More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1874 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  63.79 
 
 
1090 aa  651    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  64.07 
 
 
1238 aa  662    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  64.13 
 
 
1012 aa  661    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  62.99 
 
 
1087 aa  638    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  63.79 
 
 
1091 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  63.17 
 
 
1061 aa  657    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1569  ribonuclease E  55.91 
 
 
1216 aa  636    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000219809  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  64.89 
 
 
1014 aa  651    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  65.85 
 
 
1056 aa  676    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2289  ribonuclease E  61.89 
 
 
1004 aa  649    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705464  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  53.66 
 
 
1132 aa  658    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2785  ribonuclease E  63.47 
 
 
1088 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  63.11 
 
 
1128 aa  644    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  64.4 
 
 
1128 aa  660    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  63.39 
 
 
1059 aa  639    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  62.99 
 
 
1090 aa  637    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1253  ribonuclease E  57.66 
 
 
1067 aa  638    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.16743 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1297  ribonuclease E  57.66 
 
 
1067 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  64.4 
 
 
1120 aa  659    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  62.3 
 
 
1015 aa  639    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  63.45 
 
 
879 aa  648    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  64.89 
 
 
870 aa  658    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1898  ribonuclease E  62.86 
 
 
1122 aa  637    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000446531  hitchhiker  0.000483574 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  64.48 
 
 
1042 aa  647    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  62.99 
 
 
1088 aa  638    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  64.61 
 
 
1073 aa  658    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  60.51 
 
 
873 aa  660    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  63.52 
 
 
1128 aa  651    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  62.76 
 
 
938 aa  647    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  63.79 
 
 
1086 aa  651    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1579  ribonuclease, Rne/Rng family  52.86 
 
 
1060 aa  636    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00521114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1353  ribonuclease E  57.02 
 
 
938 aa  662    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000765938  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  64.2 
 
 
1082 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  53.5 
 
 
1132 aa  657    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1282  ribonuclease E  57.66 
 
 
1068 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.783205  hitchhiker  0.0000048225 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1707  ribonuclease  56.28 
 
 
1148 aa  646    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116835  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  63.39 
 
 
1053 aa  637    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2657  ribonuclease, Rne/Rng family  56.28 
 
 
1154 aa  646    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00498519  hitchhiker  0.000418055 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  63.39 
 
 
1097 aa  643    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  62.99 
 
 
1087 aa  638    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2816  ribonuclease E  53.36 
 
 
1121 aa  635    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00267025  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1600  ribonuclease E  56.44 
 
 
1048 aa  637    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000427165  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  64.27 
 
 
977 aa  657    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  62.83 
 
 
1091 aa  642    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2187  ribonuclease E  57.66 
 
 
1068 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.33181  hitchhiker  0.00000000773492 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  63.06 
 
 
1098 aa  650    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  63.39 
 
 
1111 aa  639    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  63.32 
 
 
1142 aa  657    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  62.78 
 
 
1092 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  52.83 
 
 
1071 aa  669    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  62.91 
 
 
1084 aa  644    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1756  ribonuclease, Rne/Rng family  63.6 
 
 
1016 aa  657    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.000532878  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  63.93 
 
 
1035 aa  643    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  64.48 
 
 
1011 aa  649    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  64.96 
 
 
904 aa  673    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  64.68 
 
 
1008 aa  651    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  63.39 
 
 
1096 aa  644    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1750  ribonuclease  55.63 
 
 
1158 aa  648    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00127119  normal  0.447333 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  61.63 
 
 
1102 aa  641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  63.3 
 
 
1131 aa  646    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  63.79 
 
 
1175 aa  680    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3507  ribonuclease E  55.91 
 
 
1216 aa  635    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0058516  normal  0.0230667 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 
782 aa  1583    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1710  ribonuclease  55.63 
 
 
1144 aa  647    Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000580294  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  64.68 
 
 
1037 aa  648    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2003  ribonuclease E  55.92 
 
 
1067 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000122213  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2634  ribonuclease  62.91 
 
 
1201 aa  652    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0740113  hitchhiker  0.00367459 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  63.39 
 
 
1059 aa  639    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  61.48 
 
 
928 aa  668    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  54.01 
 
 
1072 aa  658    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2134  ribonuclease  63.52 
 
 
1070 aa  655    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  62.63 
 
 
865 aa  639    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  65.23 
 
 
1139 aa  668    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  63.27 
 
 
1093 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  63.47 
 
 
1095 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  63.39 
 
 
1056 aa  639    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  64.97 
 
 
1073 aa  664    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  62.55 
 
 
1124 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1989  ribonuclease E  52.92 
 
 
1141 aa  641    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.378047  normal  0.0201653 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  63.39 
 
 
1068 aa  639    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  62.99 
 
 
1090 aa  637    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  57.97 
 
 
1057 aa  661    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1677  ribonuclease E  55.91 
 
 
1216 aa  636    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000377607  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  61.3 
 
 
1065 aa  646    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  63.39 
 
 
1059 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 
782 aa  1583    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  62.99 
 
 
1088 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01080  fused ribonucleaseE: endoribonuclease/RNA-binding protein/RNA degradosome binding protein  62.86 
 
 
1061 aa  635  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00444981  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2562  ribonuclease, Rne/Rng family  62.86 
 
 
1061 aa  635  1e-180  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000807422  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  63.51 
 
 
1024 aa  633  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2042  ribonuclease E  62.86 
 
 
1057 aa  634  1e-180  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000184616  hitchhiker  0.00765925 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1207  ribonuclease E  62.86 
 
 
1061 aa  635  1e-180  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000738621  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  62.96 
 
 
1068 aa  633  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2516  ribonuclease E  62.86 
 
 
1061 aa  635  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000196842  hitchhiker  0.0002174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1207  ribonuclease E  62.86 
 
 
1061 aa  634  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187022  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01088  hypothetical protein  62.86 
 
 
1061 aa  635  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00236445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1463  ribonuclease E  62.86 
 
 
1061 aa  634  1e-180  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00215249  hitchhiker  0.000000103406 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2511  ribonuclease E  62.86 
 
 
1113 aa  633  1e-180  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00474333  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2241  ribonuclease E  62.86 
 
 
1061 aa  634  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000115068  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1615  ribonuclease, Rne/Rng family  62.86 
 
 
1058 aa  632  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000319313  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>