More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0446 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  84.79 
 
 
388 aa  679  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  86.34 
 
 
388 aa  690  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  86.86 
 
 
388 aa  693  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  86.34 
 
 
388 aa  690  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  100 
 
 
390 aa  795  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  94.33 
 
 
388 aa  751  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  75.77 
 
 
380 aa  601  1e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  75.52 
 
 
380 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  74.74 
 
 
380 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  74.48 
 
 
380 aa  593  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  75 
 
 
380 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  74.23 
 
 
380 aa  586  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  75.26 
 
 
376 aa  583  1e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  74.23 
 
 
376 aa  579  1e-164  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  75.26 
 
 
380 aa  573  1e-162  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  70.95 
 
 
377 aa  561  1e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  72.68 
 
 
376 aa  563  1e-159  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  70.95 
 
 
377 aa  558  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  70.18 
 
 
377 aa  556  1e-157  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  71.83 
 
 
377 aa  553  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  71.83 
 
 
377 aa  553  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  69.92 
 
 
377 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  69.15 
 
 
377 aa  543  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  70.95 
 
 
377 aa  530  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  64.86 
 
 
377 aa  511  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  59.51 
 
 
433 aa  433  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  53.64 
 
 
421 aa  370  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  48.04 
 
 
387 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  48.04 
 
 
387 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  48.3 
 
 
387 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  50.82 
 
 
376 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  48.46 
 
 
391 aa  363  2e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  47.78 
 
 
387 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  47.86 
 
 
387 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  47.52 
 
 
387 aa  361  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  48.4 
 
 
387 aa  361  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  47.29 
 
 
391 aa  358  1e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  47.06 
 
 
387 aa  356  4e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  47.06 
 
 
371 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  47.06 
 
 
387 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  51.61 
 
 
390 aa  355  6e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  46.37 
 
 
390 aa  355  8e-97  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  48.64 
 
 
359 aa  353  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  47.45 
 
 
388 aa  352  5e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  49.18 
 
 
389 aa  352  6e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  46.91 
 
 
391 aa  352  8e-96  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  47.3 
 
 
391 aa  350  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  47.84 
 
 
391 aa  349  6e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.6968e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  46.49 
 
 
391 aa  348  7e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  47.3 
 
 
391 aa  348  7e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  47.03 
 
 
391 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.02971e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  47.03 
 
 
391 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.04832e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  47.03 
 
 
391 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  47.03 
 
 
391 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  7.39123e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  46.76 
 
 
391 aa  345  9e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  46.76 
 
 
391 aa  345  9e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  46.76 
 
 
391 aa  344  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.19 
 
 
397 aa  343  2e-93  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.67 
 
 
392 aa  343  2e-93  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  51.55 
 
 
398 aa  342  8e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  46.63 
 
 
391 aa  337  2e-91  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  46.63 
 
 
391 aa  335  8e-91  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.36 
 
 
376 aa  333  4e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  44.39 
 
 
389 aa  332  5e-90  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  44.95 
 
 
392 aa  326  5e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  46.92 
 
 
389 aa  323  3e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.92 
 
 
393 aa  296  3e-79  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.35 
 
 
390 aa  294  2e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.39 
 
 
388 aa  283  4e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.24435e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.12 
 
 
388 aa  282  6e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.29 
 
 
386 aa  281  2e-74  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.67 
 
 
403 aa  262  6e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  36.94 
 
 
400 aa  240  4e-62  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.5857e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.52 
 
 
391 aa  198  1e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  32.96 
 
 
392 aa  187  3e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.9 
 
 
379 aa  167  4e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  32.81 
 
 
434 aa  165  1e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  2.12473e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  33.07 
 
 
398 aa  162  7e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  8.05907e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.61 
 
 
397 aa  154  3e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.51 
 
 
379 aa  153  5e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.15 
 
 
404 aa  153  6e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  29.97 
 
 
390 aa  147  3e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.26 
 
 
387 aa  146  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  32.9 
 
 
417 aa  146  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2027  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.98 
 
 
406 aa  142  1e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.72 
 
 
420 aa  141  2e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.97 
 
 
382 aa  137  5e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  29.07 
 
 
458 aa  132  1e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.87 
 
 
381 aa  131  2e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  32 
 
 
396 aa  127  4e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1794  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.03 
 
 
401 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  28.44 
 
 
420 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0731  ornithine decarboxylase  31.61 
 
 
400 aa  123  5e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.8 
 
 
381 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  28.8 
 
 
381 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 
422 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3656  diaminopimelate decarboxylase  30.98 
 
 
457 aa  120  4e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1197  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.89 
 
 
397 aa  120  5e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1713  diaminopimelate decarboxylase  27.61 
 
 
417 aa  120  5e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.283347  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  30.32 
 
 
415 aa  120  5e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>