66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1435 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 
340 aa  700  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  36 
 
 
396 aa  149  6e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  6.81459e-08  hitchhiker  1.69581e-06 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  43.53 
 
 
354 aa  142  1e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  44.72 
 
 
303 aa  140  3e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  5.13186e-05  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  41.61 
 
 
429 aa  127  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  38.79 
 
 
400 aa  126  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  32.3 
 
 
363 aa  98.6  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.24976e-07  hitchhiker  5.73897e-07 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  25.29 
 
 
351 aa  83.2  6e-15  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.19 
 
 
386 aa  81.6  2e-14  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  25.86 
 
 
364 aa  79.3  9e-14  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  30.16 
 
 
390 aa  75.1  1e-12  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.95 
 
 
402 aa  74.3  3e-12  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1433  restriction modification system DNA specificity subunit  28.46 
 
 
372 aa  72  1e-11  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 
500 aa  71.6  2e-11  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  25.22 
 
 
360 aa  70.1  5e-11  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1131  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 
413 aa  68.6  1e-10  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0515  type I restriction-modification system (specificity subunit)  25.59 
 
 
263 aa  68.9  1e-10  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  32 
 
 
368 aa  69.3  1e-10  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.93 
 
 
378 aa  67.4  3e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  30.07 
 
 
413 aa  66.2  7e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  23.71 
 
 
424 aa  65.9  1e-09  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.91 
 
 
388 aa  63.2  6e-09  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  22.8 
 
 
392 aa  62.8  8e-09  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.26 
 
 
374 aa  62.8  9e-09  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.08 
 
 
436 aa  62.4  1e-08  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  28.91 
 
 
364 aa  61.6  2e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  21.6 
 
 
393 aa  60.1  5e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.15 
 
 
382 aa  59.3  9e-08  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  31.21 
 
 
477 aa  59.3  9e-08  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  23.26 
 
 
402 aa  59.3  1e-07  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  25.75 
 
 
363 aa  58.9  1e-07  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  29.79 
 
 
397 aa  57.8  3e-07  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  27.5 
 
 
175 aa  57  5e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  30.67 
 
 
371 aa  56.2  7e-07  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  22.92 
 
 
413 aa  56.6  7e-07  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  25.87 
 
 
400 aa  56.6  7e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.79 
 
 
391 aa  54.3  3e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  23.37 
 
 
435 aa  53.9  4e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  21.32 
 
 
430 aa  53.5  5e-06  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.42 
 
 
417 aa  53.1  7e-06  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  26.97 
 
 
417 aa  52.8  1e-05  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  28.86 
 
 
364 aa  52.4  1e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  19.88 
 
 
393 aa  51.6  2e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 
391 aa  51.2  3e-05  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  26.74 
 
 
400 aa  50.1  5e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 
397 aa  49.7  8e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0162  restriction modification system DNA specificity subunit  23.72 
 
 
383 aa  49.7  8e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.323401 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  22.95 
 
 
390 aa  49.3  9e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.79 
 
 
390 aa  48.1  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  21.94 
 
 
387 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 
444 aa  48.1  0.0002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  29.55 
 
 
402 aa  48.5  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.99 
 
 
400 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  22.08 
 
 
405 aa  47.8  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  22.02 
 
 
374 aa  47.4  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  20.83 
 
 
422 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  26.32 
 
 
406 aa  46.6  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  24.13 
 
 
386 aa  46.6  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.6 
 
 
390 aa  45.8  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.52 
 
 
386 aa  45.4  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.75 
 
 
401 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  22.68 
 
 
349 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.68 
 
 
380 aa  45.8  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.75 
 
 
385 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 
392 aa  44.3  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  23.36 
 
 
388 aa  42.7  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>