35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1660 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1991  hypothetical protein  100 
 
 
428 aa  871  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0954759  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1660  outer membrane porin  100 
 
 
428 aa  871  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.448938 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0137  hypothetical protein  38.33 
 
 
447 aa  250  3e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0760948  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1215  outer membrane porin  35.95 
 
 
442 aa  239  7e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  3.87662e-06  hitchhiker  1.48872e-08 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1497  hypothetical protein  35.95 
 
 
442 aa  239  7e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.291485  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0307  hypothetical protein  42.28 
 
 
280 aa  183  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  2.84732e-05  decreased coverage  6.57786e-06 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0114  hypothetical protein  24.85 
 
 
483 aa  97.8  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.853586  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1456  hypothetical protein  26.05 
 
 
450 aa  91.7  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1540  outer membrane porin  31.43 
 
 
456 aa  84.3  4e-15  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000339272  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2788  outer membrane porin  24.43 
 
 
413 aa  77.4  5e-13  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.149615 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0310  hypothetical protein  33.15 
 
 
182 aa  76.6  8e-13  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.757938  hitchhiker  7.31062e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3175  outer membrane porin  25.34 
 
 
420 aa  72.8  1e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.442937  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3385  outer membrane porin  23.88 
 
 
412 aa  68.9  1e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228993  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2309  hypothetical protein  25.39 
 
 
424 aa  67.4  5e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0988635  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1951  hypothetical protein  25.39 
 
 
424 aa  67.4  5e-10  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3692  outer membrane porin  26.77 
 
 
417 aa  63.9  5e-09  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1155  outer membrane porin  30 
 
 
413 aa  59.3  1e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.864338  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0715  outer membrane porin  27.55 
 
 
451 aa  59.7  1e-07  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0142723  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0469  outer membrane porin  26.88 
 
 
432 aa  58.2  3e-07  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.34788e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1763  hypothetical protein  30.19 
 
 
367 aa  57.8  3e-07  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0366  outer membrane porin  21.71 
 
 
403 aa  54.7  3e-06  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.02534e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0474  outer membrane porin  26.06 
 
 
407 aa  54.7  3e-06  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  4.58474e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  24.75 
 
 
421 aa  54.7  3e-06  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0734  outer membrane porin  23.92 
 
 
384 aa  54.3  4e-06  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.536638  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0265  hypothetical protein  27.89 
 
 
493 aa  54.3  4e-06  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  2.73485e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4147  outer membrane porin  23.08 
 
 
407 aa  53.9  6e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.17719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  24.26 
 
 
421 aa  53.5  8e-06  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0019  outer membrane porin  24.21 
 
 
402 aa  51.2  4e-05  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00360128  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2087  outer membrane porin  26.34 
 
 
452 aa  49.7  0.0001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  25.26 
 
 
429 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  25.26 
 
 
429 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  23.53 
 
 
429 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  24.74 
 
 
429 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  27.49 
 
 
418 aa  43.9  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  27.5 
 
 
412 aa  43.1  0.01  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>