More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0763 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0763  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
416 aa  835    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000378884  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  53.28 
 
 
396 aa  419  1e-116  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  52.1 
 
 
408 aa  398  9.999999999999999e-111  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  49.14 
 
 
399 aa  397  1e-109  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0639  30S ribosomal protein S1  49.38 
 
 
400 aa  380  1e-104  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.136649  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1150  30S ribosomal protein S1  49.88 
 
 
400 aa  350  2e-95  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000136012  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1533  30S ribosomal protein S1  47 
 
 
391 aa  350  2e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.920483  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1563  30S ribosomal protein S1  47 
 
 
391 aa  350  2e-95  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  44.36 
 
 
387 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1044  30S ribosomal protein S1  47.5 
 
 
392 aa  332  9e-90  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  43.94 
 
 
387 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  43.7 
 
 
382 aa  323  5e-87  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  44.31 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 
382 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  43.81 
 
 
382 aa  318  1e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 
382 aa  317  2e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  43.81 
 
 
382 aa  317  2e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  43.56 
 
 
382 aa  317  3e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.95 
 
 
672 aa  316  4e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  49.11 
 
 
385 aa  315  8e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 
382 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.18 
 
 
736 aa  311  2e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  42.49 
 
 
678 aa  310  4e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.26 
 
 
677 aa  296  4e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  40 
 
 
405 aa  284  2.0000000000000002e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  42.65 
 
 
418 aa  281  1e-74  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.67 
 
 
705 aa  280  2e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.13 
 
 
676 aa  278  9e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  41.72 
 
 
403 aa  278  1e-73  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  40.36 
 
 
687 aa  278  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  42.42 
 
 
500 aa  276  6e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  41.85 
 
 
495 aa  275  7e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.74 
 
 
661 aa  275  9e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.51 
 
 
654 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  41.25 
 
 
529 aa  275  1.0000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  40.55 
 
 
479 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  41.83 
 
 
488 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  40.55 
 
 
479 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  40.55 
 
 
479 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  42.61 
 
 
480 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  41.85 
 
 
487 aa  272  6e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  40.92 
 
 
491 aa  273  6e-72  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  40.55 
 
 
487 aa  272  1e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  43.38 
 
 
493 aa  271  1e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  41.29 
 
 
495 aa  271  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  41.01 
 
 
493 aa  270  2.9999999999999997e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  42.21 
 
 
490 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  41.57 
 
 
492 aa  269  5.9999999999999995e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  40.44 
 
 
481 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  40.5 
 
 
481 aa  269  7e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  41.85 
 
 
492 aa  268  8.999999999999999e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  40.5 
 
 
481 aa  268  1e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  41.29 
 
 
493 aa  268  2e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  42.21 
 
 
491 aa  268  2e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  42.21 
 
 
491 aa  268  2e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  41.85 
 
 
488 aa  267  2.9999999999999995e-70  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.95 
 
 
686 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  41.85 
 
 
485 aa  266  4e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  40.91 
 
 
492 aa  266  4e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  41.93 
 
 
496 aa  266  5.999999999999999e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  42.09 
 
 
407 aa  265  8.999999999999999e-70  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  41.29 
 
 
488 aa  265  1e-69  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 
490 aa  264  2e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  41.55 
 
 
500 aa  263  3e-69  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  39.89 
 
 
485 aa  264  3e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  39.24 
 
 
499 aa  263  4e-69  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  41.06 
 
 
496 aa  263  4e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  40.67 
 
 
485 aa  262  6.999999999999999e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  40.17 
 
 
515 aa  261  1e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  42.61 
 
 
400 aa  260  2e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  40.11 
 
 
427 aa  256  4e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  40.38 
 
 
598 aa  256  4e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  42.33 
 
 
493 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  42.33 
 
 
493 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  41.36 
 
 
505 aa  253  4.0000000000000004e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  39.4 
 
 
378 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  41.67 
 
 
411 aa  251  2e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
378 aa  251  2e-65  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  43.06 
 
 
558 aa  247  2e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  38.34 
 
 
557 aa  241  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1112  RNA binding S1 domain protein  37.43 
 
 
397 aa  239  5e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000019918  unclonable  0.0000000535173 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.15 
 
 
694 aa  239  5.999999999999999e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  39.89 
 
 
403 aa  239  8e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.01 
 
 
672 aa  237  4e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.53 
 
 
643 aa  237  4e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.12 
 
 
411 aa  235  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  35.87 
 
 
539 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  39.72 
 
 
507 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  38.11 
 
 
587 aa  234  3e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  35.71 
 
 
596 aa  231  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0934  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.52 
 
 
388 aa  230  3e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000731277  normal  0.167396 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  37.83 
 
 
588 aa  229  8e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.94 
 
 
393 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  33.59 
 
 
556 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0502  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.86 
 
 
415 aa  227  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  36.26 
 
 
559 aa  227  4e-58  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  35.29 
 
 
720 aa  226  6e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>