More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0574 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
301 aa  627  1e-179  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  45.7 
 
 
299 aa  250  2e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1158  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  42.76 
 
 
299 aa  245  4.9999999999999997e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.52 
 
 
294 aa  234  1.0000000000000001e-60  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0410  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  40.65 
 
 
293 aa  226  4e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  41.09 
 
 
304 aa  216  4e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1521  RluA family pseudouridine synthase  36.46 
 
 
290 aa  203  3e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  36.82 
 
 
297 aa  202  7e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1421  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  41.18 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00665782  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.96 
 
 
297 aa  200  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36 
 
 
297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.87 
 
 
292 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.87 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  38.7 
 
 
298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36 
 
 
297 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  35.87 
 
 
297 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.87 
 
 
297 aa  196  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  36.5 
 
 
297 aa  196  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  35.27 
 
 
297 aa  194  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.29 
 
 
275 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  37.59 
 
 
298 aa  178  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  38.41 
 
 
285 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  37.59 
 
 
298 aa  177  3e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.78 
 
 
300 aa  175  7e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.54 
 
 
299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.13 
 
 
300 aa  172  6.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  37.63 
 
 
320 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.3 
 
 
308 aa  169  8e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.51 
 
 
302 aa  168  8e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  36.79 
 
 
319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  35.77 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  35.11 
 
 
307 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  35.11 
 
 
307 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.11 
 
 
307 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  37.18 
 
 
311 aa  159  7e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  39.17 
 
 
303 aa  158  8e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  36.82 
 
 
311 aa  158  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.5 
 
 
307 aa  158  1e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  34.75 
 
 
307 aa  157  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.74 
 
 
307 aa  157  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  39.82 
 
 
310 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  37.39 
 
 
297 aa  156  4e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  36.15 
 
 
302 aa  156  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  38.5 
 
 
307 aa  155  9e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.8 
 
 
305 aa  155  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 
307 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0588  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.26 
 
 
284 aa  153  4e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.900058  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  37.78 
 
 
298 aa  152  5e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  37.14 
 
 
304 aa  152  5e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  36.99 
 
 
303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  37.65 
 
 
356 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.26 
 
 
296 aa  151  1e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  36.61 
 
 
307 aa  151  1e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  40.76 
 
 
299 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.55 
 
 
310 aa  149  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0584  RluA family pseudouridine synthase  35.59 
 
 
298 aa  149  4e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.460121  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  37.11 
 
 
323 aa  149  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  38.46 
 
 
321 aa  150  4e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  31.68 
 
 
318 aa  149  5e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.22 
 
 
307 aa  149  6e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  36.04 
 
 
306 aa  149  8e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  35.4 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  39.15 
 
 
315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  38.82 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  33.21 
 
 
303 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  35.34 
 
 
306 aa  147  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  33.67 
 
 
541 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  34.64 
 
 
334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  35.87 
 
 
293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.14 
 
 
304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  35.88 
 
 
313 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  38.4 
 
 
304 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  35.29 
 
 
328 aa  144  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  35.69 
 
 
306 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  36.56 
 
 
314 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  37.83 
 
 
305 aa  143  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1958  RluA family pseudouridine synthase  34.66 
 
 
293 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.576308  normal  0.790812 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.24 
 
 
302 aa  142  8e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  36.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.82 
 
 
302 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 
305 aa  142  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 
305 aa  142  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.89 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.27 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.22 
 
 
307 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.929825  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.82 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  35 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.83 
 
 
303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  36.11 
 
 
234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0046  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.99 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.73 
 
 
296 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.71 
 
 
334 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.57 
 
 
306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  33.09 
 
 
525 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  36.4 
 
 
302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>