More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1452 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
256 aa  528  1e-149  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  55.24 
 
 
264 aa  272  3e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  48.43 
 
 
255 aa  268  5e-71  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0626  tRNA pseudouridine synthase A  50.59 
 
 
252 aa  251  1e-65  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.133889  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  49 
 
 
248 aa  238  9e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  46.99 
 
 
258 aa  233  2.0000000000000002e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  48.79 
 
 
258 aa  230  1e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  47.77 
 
 
248 aa  224  8e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
252 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
252 aa  220  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  45.9 
 
 
244 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
252 aa  219  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
247 aa  218  6e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
252 aa  218  6e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
252 aa  218  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
247 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
247 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
247 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
247 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  44.98 
 
 
247 aa  217  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0491  tRNA pseudouridine synthase A  46.43 
 
 
253 aa  216  4e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
245 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  46.75 
 
 
246 aa  209  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  46.75 
 
 
246 aa  209  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  42.17 
 
 
244 aa  204  1e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  44.58 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  40.96 
 
 
252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 
245 aa  191  1e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  41.3 
 
 
262 aa  189  2.9999999999999997e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
267 aa  189  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  40.49 
 
 
267 aa  189  2.9999999999999997e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  42.28 
 
 
252 aa  189  5e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  41.5 
 
 
245 aa  188  5.999999999999999e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 
245 aa  188  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  40.4 
 
 
271 aa  187  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 
245 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 
271 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 
245 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 
259 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  43.65 
 
 
247 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 
245 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  39.11 
 
 
271 aa  187  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  41.11 
 
 
245 aa  186  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
244 aa  186  5e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  41.2 
 
 
245 aa  185  7e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  41.13 
 
 
302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 
245 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 
245 aa  182  6e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 
250 aa  181  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 
256 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  40 
 
 
260 aa  181  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  39.36 
 
 
270 aa  181  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 
254 aa  179  2.9999999999999997e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 
261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  44.18 
 
 
244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  40.87 
 
 
261 aa  179  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  40.32 
 
 
246 aa  178  9e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 
249 aa  178  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1600  tRNA pseudouridine synthase A  38.76 
 
 
252 aa  176  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535619  normal  0.0774828 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  41.7 
 
 
267 aa  176  3e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  39.61 
 
 
264 aa  176  3e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  38.06 
 
 
261 aa  176  3e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3148  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 
253 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733437  normal  0.353233 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2867  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  176  5e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.42429 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3458  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  175  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2474  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  175  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2696  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  175  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2612  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  174  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4238  tRNA pseudouridine synthase A  39.2 
 
 
250 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00146243 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02243  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1338  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.556339  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1334  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.673735 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  38.89 
 
 
259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02203  hypothetical protein  37.75 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  39.92 
 
 
246 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1444  tRNA pseudouridine synthase A  40.7 
 
 
257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2469  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 
247 aa  172  3.9999999999999995e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  41.37 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 
248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1465  tRNA pseudouridine synthase A  37.92 
 
 
283 aa  172  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
244 aa  172  5e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 
245 aa  171  6.999999999999999e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3303  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 
245 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0316618  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 
266 aa  171  9e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1916  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
250 aa  171  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  38.96 
 
 
262 aa  171  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  37.55 
 
 
264 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  39.27 
 
 
263 aa  171  1e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  38.4 
 
 
248 aa  171  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 
270 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  37.75 
 
 
244 aa  170  2e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 
245 aa  170  2e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  39.75 
 
 
259 aa  169  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>