease-like protein  44.31 
 
 		 338 aa  235  9e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.39024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3872  hypothetical protein  40.79 
 
 		 348 aa  233  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4306  RNA procession exonuclease-like protein  43.88 
 
 		 338 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5293  putative exonuclease involved in mRNA processing  42.49 
 
 		 382 aa  229  4e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4134  hypothetical protein  40.95 
 
 		 348 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1314  putative exonuclease involved in mRNA processing  43.34 
 
 		 383 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0772701  normal  0.174474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1135  RNA procession exonuclease-like protein  42.81 
 
 		 338 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1519  hypothetical protein  42.35 
 
 		 340 aa  226  4e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4681  putative exonuclease involved in mRNA processing  44.31 
 
 		 350 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388572  normal  0.0823984 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2587  hypothetical protein  44.51 
 
 		 342 aa  226  7e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136385 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07841  beta-lactamase fold exonuclease  33.75 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.110589  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2665  putative mRNA 3-end processing factor  42.95 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14848 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1212  hypothetical protein  41.24 
 
 		 344 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766488 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0734  hypothetical protein  32.64 
 
 		 328 aa  215  9e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.536853  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3335  RNA procession exonuclease  37.62 
 
 		 383 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08581  RNA processing exonuclease  32.91 
 
 		 330 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0814782  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6856  hypothetical protein  36.39 
 
 		 340 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.166328 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07841  RNA processing exonuclease  33.01 
 
 		 328 aa  213  5.999999999999999e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.160717  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2561  putative mRNA 3-end processing factor  36.28 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1754  RNA procession exonuclease-like protein  36.29 
 
 		 351 aa  210  4e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3523  RNA procession exonuclease  36.66 
 
 		 349 aa  204  2e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1406  RNA procession exonuclease-like protein  35.18 
 
 		 313 aa  195  9e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0847473 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02275  hypothetical protein  33.14 
 
 		 347 aa  194  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0150  exonuclease of the beta-lactamase fold involved in RNA processing-like protein  37.2 
 
 		 355 aa  189  4e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0072  putative mRNA 3'-end processing factor  32.84 
 
 		 330 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0060  putative mRNA 3'-end processing factor  32.24 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0055  putative mRNA 3'-end processing factor  33.14 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0057  putative mRNA 3'-end processing factor  31.87 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.251824 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.13 
 
 		 1017 aa  113  5e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1883  putative mRNA 3-end processing factor  31.55 
 
 		 327 aa  100  6e-20  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1043  putative mRNA 3-end processing factor  31.69 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0008566 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1313  beta-lactamase domain-containing protein  32.08 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.143027  normal  0.259963 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1113  hypothetical protein  25 
 
 		 321 aa  87.4  3e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.704257 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0973  putative mRNA 3-end processing factor  29.93 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.289039 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2308  hypothetical protein  31.03 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.146289  normal  0.484856 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1169  conserved hypothetical protein  26.69 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.561924  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1132  hypothetical protein  32.5 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  decreased coverage  0.00888  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1852  putative mRNA 3-end processing factor  28.62 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.681251  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0788  putative mRNA 3-end processing factor  27.02 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0149  RNA procession exonuclease-like protein  27.3 
 
 		 327 aa  73.2  0.000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0104249 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2554  beta-lactamase domain protein  26.2 
 
 		 667 aa  71.2  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000946841  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1910  beta-lactamase domain protein  26.61 
 
 		 652 aa  69.3  0.00000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000293974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2687  beta-lactamase domain protein  23.57 
 
 		 591 aa  63.9  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3493  metallo-beta-lactamase family protein  29.9 
 
 		 468 aa  63.2  0.000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.828376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4121  beta-lactamase domain-containing protein  25.87 
 
 		 457 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.729695 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2046  beta-lactamase domain-containing protein  25.8 
 
 		 461 aa  57.8  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1130  metallo-beta-lactamase family protein  33.11 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.332296  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2474  beta-lactamase-like protein  35.48 
 
 		 473 aa  57.4  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.766773  normal  0.305499 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00990  Endoribonuclease ysh1 (EC 3.1.27.-)(mRNA 3'-end-processing protein ysh1) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BEP0]  34.31 
 
 		 884 aa  55.5  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1028  beta-lactamase domain-containing protein  20.41 
 
 		 616 aa  54.7  0.000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0375  beta-lactamase-like protein  25.45 
 
 		 636 aa  54.3  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000359908  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0446  beta-lactamase domain-containing protein  26.21 
 
 		 428 aa  53.9  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.279355  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1361  beta-lactamase domain protein  26.28 
 
 		 422 aa  53.5  0.000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0024  beta-lactamase-like  24.91 
 
 		 465 aa  53.1  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>