More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0929 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
303 aa  620  1e-177  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.55 
 
 
304 aa  376  1e-103  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  64.33 
 
 
304 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  61.59 
 
 
302 aa  366  1e-100  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.59 
 
 
302 aa  366  1e-100  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  61.26 
 
 
302 aa  366  1e-100  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  61.59 
 
 
302 aa  366  1e-100  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.59 
 
 
302 aa  365  1e-100  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  61.59 
 
 
302 aa  366  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  61.26 
 
 
302 aa  364  1e-100  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  63.99 
 
 
302 aa  367  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  61.59 
 
 
302 aa  367  1e-100  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  61.26 
 
 
302 aa  364  1e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  63.29 
 
 
302 aa  361  8e-99  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  62.79 
 
 
304 aa  358  8e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.2 
 
 
296 aa  354  1e-96  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  59.8 
 
 
304 aa  353  2e-96  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  61.67 
 
 
301 aa  352  5e-96  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  60.4 
 
 
305 aa  347  2e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  60.4 
 
 
305 aa  347  2e-94  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.14 
 
 
305 aa  345  7e-94  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  59.87 
 
 
296 aa  344  8.999999999999999e-94  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.69 
 
 
312 aa  335  5e-91  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  59.57 
 
 
334 aa  328  5.0000000000000004e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  58.74 
 
 
305 aa  323  2e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  56.85 
 
 
305 aa  320  9.999999999999999e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  57.81 
 
 
306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  57.48 
 
 
306 aa  316  4e-85  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  54.03 
 
 
305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  57.76 
 
 
306 aa  310  1e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  53.47 
 
 
304 aa  308  9e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  54.05 
 
 
331 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.64 
 
 
306 aa  304  1.0000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.86 
 
 
303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  51.16 
 
 
300 aa  290  3e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  52.92 
 
 
313 aa  289  4e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  51 
 
 
310 aa  289  4e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  51.19 
 
 
313 aa  284  2.0000000000000002e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  50.51 
 
 
303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  51.2 
 
 
309 aa  282  4.0000000000000003e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 
312 aa  281  7.000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  50.5 
 
 
306 aa  281  8.000000000000001e-75  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  51.46 
 
 
318 aa  279  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  51.46 
 
 
318 aa  279  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  48.36 
 
 
316 aa  276  3e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  50.68 
 
 
323 aa  276  3e-73  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  49.67 
 
 
326 aa  273  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.88 
 
 
313 aa  272  4.0000000000000004e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  49.66 
 
 
306 aa  272  6e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  47.35 
 
 
315 aa  271  1e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  47.65 
 
 
325 aa  269  5e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.28 
 
 
300 aa  267  1e-70  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  48.47 
 
 
329 aa  267  1e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  49.28 
 
 
314 aa  267  2e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  47.1 
 
 
323 aa  267  2e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  48.97 
 
 
302 aa  266  5e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.3 
 
 
308 aa  265  5e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.29 
 
 
300 aa  264  2e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  48.83 
 
 
327 aa  263  3e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.83 
 
 
334 aa  263  4e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.97 
 
 
334 aa  261  8e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.97 
 
 
347 aa  261  8.999999999999999e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  47.79 
 
 
305 aa  261  1e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  47.39 
 
 
352 aa  261  1e-68  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  48.36 
 
 
339 aa  260  2e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  47.84 
 
 
342 aa  260  2e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.72 
 
 
343 aa  259  3e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  49.32 
 
 
311 aa  259  3e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.7 
 
 
319 aa  258  7e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.38 
 
 
325 aa  258  8e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  48.98 
 
 
311 aa  258  1e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.03 
 
 
340 aa  258  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.03 
 
 
319 aa  257  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  48.98 
 
 
320 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  49.14 
 
 
324 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  46.81 
 
 
334 aa  257  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.62 
 
 
316 aa  257  2e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  46.5 
 
 
319 aa  256  3e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  46.48 
 
 
341 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  45.86 
 
 
315 aa  256  4e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  47.32 
 
 
315 aa  255  5e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  44.62 
 
 
320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  46.63 
 
 
341 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  47.37 
 
 
319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  51.93 
 
 
311 aa  253  3e-66  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  46.77 
 
 
347 aa  253  3e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.56 
 
 
333 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  46.6 
 
 
343 aa  252  5.000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.99 
 
 
320 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.02 
 
 
313 aa  251  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.81 
 
 
356 aa  250  2e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  45.83 
 
 
320 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  45.83 
 
 
320 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.97 
 
 
349 aa  249  4e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.66 
 
 
310 aa  249  4e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.34 
 
 
332 aa  249  4e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.41 
 
 
322 aa  248  6e-65  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  45.97 
 
 
349 aa  248  6e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  44.81 
 
 
318 aa  247  2e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  45.69 
 
 
348 aa  247  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>