More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2175 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_2547  glycine cleavage system H protein, putative  100 
 
 
145 aa  292  8e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2175  glycine cleavage H-protein  100 
 
 
145 aa  292  8e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  decreased coverage  3.81106e-10 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0640  glycine cleavage H-protein  73.1 
 
 
145 aa  226  6e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0818031 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2208  glycine cleavage H-protein  71.72 
 
 
145 aa  223  5e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0665722  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1073  glycine cleavage system protein H  54.62 
 
 
148 aa  136  8e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  2.37871e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5518  hypothetical protein  43.57 
 
 
155 aa  132  1e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63370  hypothetical protein  42.86 
 
 
155 aa  131  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.117247  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0973  glycine cleavage H-protein  47.18 
 
 
144 aa  128  3e-29  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.714694  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2869  glycine cleavage system H protein, putative  43.7 
 
 
148 aa  119  1e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2490  glycine cleavage H-protein  43.7 
 
 
148 aa  119  1e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1076  glycine cleavage system protein H  42.64 
 
 
158 aa  118  2e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  5.10975e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1481  glycine cleavage system protein H  39.86 
 
 
148 aa  106  8e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.14622  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3134  glycine cleavage H-protein  38.46 
 
 
150 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2210  glycine cleavage H-protein  36.76 
 
 
148 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00775002  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2035  glycine cleavage H-protein  45.79 
 
 
148 aa  98.2  3e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1746  glycine cleavage H-protein  38.4 
 
 
150 aa  97.8  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.342973  normal  0.262336 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2177  glycine cleavage H-protein  36.03 
 
 
148 aa  97.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  decreased coverage  3.1691e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2549  glycine cleavage system protein H, putative  36.03 
 
 
148 aa  97.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0438  glycine cleavage system H protein  44 
 
 
138 aa  97.4  6e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0638  glycine cleavage H-protein  40 
 
 
148 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0575537 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2078  glycine cleavage H-protein  35.11 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1191  glycine cleavage system protein H  39.17 
 
 
130 aa  93.2  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0974  glycine cleavage H-protein  36.15 
 
 
158 aa  92  3e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.357877  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0897  glycine cleavage system H protein  37.9 
 
 
135 aa  89  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00473644  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1809  glycine cleavage H-protein  35.65 
 
 
147 aa  89  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0431801  normal  0.183881 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0805  glycine cleavage system protein H  36.57 
 
 
126 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  3.12809e-07  normal  0.950872 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0798  glycine cleavage system protein H  36.57 
 
 
126 aa  88.6  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00579569  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2577  glycine cleavage system protein H  37.61 
 
 
130 aa  85.9  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0304435  normal  0.0181641 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2758  glycine cleavage system protein H  41.94 
 
 
130 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1124  glycine cleavage system H protein  40.19 
 
 
129 aa  84  6e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6623  glycine cleavage system H protein  37.82 
 
 
127 aa  83.2  1e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.197199 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1227  glycine cleavage system H protein  42.2 
 
 
130 aa  83.2  1e-15  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1719  glycine cleavage system H protein  37.96 
 
 
130 aa  82.4  2e-15  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.891721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02736  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0429973  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3136  glycine cleavage system protein H  39.05 
 
 
131 aa  81.6  4e-15  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.323825  normal  0.0420611 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3097  glycine cleavage system H protein  38.4 
 
 
127 aa  81.3  4e-15  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.215874  normal  0.0104752 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3036  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.197625  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3325  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0805  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0782061  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3224  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.226187  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3323  glycine cleavage system protein H  40.37 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3286  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3289  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3063  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4195  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3212  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0254293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02699  hypothetical protein  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0553776  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3391  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.317969  normal  0.844228 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0788  glycine cleavage system H protein  37.98 
 
 
129 aa  81.3  4e-15  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.471951  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1570  glycine cleavage H-protein  37.96 
 
 
137 aa  80.9  5e-15  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0137365 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0676  glycine cleavage system H protein  39.09 
 
 
127 aa  81.3  5e-15  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1497  glycine cleavage system H protein  41.12 
 
 
126 aa  80.9  5e-15  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2714  glycine cleavage system H protein  37.12 
 
 
128 aa  80.9  5e-15  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0651249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3231  glycine cleavage system protein H  38.21 
 
 
129 aa  80.5  7e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.816191  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47270  Glycine cleavage system H protein  40.87 
 
 
129 aa  80.5  8e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.666574  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0994  glycine cleavage system protein H  39.42 
 
