205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2885 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
113 aa  225  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  100 
 
 
113 aa  225  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  63.72 
 
 
113 aa  145  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  59.82 
 
 
113 aa  142  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  55.45 
 
 
110 aa  129  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  52.21 
 
 
113 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.56 
 
 
113 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  51.33 
 
 
113 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  55.36 
 
 
113 aa  123  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  47.79 
 
 
113 aa  122  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.67 
 
 
113 aa  120  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.67 
 
 
113 aa  120  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.56 
 
 
113 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  50 
 
 
110 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  46.9 
 
 
113 aa  118  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  48.67 
 
 
113 aa  117  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.9 
 
 
113 aa  114  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  48.21 
 
 
113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.02 
 
 
113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.11 
 
 
113 aa  111  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.43 
 
 
115 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  46.9 
 
 
113 aa  105  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.75 
 
 
113 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.96 
 
 
117 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  45.13 
 
 
113 aa  104  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  45.13 
 
 
113 aa  104  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  45.13 
 
 
113 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  45.13 
 
 
113 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  45.13 
 
 
113 aa  103  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  100  7e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.25 
 
 
113 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  44.25 
 
 
113 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  45.13 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  44.25 
 
 
113 aa  99.4  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  44.25 
 
 
113 aa  99.4  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  44.25 
 
 
113 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  44.25 
 
 
113 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  44.25 
 
 
113 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  44.25 
 
 
113 aa  99.4  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  98.2  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.61 
 
 
114 aa  98.6  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  41.59 
 
 
113 aa  97.8  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  44.25 
 
 
110 aa  97.8  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  43.36 
 
 
110 aa  97.4  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
114 aa  96.3  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.64 
 
 
117 aa  94.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0865  hydrogenase expression/synthesis HypA  43.36 
 
 
109 aa  94  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.71265  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0717  hydrogenase nickel insertion protein HypA  43.36 
 
 
109 aa  94  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
114 aa  93.6  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  42.48 
 
 
113 aa  93.6  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3749  hydrogenase expression/synthesis HypA  39.82 
 
 
112 aa  93.2  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0476  hydrogenase formation/expression  39.82 
 
 
112 aa  92  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.653213  normal  0.217154 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  91.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.71 
 
 
114 aa  92  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
113 aa  92  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
116 aa  90.9  6e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  89.4  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  41.07 
 
 
115 aa  89  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
121 aa  87  8e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  40.71 
 
 
114 aa  86.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
110 aa  85.9  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
120 aa  85.5  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
117 aa  84.7  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.4 
 
 
117 aa  84.7  4e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
118 aa  84  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0474  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.13 
 
 
115 aa  84  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.635429  normal  0.537416 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
118 aa  84  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
118 aa  84  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
118 aa  84  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
118 aa  84  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
128 aa  84  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
120 aa  83.6  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  40.18 
 
 
115 aa  83.6  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  37.72 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.72 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  37.72 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
120 aa  82.8  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3140  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
110 aa  82  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.05 
 
 
110 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2418  hydrogenase nickel insertion protein HypA  35.4 
 
 
136 aa  80.9  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103783  normal  0.115418 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3461  hydrogenase expression/synthesis HypA  38.94 
 
 
111 aa  80.9  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000576612  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  36.61 
 
 
138 aa  80.9  0.000000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  37.72 
 
 
116 aa  80.5  0.000000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2830  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.63 
 
 
123 aa  79  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1122  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
110 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0720  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.4 
 
 
125 aa  77.4  0.00000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.973117  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
119 aa  77.4  0.00000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.21 
 
 
113 aa  77  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
119 aa  77.4  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2435  hydrogenase nickel incorporation protein  40.87 
 
 
114 aa  77  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.931347  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
130 aa  76.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>