More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2904 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  513  1e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  100 
 
 
261 aa  513  1e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  46.62 
 
 
261 aa  215  5e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  50.98 
 
 
260 aa  214  2e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  46.61 
 
 
265 aa  186  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  44.11 
 
 
265 aa  185  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 
258 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  47.55 
 
 
266 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  48.31 
 
 
266 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  46.37 
 
 
254 aa  176  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
259 aa  174  1e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  46.25 
 
 
259 aa  174  1e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
259 aa  174  2e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
259 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
259 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
259 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  45.85 
 
 
259 aa  174  2e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
259 aa  172  4e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  43.92 
 
 
256 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  45.6 
 
 
259 aa  172  7e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  47.55 
 
 
266 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  44.57 
 
 
261 aa  170  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  44.88 
 
 
259 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  45.63 
 
 
267 aa  169  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  44.86 
 
 
264 aa  169  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  42.69 
 
 
260 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 
270 aa  164  1e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
266 aa  163  2e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  42 
 
 
270 aa  162  4e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  42.91 
 
 
260 aa  158  9e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 
257 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  41.83 
 
 
264 aa  153  2e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 
257 aa  151  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 
257 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 
257 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 
257 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 
257 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  44.27 
 
 
257 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
267 aa  131  1e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
267 aa  130  2e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
277 aa  128  1e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
277 aa  127  1e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
238 aa  126  4e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
265 aa  125  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
256 aa  125  8e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
259 aa  124  1e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 
256 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
275 aa  122  8e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
266 aa  120  2e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.54 
 
 
266 aa  120  2e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
266 aa  119  4e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
242 aa  119  6e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.32 
 
 
263 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
266 aa  118  8e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
282 aa  117  1e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.17 
 
 
253 aa  117  2e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
260 aa  116  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
249 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.27 
 
 
239 aa  116  4e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.4 
 
 
239 aa  115  9e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
239 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  8.61938e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
242 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
239 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.59131e-44 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
239 aa  113  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
242 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
242 aa  113  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
242 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
239 aa  113  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  8.94376e-15 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
242 aa  113  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 
240 aa  112  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
275 aa  112  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.16 
 
 
261 aa  112  7e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
262 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0537  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
262 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 
238 aa  110  2e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
262 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
262 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
294 aa  110  2e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2168  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
262 aa  110  2e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408948  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.15 
 
 
262 aa  110  2e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.34 
 
 
269 aa  108  7e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
239 aa  108  7e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
266 aa  108  8e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.76 
 
 
262 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
245 aa  108  1e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
239 aa  107  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
240 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
233 aa  106  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
261 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
241 aa  106  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.68636e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  34.74 
 
 
250 aa  107  3e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
266 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
266 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
295 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
279 aa  105  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.649512  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
269 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.53 
 
 
271 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
257 aa  105  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  34.74 
 
 
247 aa  105  8e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
266 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>