More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0473 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  100 
 
 
107 aa  218  2e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  98.13 
 
 
107 aa  215  1e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  94.39 
 
 
107 aa  206  9e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  87.74 
 
 
106 aa  197  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  86.79 
 
 
106 aa  197  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  86.79 
 
 
119 aa  197  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  77.57 
 
 
107 aa  181  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5011  thioredoxin  82.24 
 
 
107 aa  176  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3933  thioredoxin  81.31 
 
 
107 aa  174  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  68.57 
 
 
106 aa  166  8e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  71.57 
 
 
107 aa  161  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  65.42 
 
 
107 aa  160  4e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  65.42 
 
 
107 aa  160  4e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  65.42 
 
 
107 aa  160  4e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  73.08 
 
 
107 aa  157  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  63.81 
 
 
106 aa  153  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  62.62 
 
 
107 aa  151  3e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3301  thioredoxin  62.86 
 
 
106 aa  150  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00133271  normal  0.624218 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0051  thioredoxin  67.31 
 
 
106 aa  149  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.155345 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  63.21 
 
 
106 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  63.21 
 
 
106 aa  147  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  65.71 
 
 
106 aa  147  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3958  thioredoxin  63.21 
 
 
106 aa  147  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0059  thioredoxin  65.38 
 
 
106 aa  144  4e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  64.76 
 
 
106 aa  144  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0630  thioredoxin  65.71 
 
 
106 aa  143  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0388  thioredoxin  63.81 
 
 
106 aa  143  8e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.155079  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  59.05 
 
 
106 aa  143  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  63.81 
 
 
106 aa  142  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0076  thioredoxin  63.81 
 
 
106 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0551582  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  63.37 
 
 
108 aa  142  1e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  60.19 
 
 
106 aa  141  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  57.28 
 
 
107 aa  141  3e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  62.86 
 
 
106 aa  140  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  62.86 
 
 
106 aa  140  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  58.42 
 
 
104 aa  140  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4067  thioredoxin  60.95 
 
 
106 aa  139  1e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  56.19 
 
 
111 aa  138  2e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  60 
 
 
106 aa  139  2e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  56.31 
 
 
108 aa  139  2e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  57.84 
 
 
109 aa  136  8e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  55.34 
 
 
106 aa  135  3e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1830  thioredoxin  61.05 
 
 
107 aa  134  3e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.260875 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  59.6 
 
 
108 aa  134  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  56.86 
 
 
107 aa  134  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  60.82 
 
 
124 aa  134  5e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0720  thioredoxin  61.7 
 
 
107 aa  134  5e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  54.9 
 
 
107 aa  133  8e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11671  thioredoxin  60.64 
 
 
107 aa  132  1e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3312  thioredoxin  59.18 
 
 
109 aa  132  1e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.124332  normal  0.074373 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  60 
 
 
107 aa  132  1e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2847  thioredoxin  58.25 
 
 
106 aa  132  1e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.300873 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  60.64 
 
 
107 aa  132  1e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11661  thioredoxin  60.64 
 
 
107 aa  132  1e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  60.64 
 
 
107 aa  132  1e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1072  thioredoxin  60.64 
 
 
107 aa  132  1e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.888152  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  57.14 
 
 
133 aa  133  1e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0203  thioredoxin  54.46 
 
 
108 aa  131  2e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  59.57 
 
 
148 aa  132  2e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1996  thioredoxin  57.69 
 
 
106 aa  132  2e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4155  thioredoxin  56.44 
 
 
107 aa  131  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.853934 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  54.46 
 
 
110 aa  131  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0351  thioredoxin  54.9 
 
 
107 aa  131  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.537931  normal  0.872759 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4115  thioredoxin  56.44 
 
 
107 aa  131  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  56.12 
 
 
110 aa  131  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.71604e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  2.36523e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  5.15955e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5402  thioredoxin  58.16 
 
 
107 aa  130  4e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  59.57 
 
 
107 aa  131  4e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  131  4e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  57.58 
 
 
108 aa  130  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  52.88 
 
 
109 aa  130  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  59.57 
 
 
107 aa  130  6e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  130  8e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  130  8e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0159  thioredoxin  52.48 
 
 
108 aa  130  8e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.447164 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4580  thioredoxin  57.69 
 
 
107 aa  129  1e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.90902  hitchhiker  0.00134414 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0357  thioredoxin  57.58 
 
 
108 aa  129  1e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3022  thioredoxin  55 
 
 
108 aa  129  1e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0810  thioredoxin  55.88 
 
 
107 aa  129  1e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.195011 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  55.34 
 
 
108 aa  128  2e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  53.47 
 
 
108 aa  128  2e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  56.6 
 
 
107 aa  128  2e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  2.65159e-07 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  56.12 
 
 
110 aa  129  2e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  55 
 
 
108 aa  129  2e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  55.56 
 
 
108 aa  128  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  55.56 
 
 
108 aa  128  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  55.56 
 
 
108 aa  128  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  56.12 
 
 
110 aa  128  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>