More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0381 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
204 aa  410  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  93.62 
 
 
189 aa  360  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.54 
 
 
201 aa  328  2e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  75.98 
 
 
202 aa  315  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  84.27 
 
 
181 aa  315  4e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  84.09 
 
 
181 aa  311  4.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.25 
 
 
217 aa  262  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  64.65 
 
 
217 aa  261  6e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.94 
 
 
221 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.08 
 
 
220 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  69.78 
 
 
219 aa  259  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 
235 aa  256  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  69.88 
 
 
192 aa  253  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.31 
 
 
217 aa  250  9.000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.24 
 
 
192 aa  249  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.48 
 
 
192 aa  248  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  66.85 
 
 
192 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  70.62 
 
 
192 aa  247  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.12 
 
 
193 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.04 
 
 
197 aa  234  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  65.12 
 
 
193 aa  234  9e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  64.53 
 
 
193 aa  231  6e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  65.12 
 
 
189 aa  229  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.32 
 
 
205 aa  203  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  56.4 
 
 
179 aa  203  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.66 
 
 
199 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.99 
 
 
201 aa  157  8e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.3 
 
 
198 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.98 
 
 
174 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.77 
 
 
181 aa  130  9e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  40.25 
 
 
173 aa  116  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.27 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.2 
 
 
180 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.12 
 
 
180 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.12 
 
 
180 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.76 
 
 
179 aa  111  8.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  38.6 
 
 
204 aa  104  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.15 
 
 
241 aa  90.1  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  31.43 
 
 
217 aa  89.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  30.68 
 
 
242 aa  88.2  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.34 
 
 
242 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  35 
 
 
267 aa  85.9  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.5 
 
 
224 aa  85.9  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.63 
 
 
259 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.91 
 
 
179 aa  82  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  31.77 
 
 
311 aa  81.3  0.000000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.93 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  35.67 
 
 
317 aa  78.6  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.79 
 
 
288 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  30.11 
 
 
310 aa  77  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  28.65 
 
 
268 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  28.06 
 
 
418 aa  70.5  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0143  putative cold-shock DNA-binding domain protein  45.16 
 
 
67 aa  64.7  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113975  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  37.68 
 
 
69 aa  64.3  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.62 
 
 
67 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366618  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2895  cold shock-like protein CspD  46.27 
 
 
72 aa  63.2  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00549014  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.2  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3652  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 
67 aa  63.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  40.3 
 
 
70 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
68 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.32 
 
 
68 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.2  0.000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  40.32 
 
 
68 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  63.2  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1896  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  63.2  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385975  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  62.4  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  62.4  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  36.23 
 
 
69 aa  62.4  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2846  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.86 
 
 
73 aa  62.4  0.000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.495681  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2894  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.79 
 
 
69 aa  62.8  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0367  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.86 
 
 
73 aa  62.4  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  36.23 
 
 
69 aa  62.4  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>