More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2280 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  100 
 
 		 378 aa  766    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 378 aa  766    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  79.1 
 
 		 374 aa  568  1e-161  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  55.99 
 
 		 355 aa  355  5e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  53.39 
 
 		 380 aa  343  2e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 359 aa  342  7e-93  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  49.87 
 
 		 363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  50.42 
 
 		 354 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  51 
 
 		 378 aa  335  7e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  49.02 
 
 		 385 aa  335  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  51.6 
 
 		 396 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  47.55 
 
 		 369 aa  329  4e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  50.87 
 
 		 363 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  49.57 
 
 		 359 aa  329  5.0000000000000004e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  52.48 
 
 		 356 aa  327  2.0000000000000001e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  46.28 
 
 		 371 aa  326  3e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 359 aa  326  5e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  46.11 
 
 		 371 aa  325  6e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  48.4 
 
 		 365 aa  323  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  50.14 
 
 		 381 aa  322  6e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  47.54 
 
 		 372 aa  320  3e-86  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  49.03 
 
 		 378 aa  318  7.999999999999999e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  46.67 
 
 		 359 aa  316  3e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  46.28 
 
 		 389 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  46.96 
 
 		 358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  49.42 
 
 		 359 aa  310  2e-83  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  47.92 
 
 		 373 aa  308  1.0000000000000001e-82  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  48.73 
 
 		 375 aa  307  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  45.27 
 
 		 364 aa  304  2.0000000000000002e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  45.98 
 
 		 357 aa  304  2.0000000000000002e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  46.36 
 
 		 360 aa  303  3.0000000000000004e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  48.7 
 
 		 373 aa  303  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  47.73 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  45.17 
 
 		 367 aa  301  1e-80  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  47.49 
 
 		 353 aa  300  2e-80  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  47.09 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  46.55 
 
 		 364 aa  295  7e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  46.17 
 
 		 383 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  46.17 
 
 		 361 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  46.17 
 
 		 408 aa  293  4e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  46.46 
 
 		 392 aa  293  4e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  47.11 
 
 		 399 aa  291  1e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  48.83 
 
 		 354 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  44.82 
 
 		 368 aa  291  2e-77  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  45.78 
 
 		 405 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 404 aa  288  1e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  44.9 
 
 		 356 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  44.9 
 
 		 356 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 404 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 406 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 400 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  49.16 
 
 		 354 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 400 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 400 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 403 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  45.45 
 
 		 429 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  48.49 
 
 		 354 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  49.5 
 
 		 355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  49.16 
 
 		 355 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  48.49 
 
 		 354 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  44.56 
 
 		 379 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  42.45 
 
 		 393 aa  283  4.0000000000000003e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  48.54 
 
 		 376 aa  283  5.000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  48.67 
 
 		 354 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  46.98 
 
 		 352 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  49.83 
 
 		 349 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  47.65 
 
 		 353 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  48.99 
 
 		 353 aa  279  5e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  46.64 
 
 		 353 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  49.16 
 
 		 349 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  47.44 
 
 		 443 aa  276  4e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1586  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  43.06 
 
 		 361 aa  276  5e-73  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  47.99 
 
 		 369 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  47.5 
 
 		 418 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  46.94 
 
 		 426 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  46.36 
 
 		 407 aa  272  7e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  49.5 
 
 		 357 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  47.7 
 
 		 417 aa  271  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  46.67 
 
 		 418 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  46.39 
 
 		 418 aa  270  2.9999999999999997e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  44.92 
 
 		 466 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  44.13 
 
 		 330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  49 
 
 		 362 aa  270  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 		 358 aa  270  4e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  43.9 
 
 		 357 aa  269  7e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  48.67 
 
 		 357 aa  269  7e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  46.59 
 
 		 356 aa  269  7e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  42.3 
 
 		 834 aa  268  8.999999999999999e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  48.08 
 
 		 369 aa  268  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  42.93 
 
 		 385 aa  268  1e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  43.96 
 
 		 348 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  48.52 
 
 		 364 aa  264  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  47.81 
 
 		 420 aa  263  3e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  43.45 
 
 		 359 aa  263  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  46.15 
 
 		 355 aa  263  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  46.39 
 
 		 399 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  39.61 
 
 		 350 aa  263  4.999999999999999e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  46.99 
 
 		 424 aa  261  2e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  42.82 
 
 		 358 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  43.44 
 
 		 359 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>