More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_1167 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
217 aa  437  9.999999999999999e-123  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  68.69 
 
 
218 aa  306  2.0000000000000002e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  66.36 
 
 
223 aa  288  5.0000000000000004e-77  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.696743  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
219 aa  248  6e-65  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.81 
 
 
214 aa  245  4e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  241  6e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  241  6e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  241  6e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  241  6e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  241  6e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  241  6e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.34 
 
 
214 aa  240  1e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.71 
 
 
216 aa  240  1e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.87 
 
 
214 aa  239  2e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.46 
 
 
221 aa  238  4e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.87 
 
 
214 aa  238  6.999999999999999e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.02 
 
 
218 aa  235  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.66 
 
 
220 aa  233  1.0000000000000001e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.35 
 
 
219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.53 
 
 
231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  232  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.99 
 
 
214 aa  232  3e-60  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.85 
 
 
218 aa  231  6e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0788  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.34 
 
 
214 aa  227  9e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.17 
 
 
220 aa  224  6e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.1 
 
 
215 aa  222  4e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.94 
 
 
221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
247 aa  219  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
218 aa  216  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
211 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.11 
 
 
222 aa  215  2.9999999999999998e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1707  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
217 aa  215  4e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.07 
 
 
224 aa  215  5e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.83 
 
 
235 aa  213  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
217 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
216 aa  212  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1327  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.84 
 
 
217 aa  211  9e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.46 
 
 
235 aa  211  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
227 aa  209  2e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1664  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.26 
 
 
232 aa  208  4e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00014027  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
234 aa  208  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
234 aa  208  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.39 
 
 
221 aa  208  6e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.39 
 
 
221 aa  208  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.61 
 
 
221 aa  207  7e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.54 
 
 
235 aa  207  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
221 aa  207  1e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  50 
 
 
265 aa  206  2e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.26 
 
 
217 aa  206  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.49 
 
 
227 aa  206  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.69 
 
 
221 aa  205  3e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1205  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.39 
 
 
211 aa  205  4e-52  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.37 
 
 
232 aa  205  5e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.62 
 
 
236 aa  205  5e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.6 
 
 
264 aa  204  6e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.07 
 
 
238 aa  204  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.64 
 
 
221 aa  204  9e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
221 aa  203  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0074  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.62 
 
 
224 aa  202  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
229 aa  202  3e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.92 
 
 
219 aa  202  4e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
221 aa  202  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.2 
 
 
223 aa  201  5e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5109  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.51 
 
 
215 aa  201  5e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0277689  normal  0.123014 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.51 
 
 
224 aa  201  6e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.83 
 
 
224 aa  201  7e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.8 
 
 
230 aa  201  7e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
230 aa  201  8e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
221 aa  200  9.999999999999999e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.4 
 
 
224 aa  200  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.62 
 
 
229 aa  199  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3251  ketose-bisphosphate aldolase class-II  45.02 
 
 
224 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2597  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.04 
 
 
209 aa  197  7.999999999999999e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.943131  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1595  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.86 
 
 
218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.29 
 
 
220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
221 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.66 
 
 
225 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
227 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1434  Ribulose-phosphate 3-epimerase  47.6 
 
 
220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.01 
 
 
219 aa  196  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.24 
 
 
227 aa  195  6e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.71 
 
 
226 aa  194  6e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.39 
 
 
224 aa  194  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.39 
 
 
224 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.39 
 
 
221 aa  194  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1342  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  47.29 
 
 
224 aa  194  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.361236 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  41.59 
 
 
221 aa  194  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.49 
 
 
227 aa  193  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.16 
 
 
223 aa  193  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  49 
 
 
225 aa  193  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.85 
 
 
223 aa  194  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  48.53 
 
 
219 aa  193  2e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.75 
 
 
234 aa  193  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1028  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.67 
 
 
215 aa  192  3e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.198537  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.53 
 
 
233 aa  192  3e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1605  ribulose-phosphate 3-epimerase (D-ribulose-5-phosphate 3-epimerase)  45.5 
 
 
217 aa  192  3e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00660357  normal  0.751371 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
221 aa  191  5e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.34 
 
 
219 aa  191  6e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  50.49 
 
 
221 aa  191  6e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>