96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1056 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0938  [NiFe] hydrogenase, delta subunit, putative  100 
 
 
265 aa  536  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1056  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  100 
 
 
265 aa  536  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.688665 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2533  hypothetical protein  64.03 
 
 
261 aa  348  4e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2388  hypothetical protein  63.64 
 
 
261 aa  345  4e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1262  hypothetical protein  63.86 
 
 
267 aa  333  2e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.484653  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4497  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  52.21 
 
 
278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.659781  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1018  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  53.85 
 
 
277 aa  268  7e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0184891 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0506  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  50.19 
 
 
273 aa  267  1e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04390  soluble hydrogenase delta subunit, HoxY  53.41 
 
 
256 aa  266  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2661  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  50.59 
 
 
260 aa  265  5e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.380126  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2589  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  51.78 
 
 
260 aa  262  3e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.268757  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1137  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  50.76 
 
 
262 aa  260  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.126755  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4825  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  48.21 
 
 
265 aa  244  6.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0916068  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3473  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  51.77 
 
 
249 aa  232  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3480  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  50.42 
 
 
252 aa  231  9e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0484096 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3417  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  50.42 
 
 
252 aa  231  9e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.287071  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3428  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  50.42 
 
 
252 aa  231  9e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.897709  normal  0.335776 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1859  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  46.25 
 
 
271 aa  225  5.0000000000000005e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.307676  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2604  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  38.98 
 
 
266 aa  152  5e-36  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172725  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1969  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  35.05 
 
 
251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1123  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  32.1 
 
 
251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0883  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  34.36 
 
 
282 aa  132  6e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.243145 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2168  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  35.51 
 
 
254 aa  130  3e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2096  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  34.85 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1928  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  31.28 
 
 
254 aa  129  5.0000000000000004e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2248  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  35.51 
 
 
251 aa  125  6e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2131  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  31.28 
 
 
254 aa  123  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0141674  normal  0.023497 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2498  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  33.89 
 
 
258 aa  122  7e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0081  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  30.04 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.242431  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0244  hydrogenase/sulfur reductase, delta subunit  30.2 
 
 
247 aa  115  8.999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.217236  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1255  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  27.49 
 
 
261 aa  108  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1008  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  30.61 
 
 
305 aa  102  4e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3679  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  31.32 
 
 
334 aa  102  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.337597  normal  0.48335 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0976  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  30.71 
 
 
288 aa  102  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.313048  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2014  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  26.42 
 
 
319 aa  100  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0071  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  28.05 
 
 
300 aa  100  3e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1711  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  30.89 
 
 
288 aa  99.8  4e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0970  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  30.89 
 
 
288 aa  99.8  4e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0651  F420-non-reducing hydrogenase subunit G  27.98 
 
 
300 aa  99.4  6e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.907295  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0098  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  29.75 
 
 
300 aa  99  7e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.412374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4307  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  31.41 
 
 
488 aa  98.6  8e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.340367 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4293  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  29.1 
 
 
486 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4315  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  29.1 
 
 
489 aa  97.1  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0997  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  28.32 
 
 
287 aa  95.5  7e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4163  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  29.32 
 
 
491 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.106398  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1214  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  27.71 
 
 
288 aa  91.7  1e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0614  hydrogenase, group 3, VhuG subunit, putative  26.2 
 
 
312 aa  89.4  6e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.773338  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1652  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  23.77 
 
 
317 aa  85.5  8e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2749  Hydrogen dehydrogenase  32.78 
 
 
190 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0587  F420-non-reducing hydrogenase subunit G  25.24 
 
 
312 aa  82.8  0.000000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000383981  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2792  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  33.53 
 
 
179 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0379698  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_552  nickel-dependent hydrogenase, group 3, small subunit  24.6 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000367769  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3536  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  27 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1552  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  26.77 
 
 
316 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2222  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  29.41 
 
 
300 aa  79.7  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.48107 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4163  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  29.88 
 
 
182 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3540  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  32.34 
 
 
181 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1367  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  32.73 
 
 
181 aa  75.9  0.0000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3955  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  27.97 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.650023 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2715  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  32.53 
 
 
184 aa  75.9  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.720565  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1792  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  27.27 
 
 
312 aa  75.5  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4659  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  31.58 
 
 
181 aa  74.7  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2259  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  27.64 
 
 
334 aa  72.4  0.000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0077  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  28.83 
 
 
180 aa  72  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.919997  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2418  nickel-dependent hydrogenase, small subunit, putative  25.38 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.540785  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3885  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  25.55 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1672  hydrogen dehydrogenase  31.76 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2249  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  30.34 
 
 
193 aa  70.5  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00641529  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3319  F420-non-reducing hydrogenase subunit G  26.89 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4046  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  30.77 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.586699  normal  0.0266692 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0981  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  29.89 
 
 
182 aa  68.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3856  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  31.13 
 
 
188 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2477  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  27.98 
 
 
177 aa  67.4  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.279719  normal  0.48758 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1524  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  30.3 
 
 
209 aa  67  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000416432  hitchhiker  0.00403982 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3973  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  23.79 
 
 
315 aa  66.2  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000410627 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0530  hydrogen dehydrogenase  33.76 
 
 
193 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4256  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  28.57 
 
 
167 aa  64.7  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.359496  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1460  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  29.8 
 
 
191 aa  64.3  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.542713 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2556  NAD-reducing hydrogenase HoxS delta subunit  29.24 
 
 
184 aa  64.3  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.155572  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1216  hydrogen dehydrogenase  29.33 
 
 
433 aa  63.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0473732 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4114  hydrogen dehydrogenase  29.17 
 
 
205 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.122624  normal  0.234793 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1112  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  28.65 
 
 
180 aa  62.4  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.668315  normal  0.471993 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2726  NAD-reducing hydrogenase, delta subunit  30.41 
 
 
180 aa  60.8  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0254891  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0096  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  28.9 
 
 
181 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2719  NAD-reducing hydrogenase, delta subunit  30.91 
 
 
195 aa  60.1  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0093  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  28.9 
 
 
181 aa  59.7  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.574923 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2101  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  27.81 
 
 
191 aa  58.2  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.656537  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0647  coenzyme F420-reducing hydrogenase, gamma subunit  29.7 
 
 
242 aa  57  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.68882  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0075  coenzyme F420 hydrogenase  28.48 
 
 
242 aa  55.1  0.000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1043  coenzyme F420 hydrogenase  30.14 
 
 
227 aa  50.8  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0694  NADH ubiquinone oxidoreductase 20 kDa subunit  26.97 
 
 
228 aa  47.4  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.244067  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0450  coenzyme F420-reducing hydrogenase, gamma subunit  27.48 
 
 
293 aa  47.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0194  coenzyme F420-reducing hydrogenase, gamma subunit  27.63 
 
 
228 aa  44.3  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0629  coenzyme F420 hydrogenase  27.63 
 
 
228 aa  44.3  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.871927 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1289  coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma  27.63 
 
 
228 aa  44.3  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0086  coenzyme F420 hydrogenase, subunit gamma  27.82 
 
 
253 aa  42.7  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0290511  normal  0.0588594 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>