More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0012 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0014  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000102189  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0012  tRNA-Asn  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0407  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000764097  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0408  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000233964  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0014  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.4767600000000005e-29 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0016  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.27479e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0014  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000321021  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0016  tRNA-Lys  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000347926  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0040  tRNA-Lys  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0026  tRNA-Asn  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000145037  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2604  tRNA-Asn  91.53 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0036  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000293435  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0005  tRNA-Lys  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000194874  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0023  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00169137  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0048  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000002395  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0022  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.786941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0080  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000242401  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0100  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000556304  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0047  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112802  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0098  tRNA-Lys  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000000573413  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0007  tRNA-Lys  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000068563  normal  0.189185 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2619  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0471247  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2626  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2305  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2312  tRNA-Lys  97.22 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0196539  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0008  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.25278  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0065  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000408633  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0053  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.404904  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA35  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.056149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0011  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.983753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0012  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0015  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.446606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0040  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0079  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0034  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0020  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0001  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0014  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0074  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.900217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0077  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.435861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0044  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.300921 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0039  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0040  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0030  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00181999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0026  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000388812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0031  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.282035  normal  0.10093 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0027  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00574952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0009  tRNA-Lys  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.420581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  94.59 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0012  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>