More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2490 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2490  glycine cleavage H-protein  100 
 
 
148 aa  309  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2869  glycine cleavage system H protein, putative  100 
 
 
148 aa  309  9e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3134  glycine cleavage H-protein  61.9 
 
 
150 aa  208  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1746  glycine cleavage H-protein  61.22 
 
 
150 aa  205  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.342973  normal  0.262336 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1076  glycine cleavage system protein H  45.95 
 
 
158 aa  140  8e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000510975  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1073  glycine cleavage system protein H  45.27 
 
 
148 aa  130  5e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000237871  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2547  glycine cleavage system H protein, putative  43.7 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2175  glycine cleavage H-protein  43.7 
 
 
145 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000381106 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0973  glycine cleavage H-protein  43.15 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.714694  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1481  glycine cleavage system protein H  44.37 
 
 
148 aa  118  3e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.14622  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2549  glycine cleavage system protein H, putative  42.76 
 
 
148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2177  glycine cleavage H-protein  42.76 
 
 
148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000031691 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2208  glycine cleavage H-protein  41.48 
 
 
145 aa  115  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0665722  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0640  glycine cleavage H-protein  41.48 
 
 
145 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0818031 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2210  glycine cleavage H-protein  43.36 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00775002  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2035  glycine cleavage H-protein  43.66 
 
 
148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0638  glycine cleavage H-protein  41.96 
 
 
148 aa  110  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0575537 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2577  glycine cleavage system protein H  43.1 
 
 
130 aa  98.6  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0304435  normal  0.0181641 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3591  glycine cleavage system protein H  40.74 
 
 
129 aa  95.5  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  41.67 
 
 
130 aa  92.8  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  43.12 
 
 
130 aa  92.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  37.27 
 
 
129 aa  92  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  40 
 
 
129 aa  91.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0974  glycine cleavage H-protein  37.75 
 
 
158 aa  91.7  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.357877  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0290  glycine cleavage system protein H  39.81 
 
 
130 aa  91.3  4e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.148153  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1903  glycine cleavage system protein H  39.81 
 
 
130 aa  91.3  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0438  glycine cleavage system H protein  36.64 
 
 
138 aa  90.9  5e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00862  glycine cleavage system protein H  38.18 
 
 
129 aa  89.7  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0834  glycine cleavage system protein H  37.96 
 
 
129 aa  89.7  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3968  glycine cleavage system protein H  38.18 
 
 
129 aa  89.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0721397  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  36.72 
 
 
130 aa  88.6  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000111817  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  37.27 
 
 
129 aa  88.2  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  37.96 
 
 
129 aa  88.6  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  38.18 
 
 
129 aa  88.6  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  38.18 
 
 
126 aa  87.8  4e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3674  glycine cleavage system protein H  38.18 
 
 
129 aa  87.8  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  38.18 
 
 
126 aa  87.8  4e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000312809  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0780  glycine cleavage system protein H  37.27 
 
 
129 aa  87.8  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  37.96 
 
 
129 aa  87.4  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3330  glycine cleavage system protein H  37.27 
 
 
129 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.277505  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3500  glycine cleavage system protein H  37.27 
 
 
129 aa  87.8  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.497243  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3210  glycine cleavage system protein H  37.96 
 
 
129 aa  87.4  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0184338  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4011  glycine cleavage system H protein  37.9 
 
 
134 aa  87  7e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.109498  normal  0.181592 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1124  glycine cleavage system H protein  42.45 
 
 
129 aa  87  8e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0332  glycine cleavage system protein H  37.07 
 
 
129 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0897  glycine cleavage system H protein  35.43 
 
 
135 aa  86.3  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00473644  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0618  glycine cleavage system protein H  36.36 
 
 
129 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.475927  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  38.89 
 
 
129 aa  85.5  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3676  glycine cleavage system protein H  36.36 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.134478  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3618  glycine cleavage system protein H  36.36 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.5  2e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3800  glycine cleavage system protein H  36.36 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  36.21 
 
 
129 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  37.6 
 
 
130 aa  85.1  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1577  glycine cleavage system H protein  41.9 
 
 
125 aa  84  7e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.731987  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2804  glycine cleavage system protein H  42.73 
 
 
127 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0629199  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1541  glycine cleavage system H protein  38.68 
 
 
128 aa  83.2  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  37.93 
 
 
127 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32985  glycine cleavage system protein H  42.73 
 
 
127 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0356565  hitchhiker  0.0000202177 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0051  glycine cleavage system H protein  41.67 
 
 
127 aa  82.8  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5357  glycine cleavage system H protein  36.79 
 
 
126 aa  82.4  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1417  glycine cleavage system H protein  37.01 
 
 
126 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1570  glycine cleavage H-protein  38.94 
 
 
137 aa  82  0.000000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0137365 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1227  glycine cleavage system H protein  40.74 
 
 
130 aa  81.6  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2078  glycine cleavage H-protein  35.45 
 
 
140 aa  81.6  0.000000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  36.36 
 
 
127 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1723  glycine cleavage system protein H  38.1 
 
 
126 aa  80.9  0.000000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000363297  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  35.34 
 
 
126 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5518  hypothetical protein  34.31 
 
 
155 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1540  glycine cleavage system H protein  36.89 
 
 
133 aa  80.5  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.186555  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  35.45 
 
 
127 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  34.92 
 
 
127 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63370  hypothetical protein  34.75 
 
 
155 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.117247  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2714  glycine cleavage system H protein  40.37 
 
 
128 aa  80.1  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0651249  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0960  glycine cleavage system H protein  37.61 
 
 
130 aa  79.7  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0907  glycine cleavage H-protein  35.34 
 
 
130 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5959  glycine cleavage system protein H  33.61 
 
 
142 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.723705  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3004  glycine cleavage system protein H  34.23 
 
 
126 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.655553 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0868  glycine cleavage system protein H  31.5 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3831  glycine cleavage system protein H  31.5 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.396771  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0864  glycine cleavage system protein H  31.5 
 
 
128 aa  78.2  0.00000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.786548  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4391  glycine cleavage system protein H  38.74 
 
 
127 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.175178 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3127  glycine cleavage system H protein  38.05 
 
 
126 aa  77.8  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  39.84 
 
 
127 aa  77.8  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68860  glycine cleavage system protein H  34.48 
 
 
129 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1275  glycine cleavage system H protein  34.48 
 
 
129 aa  77.4  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421201  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0247  glycine cleavage system protein H  35.34 
 
 
128 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3998  glycine cleavage system H protein  38.1 
 
 
126 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>