More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1470 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 292 aa  579  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 292 aa  579  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  61.34 
 
 		 293 aa  292  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.84 
 
 		 268 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  62.18 
 
 		 290 aa  290  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  53.63 
 
 		 290 aa  288  9e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  60.92 
 
 		 287 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.66 
 
 		 291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  59.66 
 
 		 291 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  59.66 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  60.59 
 
 		 379 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  59.66 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  59.66 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.92 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.92 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  60.92 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  59.66 
 
 		 288 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  60.92 
 
 		 295 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.5 
 
 		 615 aa  281  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  63.79 
 
 		 299 aa  279  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  52.94 
 
 		 290 aa  279  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  60.82 
 
 		 294 aa  279  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  56.33 
 
 		 597 aa  278  6e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.33 
 
 		 631 aa  278  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.74 
 
 		 633 aa  278  8e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  59.07 
 
 		 291 aa  278  9e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  60.41 
 
 		 294 aa  278  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.92 
 
 		 586 aa  276  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.92 
 
 		 588 aa  276  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  55.92 
 
 		 586 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  55.92 
 
 		 586 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  56.15 
 
 		 554 aa  276  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  55.51 
 
 		 554 aa  276  4e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.66 
 
 		 340 aa  276  4e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  55.74 
 
 		 554 aa  275  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  55.74 
 
 		 554 aa  275  4e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  55.74 
 
 		 554 aa  275  4e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  55.74 
 
 		 554 aa  275  5e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.74 
 
 		 513 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  55.51 
 
 		 572 aa  275  7e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.51 
 
 		 572 aa  275  8e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.74 
 
 		 502 aa  275  8e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  62.17 
 
 		 344 aa  275  8e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  55.74 
 
 		 626 aa  275  9e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  62.07 
 
 		 318 aa  275  9e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  57.81 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  59.07 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  59.07 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  59.07 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  59.07 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1594  hypothetical protein  57.68 
 
 		 248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  59.07 
 
 		 290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.69 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  59.07 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  59.07 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.69 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  62.17 
 
 		 344 aa  273  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.69 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.69 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.69 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  59.07 
 
 		 291 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  59.03 
 
 		 587 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.74 
 
 		 380 aa  273  3e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.95 
 
 		 315 aa  273  3e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.72 
 
 		 686 aa  273  3e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.92 
 
 		 289 aa  273  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.09 
 
 		 345 aa  273  4.0000000000000004e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  56.15 
 
 		 315 aa  272  4.0000000000000004e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1402  hypothetical protein  57.26 
 
 		 248 aa  272  5.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.96 
 
 		 300 aa  271  6e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.69 
 
 		 290 aa  271  7e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  55.65 
 
 		 594 aa  270  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  56.54 
 
 		 598 aa  270  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  55.65 
 
 		 594 aa  270  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  59.03 
 
 		 417 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  54.36 
 
 		 386 aa  269  4e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.14 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  54.01 
 
 		 386 aa  269  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  57.32 
 
 		 527 aa  268  8.999999999999999e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  52.33 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  57.96 
 
 		 289 aa  266  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.9 
 
 		 447 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.8 
 
 		 544 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.25 
 
 		 286 aa  265  5.999999999999999e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  56.49 
 
 		 435 aa  265  8e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.83 
 
 		 325 aa  264  1e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.59 
 
 		 296 aa  262  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.86 
 
 		 328 aa  262  4e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1357  pseudouridine synthase  56.67 
 
 		 369 aa  261  6.999999999999999e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  57.58 
 
 		 736 aa  261  6.999999999999999e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  58.16 
 
 		 268 aa  261  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.27 
 
 		 290 aa  260  1e-68  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.52 
 
 		 355 aa  260  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  54.81 
 
 		 466 aa  260  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.55 
 
 		 398 aa  260  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.22 
 
 		 405 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5024  pseudouridine synthase  55.65 
 
 		 467 aa  259  4e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.114157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  58.37 
 
 		 520 aa  259  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  56.85 
 
 		 409 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  50.93 
 
 		 293 aa  259  5.0000000000000005e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>