More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2177 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2549  glycine cleavage system protein H, putative  100 
 
 
148 aa  305  1e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2177  glycine cleavage H-protein  100 
 
 
148 aa  305  1e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  decreased coverage  3.1691e-10 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2210  glycine cleavage H-protein  68.92 
 
 
148 aa  213  8e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00775002  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0638  glycine cleavage H-protein  67.57 
 
 
148 aa  207  3e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0575537 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1746  glycine cleavage H-protein  47.59 
 
 
150 aa  133  8e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.342973  normal  0.262336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3134  glycine cleavage H-protein  47.59 
 
 
150 aa  131  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1076  glycine cleavage system protein H  42.47 
 
 
158 aa  129  1e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  5.10975e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2869  glycine cleavage system H protein, putative  42.76 
 
 
148 aa  117  5e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2490  glycine cleavage H-protein  42.76 
 
 
148 aa  117  5e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2175  glycine cleavage H-protein  36.03 
 
 
145 aa  97.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  decreased coverage  3.81106e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2547  glycine cleavage system H protein, putative  36.03 
 
 
145 aa  97.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0973  glycine cleavage H-protein  38.46 
 
 
144 aa  95.5  2e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.714694  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1481  glycine cleavage system protein H  40 
 
 
148 aa  93.2  1e-18  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.14622  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1073  glycine cleavage system protein H  39.47 
 
 
148 aa  92  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  2.37871e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2035  glycine cleavage H-protein  35.17 
 
 
148 aa  88.2  3e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2208  glycine cleavage H-protein  34.56 
 
 
145 aa  88.2  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0665722  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0640  glycine cleavage H-protein  33.82 
 
 
145 aa  87.8  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0818031 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1570  glycine cleavage H-protein  34.78 
 
 
137 aa  84  7e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0137365 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0974  glycine cleavage H-protein  35.66 
 
 
158 aa  83.6  8e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.357877  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0438  glycine cleavage system H protein  38.74 
 
 
138 aa  82.8  1e-15  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  41.88 
 
 
126 aa  81.3  4e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2078  glycine cleavage H-protein  32.73 
 
 
140 aa  79.7  1e-14  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3881  glycine cleavage system protein H  39.32 
 
 
126 aa  73.9  7e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3004  glycine cleavage system protein H  39.22 
 
 
126 aa  71.6  4e-12  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.655553 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3294  glycine cleavage system protein H  33.96 
 
 
127 aa  69.3  2e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3324  glycine cleavage H-protein  34.58 
 
 
155 aa  69.3  2e-11  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0317  glycine cleavage system H protein  37.17 
 
 
128 aa  66.6  1e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3310  glycine cleavage system H protein  33.63 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1543  glycine cleavage system H protein  33.63 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.532725  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3927  glycine cleavage system H protein  33.63 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0419405  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2994  glycine cleavage system H protein  33.63 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3998  glycine cleavage system H protein  33.65 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3060  glycine cleavage system H protein  33.63 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0128  glycine cleavage system H protein  33.63 
 
 
126 aa  65.5  2e-10  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3254  glycine cleavage system H protein  33.65 
 
 
126 aa  65.5  3e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0339  glycine cleavage system protein H  31.62 
 
 
130 aa  65.1  3e-10  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.11817e-06  normal  0.10942 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  34.95 
 
 
130 aa  64.7  4e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0764  glycine cleavage system protein H  36.04 
 
 
126 aa  64.7  4e-10  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  35.85 
 
 
127 aa  64.7  4e-10  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  32.35 
 
 
130 aa  64.3  5e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.891721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5427  glycine cleavage system protein H  35.4 
 
 
127 aa  63.9  6e-10  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.801429  normal  0.0250136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5100  glycine cleavage system protein H  32.63 
 
 
127 aa  63.9  8e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.831636  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0142  glycine cleavage system protein H  32.67 
 
 
126 aa  63.5  9e-10  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.207968  normal  0.345489 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5193  glycine cleavage system protein H  34.51 
 
 
127 aa  63.2  1e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.458089  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3481  glycine cleavage system protein H  33.03 
 
