More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0004 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  100 
 
 
374 aa  765    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  57.68 
 
 
374 aa  452  1.0000000000000001e-126  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  52.99 
 
 
372 aa  403  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  52.29 
 
 
371 aa  393  1e-108  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  52.46 
 
 
374 aa  394  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  53.1 
 
 
373 aa  390  1e-107  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  51.74 
 
 
374 aa  385  1e-106  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  51.08 
 
 
370 aa  382  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  51.08 
 
 
370 aa  382  1e-105  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  50.13 
 
 
375 aa  379  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  49.87 
 
 
375 aa  377  1e-103  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  49.6 
 
 
375 aa  375  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  49.6 
 
 
375 aa  375  1e-103  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  49.6 
 
 
375 aa  375  1e-103  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  49.87 
 
 
375 aa  377  1e-103  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  49.6 
 
 
375 aa  375  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  49.6 
 
 
375 aa  376  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  49.6 
 
 
375 aa  375  1e-103  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  49.6 
 
 
375 aa  375  1e-103  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  49.6 
 
 
373 aa  373  1e-102  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  47.07 
 
 
366 aa  323  3e-87  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  46.92 
 
 
359 aa  317  3e-85  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  44.65 
 
 
369 aa  311  1e-83  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.18 
 
 
371 aa  282  7.000000000000001e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  37.67 
 
 
361 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  37.67 
 
 
361 aa  281  1e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.1 
 
 
386 aa  263  4.999999999999999e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  38.34 
 
 
375 aa  259  7e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.08 
 
 
360 aa  256  3e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.9 
 
 
365 aa  249  5e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.07 
 
 
376 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  38.17 
 
 
371 aa  243  5e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  37.37 
 
 
371 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.83 
 
 
372 aa  236  3e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  36.78 
 
 
369 aa  235  1.0000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  34.32 
 
 
365 aa  229  7e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  33.6 
 
 
365 aa  225  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  34.95 
 
 
362 aa  224  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  39.33 
 
 
390 aa  223  4e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  35.64 
 
 
370 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  34.1 
 
 
392 aa  219  8.999999999999998e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  39.08 
 
 
376 aa  218  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  32.26 
 
 
364 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  34.96 
 
 
364 aa  209  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  39.2 
 
 
387 aa  209  7e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  35.71 
 
 
370 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.69 
 
 
364 aa  208  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.96 
 
 
360 aa  207  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.94 
 
 
365 aa  205  8e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.48 
 
 
362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  32.33 
 
 
398 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  35.6 
 
 
384 aa  200  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  34.33 
 
 
386 aa  199  5e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  38.75 
 
 
377 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  38.22 
 
 
380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  38.22 
 
 
380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.98 
 
 
363 aa  197  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  39.51 
 
 
352 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.8 
 
 
382 aa  196  5.000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  31.45 
 
 
368 aa  193  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  29.83 
 
 
414 aa  192  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.43 
 
 
401 aa  191  1e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  34.15 
 
 
363 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.71 
 
 
397 aa  190  4e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.28 
 
 
359 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.28 
 
 
385 aa  189  7e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  32.76 
 
 
369 aa  189  9e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  32.64 
 
 
387 aa  188  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.74 
 
 
377 aa  188  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.14 
 
 
363 aa  187  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.11 
 
 
390 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  31.95 
 
 
377 aa  186  6e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  31.81 
 
 
371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  32.99 
 
 
394 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  29 
 
 
358 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20191  recombination protein F  33.63 
 
 
348 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1145  recombination protein F  33.63 
 
 
348 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 
369 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.89 
 
 
374 aa  180  4.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  30.77 
 
 
371 aa  179  8e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  30.43 
 
 
377 aa  179  8e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  31.11 
 
 
399 aa  178  1e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.62 
 
 
397 aa  179  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.85 
 
 
415 aa  178  2e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  31.95 
 
 
364 aa  177  3e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.43 
 
 
398 aa  176  5e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  30.1 
 
 
365 aa  176  7e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  29.86 
 
 
380 aa  176  8e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  29.86 
 
 
380 aa  176  9e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  29.86 
 
 
380 aa  176  9e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.02 
 
 
401 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  28.68 
 
 
390 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  30.75 
 
 
390 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  30.59 
 
 
364 aa  173  3.9999999999999995e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  31.39 
 
 
385 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.31 
 
 
402 aa  173  5e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.75 
 
 
369 aa  172  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.19 
 
 
381 aa  172  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  29.68 
 
 
376 aa  172  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  30.66 
 
 
376 aa  172  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>