More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1179 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
464 aa  919    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
464 aa  919    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.16 
 
 
439 aa  196  9e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
429 aa  183  6e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.87 
 
 
426 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.48 
 
 
445 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.04 
 
 
419 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.12 
 
 
442 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.16 
 
 
449 aa  171  3e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.43 
 
 
427 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  31.34 
 
 
449 aa  169  1e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  38.33 
 
 
455 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.57 
 
 
425 aa  160  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.14 
 
 
460 aa  157  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.97 
 
 
427 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  29.44 
 
 
431 aa  156  8e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.59 
 
 
425 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
460 aa  155  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
451 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  29.44 
 
 
431 aa  155  2e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.78 
 
 
430 aa  155  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.25 
 
 
427 aa  155  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3765  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.63 
 
 
436 aa  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000300868  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0849  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.27 
 
 
442 aa  150  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.93 
 
 
440 aa  149  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  29.07 
 
 
443 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.22 
 
 
460 aa  146  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  33.22 
 
 
427 aa  146  7.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.1 
 
 
438 aa  146  8.000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.08 
 
 
426 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.06 
 
 
435 aa  143  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.96 
 
 
439 aa  143  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.68 
 
 
445 aa  143  7e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.93 
 
 
465 aa  143  8e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.08 
 
 
442 aa  142  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.31 
 
 
448 aa  142  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  29.75 
 
 
441 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.16 
 
 
465 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
442 aa  140  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  37.44 
 
 
439 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  34.61 
 
 
442 aa  140  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  33.04 
 
 
445 aa  139  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0263  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.52 
 
 
430 aa  139  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.202307  normal  0.144292 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.26 
 
 
440 aa  139  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.43 
 
 
430 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.921604  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0277  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.52 
 
 
430 aa  139  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0258  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.52 
 
 
430 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.380491  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.22 
 
 
440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  33.74 
 
 
434 aa  137  6.0000000000000005e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.33 
 
 
432 aa  136  8e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.6 
 
 
319 aa  136  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1136  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.88 
 
 
444 aa  136  9e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.807965  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0274  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.41 
 
 
430 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.433905  normal  0.237659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.94 
 
 
465 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  33.46 
 
 
464 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  28.4 
 
 
420 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.85 
 
 
431 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.15 
 
 
445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
432 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
432 aa  134  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.58 
 
 
432 aa  133  5e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.27 
 
 
432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  30.27 
 
 
432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.08 
 
 
432 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.07 
 
 
436 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.67 
 
 
469 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.31 
 
 
487 aa  129  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.28 
 
 
326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0103  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.22 
 
 
486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  28.84 
 
 
448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.49 
 
 
462 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  27.86 
 
 
476 aa  128  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.01 
 
 
496 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.4 
 
 
491 aa  126  7e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.86 
 
 
436 aa  126  9e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.73 
 
 
468 aa  126  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.35 
 
 
465 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.5 
 
 
473 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.54 
 
 
418 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.4 
 
 
491 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.62 
 
 
488 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.33 
 
 
494 aa  124  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
472 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0845  PP-loop  40.67 
 
 
323 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.985439  hitchhiker  0.00439343 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  28.77 
 
 
497 aa  121  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  27.48 
 
 
476 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.03 
 
 
472 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  28.74 
 
 
472 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.57 
 
 
321 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2453  putative cell cycle protein  33.78 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  33.41 
 
 
484 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29 
 
 
454 aa  119  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.02 
 
 
345 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2892  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.15 
 
 
476 aa  118  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.88 
 
 
494 aa  118  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0175  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.98 
 
 
535 aa  118  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2890  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.53 
 
 
328 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  0.0327552 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.6 
 
 
326 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>