 
126 aa  62  2e-09  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1055  glycine cleavage system H protein  34.07 
 
 
131 aa  62.8  2e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.206037  normal  0.46199 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0225  glycine cleavage system H protein  34 
 
 
123 aa  62.8  2e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  3.51635e-06  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5253  glycine cleavage system protein H  33.96 
 
 
127 aa  62.8  2e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2577  glycine cleavage system protein H  36.79 
 
 
130 aa  62  2e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0304435  normal  0.0181641 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1124  glycine cleavage system H protein  33.93 
 
 
129 aa  62.8  2e-09  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0051  glycine cleavage system H protein  36.26 
 
 
127 aa  61.6  3e-09  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  35.29 
 
 
129 aa  61.6  3e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1539  glycine cleavage system protein H  32.32 
 
 
127 aa  62  3e-09  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.463905  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3330  glycine cleavage system protein H  32.11 
 
 
126 aa  62  3e-09  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0144  glycine cleavage system protein H  33.66 
 
 
126 aa  61.6  4e-09  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.87599 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0897  glycine cleavage system H protein  34.65 
 
 
135 aa  61.2  5e-09  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00473644  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0158  glycine cleavage system protein H  32.79 
 
 
126 aa  61.2  5e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11856  glycine cleavage system protein H  31.01 
 
 
134 aa  61.2  5e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.795989 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3403  glycine cleavage system protein H  31.93 
 
 
131 aa  61.2  5e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0792246  normal  0.940944 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0132  glycine cleavage system H protein  33.66 
 
 
153 aa  61.2  5e-09  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3136  glycine cleavage system protein H  31.93 
 
 
131 aa  60.8  6e-09  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323825  normal  0.0420611 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0231  glycine cleavage system protein H  32.32 
 
 
126 aa  60.8  7e-09  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0290  glycine cleavage system protein H  33.33 
 
 
130 aa  60.5  8e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.148153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1903  glycine cleavage system protein H  33.33 
 
 
130 aa  60.5  8e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  33.98 
 
 
126 aa  60.5  8e-09  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  3.12809e-07  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  33.98 
 
 
126 aa  60.5  8e-09  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  34.21 
 
 
129 aa  60.5  9e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3591  glycine cleavage system protein H  36.26 
 
 
129 aa  60.5  9e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.961592  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2021  glycine cleavage system H protein  34.59 
 
 
128 aa  60.1  9e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.132774  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0145  glycine cleavage system protein H  31.97 
 
 
126 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2876  glycine cleavage system protein H  32.52 
 
 
131 aa  59.7  1e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2889  glycine cleavage system protein H  32.52 
 
 
131 aa  59.7  1e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.486572  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2910  glycine cleavage system protein H  31.97 
 
 
126 aa  59.7  1e-08  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2845  glycine cleavage system protein H  32.52 
 
 
131 aa  59.7  1e-08  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0907  glycine cleavage H-protein  33.93 
 
 
130 aa  59.3  2e-08  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0953  glycine cleavage system protein H  32.63 
 
 
126 aa  59.3  2e-08  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3161  glycine cleavage system protein H  32.71 
 
 
126 aa  59.3  2e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.876766  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0213  glycine cleavage system protein H  33.33 
 
 
129 aa  58.5  3e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6623  glycine cleavage system H protein  33.33 
 
 
127 aa  58.5  3e-08  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.197199 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  33.33 
 
 
130 aa  58.2  4e-08  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2004  glycine cleavage system H protein  33.64 
 
 
127 aa  58.2  4e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.829681  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1577  glycine cleavage system H protein  34.65 
 
 
125 aa  57.8  5e-08  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.731987  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3488  glycine cleavage system protein H  31.78 
 
 
126 aa  57.8  5e-08  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3206  glycine cleavage system protein H  32.58 
 
 
128 aa  57.4  7e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000136098  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2284  glycine cleavage system protein H  33.01 
 
 
127 aa  57  8e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.31012  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63370  hypothetical protein  27.66 
 
 
155 aa  57  9e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.117247  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0177  glycine cleavage system protein H  35.09 
 
 
129 aa  56.6  1e-07  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.133381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>