 
127 aa  80.1  9e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3488  glycine cleavage system protein H  38.76 
 
 
126 aa  79.3  1e-14  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13340  glycine cleavage system H protein  39.81 
 
 
127 aa  79  2e-14  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0055  glycine cleavage system protein H  39.62 
 
 
126 aa  79  2e-14  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2720  glycine cleavage system protein H  36.45 
 
 
129 aa  79.3  2e-14  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0615009  normal  0.778842 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0213  glycine cleavage system protein H  38.53 
 
 
129 aa  79.3  2e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3161  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
126 aa  78.2  3e-14  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.876766  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2021  glycine cleavage system H protein  38.53 
 
 
128 aa  78.2  3e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.132774  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0960  glycine cleavage system H protein  39.29 
 
 
130 aa  78.6  3e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0290  glycine cleavage system protein H  35.78 
 
 
130 aa  78.2  4e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.148153  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1903  glycine cleavage system protein H  35.78 
 
 
130 aa  78.2  4e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0811  glycine cleavage system protein H  37.61 
 
 
130 aa  77.8  4e-14  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.061834  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3608  glycine cleavage system H protein  38.32 
 
 
140 aa  78.2  4e-14  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.039586  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2521  glycine cleavage system H protein  36.97 
 
 
126 aa  77.8  5e-14  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1244  glycine cleavage system protein H  37.98 
 
 
128 aa  77.4  5e-14  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4864  glycine cleavage system H protein  36.76 
 
 
128 aa  77.8  5e-14  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11856  glycine cleavage system protein H  35.07 
 
 
134 aa  77.4  6e-14  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.795989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3050  glycine cleavage system protein H  41.84 
 
 
126 aa  77.4  6e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.110388  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0834  glycine cleavage system protein H  36.45 
 
 
129 aa  77.4  6e-14  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0985  glycine cleavage system H protein  40.74 
 
 
132 aa  77  7e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00310181  hitchhiker  0.00751565 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14980  glycine cleavage system H protein  36.19 
 
 
129 aa  77  7e-14  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0575486  normal  0.572027 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0717  glycine cleavage system H protein  34.55 
 
 
128 aa  77.4  7e-14  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5357  glycine cleavage system H protein  35.51 
 
 
126 aa  77  7e-14  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3004  glycine cleavage system protein H  37.38 
 
 
126 aa  77  8e-14  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.655553 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1467  glycine cleavage system protein H  39.47 
 
 
126 aa  76.6  9e-14  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0733861 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2845  glycine cleavage system protein H  34.53 
 
 
131 aa  76.6  9e-14  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2876  glycine cleavage system protein H  34.53 
 
 
131 aa  76.6  9e-14  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2889  glycine cleavage system protein H  34.53 
 
 
131 aa  76.6  9e-14  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.486572  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4229  glycine cleavage system protein H  39.81 
 
 
127 aa  77  9e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.012135  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0953  glycine cleavage system protein H  35.9 
 
 
126 aa  76.6  1e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2621  glycine cleavage system protein H  38.53 
 
 
128 aa  76.6  1e-13  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.233728  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2715  glycine cleavage system protein H  38.53 
 
 
128 aa  76.6  1e-13  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1577  glycine cleavage system H protein  37.86 
 
 
125 aa  76.6  1e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.731987  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3150  glycine cleavage system protein H  34.58 
 
 
129 aa  75.5  2e-13  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000198497  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1563  glycine cleavage system H protein  38.53 
 
 
129 aa  75.9  2e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000855574  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3403  glycine cleavage system protein H  38.1 
 
 
131 aa  75.5  2e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0792246  normal  0.940944 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2653  glycine cleavage system H protein  38.53 
 
 
129 aa  75.9  2e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.87916e-06 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0533  glycine cleavage system H protein  40.2 
 
 
121 aa  75.5  2e-13  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.412806 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3881  glycine cleavage system protein H  38.68 
 
 
126 aa  75.5  2e-13  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3302  glycine cleavage system protein H  33.94 
 
 
129 aa  75.1  3e-13  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.13973  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0623  glycine cleavage system protein H  34.58 
 
 
129 aa  75.1  3e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0735032  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2340  glycine cleavage system H protein  38.14 
 
 
134 aa  75.1  3e-13  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5018  glycine cleavage system protein H  39.25 
 
 
127 aa  75.1  3e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0323678  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3063  glycine cleavage system protein H  33.94 
 
 
129 aa  75.1  3e-13  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.210618  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0989  glycine cleavage system protein H  38.24 
 
 
127 aa  74.7  3e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236065  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>