117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2009 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  100 
 
 		 423 aa  888    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  99.74 
 
 		 383 aa  806    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  51.04 
 
 		 427 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  50 
 
 		 435 aa  388  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  68.37 
 
 		 427 aa  285  8e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  36.84 
 
 		 413 aa  250  4e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  33.26 
 
 		 437 aa  201  1.9999999999999998e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.81 
 
 		 400 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  31.89 
 
 		 434 aa  186  9e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  33.03 
 
 		 411 aa  179  5.999999999999999e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  34.26 
 
 		 417 aa  176  9e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  48.26 
 
 		 577 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  30.96 
 
 		 427 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03150  hypothetical protein  43.5 
 
 		 182 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.223184  hitchhiker  0.0000000000000424002 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  36.18 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  26.79 
 
 		 403 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  28.74 
 
 		 401 aa  125  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.02 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.5 
 
 		 409 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.83 
 
 		 374 aa  98.6  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  23.81 
 
 		 410 aa  97.1  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.68 
 
 		 442 aa  92  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  26.19 
 
 		 391 aa  92  2e-17  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  32.77 
 
 		 479 aa  90.1  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.63 
 
 		 419 aa  89  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  24.34 
 
 		 400 aa  86.7  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  25.12 
 
 		 425 aa  86.7  7e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.13 
 
 		 425 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  29.53 
 
 		 392 aa  85.5  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.32 
 
 		 417 aa  83.2  0.000000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.21 
 
 		 404 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 		 409 aa  80.9  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  28.21 
 
 		 417 aa  79  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  24.38 
 
 		 422 aa  78.2  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  28.24 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  25.37 
 
 		 208 aa  72  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 		 561 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  24.3 
 
 		 429 aa  71.2  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.43 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  27.37 
 
 		 425 aa  67.8  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  23.06 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  23.74 
 
 		 386 aa  67  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  22.35 
 
 		 381 aa  66.6  0.0000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  29.27 
 
 		 407 aa  66.6  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4007  restriction endonuclease S subunits-like  24.47 
 
 		 412 aa  66.6  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  20.6 
 
 		 432 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 409 aa  66.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  26.24 
 
 		 409 aa  66.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.21 
 
 		 412 aa  65.5  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  23.21 
 
 		 349 aa  64.7  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.55 
 
 		 433 aa  63.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  25.08 
 
 		 439 aa  63.2  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 		 457 aa  63.2  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  24 
 
 		 402 aa  62  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.32 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  27.08 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  25.82 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  25.82 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  24.55 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  22.07 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  20.56 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.18 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.03 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  20.2 
 
 		 446 aa  57  0.0000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  25.43 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  21.61 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.73 
 
 		 445 aa  56.2  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  21.43 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 429 aa  55.5  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  22.84 
 
 		 435 aa  54.3  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.43 
 
 		 406 aa  54.3  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  21.75 
 
 		 474 aa  53.5  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.19 
 
 		 413 aa  53.1  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 		 595 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.41 
 
 		 417 aa  52.4  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.43 
 
 		 423 aa  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2285  hypothetical protein  20.81 
 
 		 425 aa  52.4  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0313194  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  21.35 
 
 		 436 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  26.74 
 
 		 416 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.37 
 
 		 422 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  35.53 
 
 		 419 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0556  type I restriction enzyme, specificity subunit  27.27 
 
 		 183 aa  50.8  0.00005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0239636  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  21.38 
 
 		 418 aa  50.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  21.38 
 
 		 418 aa  50.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.34 
 
 		 413 aa  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.06 
 
 		 465 aa  49.7  0.00009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.82 
 
 		 444 aa  49.7  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  38.81 
 
 		 435 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  22.05 
 
 		 354 aa  49.7  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.33 
 
 		 438 aa  49.7  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.03 
 
 		 386 aa  49.3  0.0001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3757  restriction modification system S subunit  28.45 
 
 		 436 aa  48.5  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.386531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  25.19 
 
 		 387 aa  48.5  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 		 415 aa  48.9  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.52 
 
 		 378 aa  48.9  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0223  putative HsdS protein  21.11 
 
 		 438 aa  48.5  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  22.96 
 
 		 430 aa  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  20.38 
 
 		 461 aa  47.4  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>