58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2150 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
418 aa  858  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  3.22479e-07  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  100 
 
 
418 aa  858  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  44.53 
 
 
395 aa  295  1e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  33.79 
 
 
373 aa  201  2e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  33.79 
 
 
373 aa  201  2e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0251  Carbohydrate-selective porin OprB  31.71 
 
 
385 aa  135  2e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  26.92 
 
 
502 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  28.99 
 
 
483 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  27.5 
 
 
492 aa  105  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  25.82 
 
 
509 aa  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  26.34 
 
 
502 aa  103  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  28.53 
 
 
444 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  27.58 
 
 
474 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  27.86 
 
 
494 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  27.25 
 
 
495 aa  101  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  26.42 
 
 
507 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  26.32 
 
 
498 aa  99  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  27.93 
 
 
488 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  26.43 
 
 
534 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  25.77 
 
 
481 aa  97.8  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  26.89 
 
 
514 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  26.89 
 
 
514 aa  96.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  26.89 
 
 
493 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  28.76 
 
 
504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  28.76 
 
 
504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  25.94 
 
 
534 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  28.76 
 
 
504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  28.53 
 
 
514 aa  95.1  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  28.76 
 
 
504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  28.76 
 
 
504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  28.76 
 
 
504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  28.76 
 
 
504 aa  95.5  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  26.84 
 
 
391 aa  90.9  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  27.64 
 
 
480 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 
480 aa  88.6  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  27.23 
 
 
446 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  24.69 
 
 
534 aa  76.3  1e-12  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 
449 aa  73.2  8e-12  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  25.56 
 
 
490 aa  72  2e-11  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  27.35 
 
 
396 aa  72  2e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.37 
 
 
522 aa  71.6  2e-11  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  25.56 
 
 
490 aa  70.1  6e-11  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  25.27 
 
 
422 aa  65.1  2e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  25.14 
 
 
417 aa  65.1  2e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  25.27 
 
 
422 aa  64.3  4e-09  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  25.27 
 
 
396 aa  63.5  6e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  25.27 
 
 
422 aa  63.2  8e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  24.08 
 
 
478 aa  62.4  1e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  23.51 
 
 
481 aa  59.7  1e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  26.35 
 
 
395 aa  55.8  1e-06  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  23.67 
 
 
473 aa  50.8  4e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  27.69 
 
 
453 aa  46.6  0.0008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  22.06 
 
 
440 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 
453 aa  45.1  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
462 aa  44.3  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  29.59 
 
 
448 aa  43.9  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  27.13 
 
 
448 aa  43.5  0.006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  26.36 
 
 
444 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>