287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2708 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2708  Cytochrome b/b6 domain  100 
 
 
402 aa  804    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000216389  unclonable  0.0000000000381098 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3110  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  100 
 
 
402 aa  804    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.176083  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2352  Cytochrome b/b6 domain  65.24 
 
 
404 aa  555  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.16814  hitchhiker  0.00000000117794 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2730  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  65.24 
 
 
404 aa  555  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.187395  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  50.12 
 
 
403 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  50.37 
 
 
403 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  49.75 
 
 
408 aa  422  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  48.89 
 
 
410 aa  421  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.12 
 
 
404 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  50.37 
 
 
403 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  49.63 
 
 
404 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  50.12 
 
 
403 aa  408  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.12 
 
 
404 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  49.37 
 
 
410 aa  410  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  50.12 
 
 
404 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  49.88 
 
 
403 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  49.38 
 
 
404 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  44.24 
 
 
466 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  50.69 
 
 
464 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0904  cytochrome b/b6 domain-containing protein  49.38 
 
 
403 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168662  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  43.53 
 
 
466 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  47.26 
 
 
403 aa  401  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2108  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.78 
 
 
410 aa  396  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0919786  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  48.87 
 
 
413 aa  395  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  45.85 
 
 
433 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2469  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.29 
 
 
410 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00715647  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  49.75 
 
 
459 aa  389  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.3 
 
 
467 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  46.53 
 
 
414 aa  389  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  42.4 
 
 
459 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  41.83 
 
 
466 aa  388  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.23 
 
 
404 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.23 
 
 
404 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  42.4 
 
 
459 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.48 
 
 
404 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0421  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.21 
 
 
460 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270463 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0345  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.31 
 
 
459 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2742  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.89 
 
 
460 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00440  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  51.24 
 
 
419 aa  386  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.121242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1403  Cytochrome b/b6 domain protein  46.59 
 
 
422 aa  386  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.23 
 
 
404 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2665  cytochrome b/b6-like  41.93 
 
 
460 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.628042  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0369  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.31 
 
 
460 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.723254 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0442  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.21 
 
 
460 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.98 
 
 
404 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.98 
 
 
404 aa  385  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.73 
 
 
404 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  47.73 
 
 
404 aa  385  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  48.23 
 
 
404 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.73 
 
 
404 aa  384  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.1 
 
 
404 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.47 
 
 
404 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150358  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  47.73 
 
 
404 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  42.26 
 
 
466 aa  384  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  47.47 
 
 
404 aa  382  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.74 
 
 
404 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0360  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.31 
 
 
460 aa  385  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0523678  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5502  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.58 
 
 
471 aa  381  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.189406 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3540  cytochrome b/b6-like  41.86 
 
 
459 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  42.89 
 
 
466 aa  379  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1421  cytochrome b, b6 subunit  49.12 
 
 
401 aa  377  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133027  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  43.46 
 
 
473 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.46 
 
 
473 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.58 
 
 
472 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2976  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.235665  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  47.98 
 
 
404 aa  375  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1584  cytochrome b/b6-like  48.61 
 
 
401 aa  375  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.385225  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.48 
 
 
470 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1806  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.557352  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3706  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2697  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3674  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456535  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3649  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  48.74 
 
 
469 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3257  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2747  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  42.86 
 
 
460 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.936741  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2928  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  40.89 
 
 
467 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1201  Cytochrome b/b6 domain protein  42.05 
 
 
478 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.690827  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0795  cytochrome b/b6 domain-containing protein  48.26 
 
 
410 aa  369  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000156903  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2858  Cytochrome b/b6 domain protein  42.44 
 
 
466 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.702367  normal  0.267676 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3205  Cytochrome b/b6 domain  42.44 
 
 
466 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  46.53 
 
 
747 aa  369  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0714  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.02 
 
 
469 aa  364  1e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.455479 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1362  Cytochrome b/b6 domain  49.63 
 
 
419 aa  364  2e-99  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.367822  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  46.78 
 
 
421 aa  364  2e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  44.63 
 
 
423 aa  363  2e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2661  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  47.1 
 
 
422 aa  362  6e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00823249  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3229  cytochrome b/b6-like protein  42 
 
 
467 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3092  cytochrome b/b6, N-terminal  41.78 
 
 
467 aa  360  3e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363468  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  43.83 
 
 
426 aa  359  6e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  45.58 
 
 
421 aa  357  1.9999999999999998e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  45.35 
 
 
421 aa  355  8.999999999999999e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  43.1 
 
 
421 aa  353  2e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  43.13 
 
 
422 aa  342  8e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1944  ubiquinol cytochrome C oxidoreductase, cytochrome B subunit  46.91 
 
 
430 aa  335  5.999999999999999e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0553456  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1879  cytochrome b/b6 domain-containing protein  46.91 
 
 
420 aa  334  1e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.135906  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  42.26 
 
 
401 aa  334  2e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  42.04 
 
 
689 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  43.14 
 
 
418 aa  330  3e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  42.96 
 
 
417 aa  329  4e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>