More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0821 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0821  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  100 
 
 
162 aa  334  4e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000871851  normal  0.998171 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0672  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  100 
 
 
162 aa  334  4e-91  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.468922  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2291  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  59.15 
 
 
178 aa  171  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  4.27362e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2177  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  59.71 
 
 
178 aa  166  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00333036  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0468  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  56.83 
 
 
189 aa  165  3e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  1.78548e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4000  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.7 
 
 
178 aa  164  5e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269761  normal  0.0270518 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2176  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.45 
 
 
178 aa  164  6e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  5.32163e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2442  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.55 
 
 
178 aa  163  1e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2145  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  58.27 
 
 
178 aa  162  1e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000992701 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1637  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  58.27 
 
 
178 aa  162  1e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1237  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  59.4 
 
 
161 aa  162  2e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00337607  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2372  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.17 
 
 
179 aa  161  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1494  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.47 
 
 
189 aa  162  3e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1648  Iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  53.85 
 
 
166 aa  160  5e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.223295  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0280  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  58.82 
 
 
135 aa  160  5e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.886112  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2141  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  56.83 
 
 
178 aa  160  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.426314  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1131  Rrf2 family protein  59.26 
 
 
168 aa  160  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01355  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  57.45 
 
 
161 aa  159  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0210581  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0674  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.45 
 
 
157 aa  158  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.50812e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1121  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  56.76 
 
 
165 aa  158  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  58.82 
 
 
156 aa  157  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  3.46494e-11  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2752  DNA-binding transcriptional regulator IscR  55.86 
 
 
164 aa  157  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0761985  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1326  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  57.04 
 
 
159 aa  157  8e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0470001  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1887  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.91 
 
 
158 aa  156  1e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.342013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2263  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.05 
 
 
177 aa  155  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1412  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.88 
 
 
164 aa  155  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.612266  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0716  HTH-type transcriptional regulator  57.89 
 
 
168 aa  155  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1486  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  57.04 
 
 
158 aa  154  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000176425  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1103  DNA-binding transcriptional regulator IscR  54.48 
 
 
164 aa  153  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00126529  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2883  Rrf2 family protein  55.88 
 
 
162 aa  152  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  58.09 
 
 
153 aa  153  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  4.54822e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1343  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.35 
 
 
162 aa  152  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.34779e-07 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0841  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.48 
 
 
163 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1243  DNA-binding transcriptional regulator IscR  51.88 
 
 
164 aa  152  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.510917  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1048  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.38 
 
 
177 aa  152  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40410  Iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  54.55 
 
 
164 aa  152  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3032  DNA-binding transcriptional regulator IscR  54.48 
 
 
164 aa  152  3e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.178839  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0276  hypothetical protein  56.39 
 
 
188 aa  151  3e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00556967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2580  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50.97 
 
 
176 aa  151  3e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.157881  hitchhiker  0.000462534 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1275  DNA-binding transcriptional regulator IscR  56.62 
 
 
185 aa  151  3e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  1.4653e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1323  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  55.64 
 
 
158 aa  151  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  9.41019e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1292  Rrf2 family protein  55.15 
 
 
153 aa  151  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.418655  normal  0.0132306 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3102  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  151  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136054  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1490  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  151  4e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.663008  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2218  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  151  4e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2656  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  151  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01054  hypothetical protein  55.15 
 
 
168 aa  151  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1709  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  151  4e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0871  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.48 
 
 
182 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2734  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  151  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1167  DNA-binding transcriptional regulator IscR  56.62 
 
 
164 aa  151  4e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000157606  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3628  DNA-binding transcriptional regulator IscR  57.35 
 
 
164 aa  151  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000895499  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0436  DNA-binding transcriptional regulator IscR  56.62 
 
 
164 aa  151  4e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.233934  hitchhiker  0.000107797 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1057  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.82 
 
 
186 aa  151  4e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0533537  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2600  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  151  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0660121  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1552  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.32 
 
 
176 aa  150  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00106628  normal  0.0365649 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2037  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.97 
 
 
179 aa  150  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207641  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5950  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.97 
 
 
179 aa  151  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13672  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2144  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.97 
 
 
179 aa  150  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.86819 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5433  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.97 
 
 
179 aa  150  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0877391  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1874  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  50.97 
 
 
179 aa  150  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.794366  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1422  rrf2 family protein  55.17 
 
 
163 aa  150  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2164  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.97 
 
 
179 aa  150  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266541  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1143  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.97 
 
 
179 aa  150  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0119101  normal  0.408262 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0617  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.03 
 
 
142 aa  150  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.51443e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2127  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.97 
 
 
179 aa  150  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1236  transcription factor IscR  55.17 
 
 
163 aa  150  6e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.507944  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1457  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  55.15 
 
 
153 aa  150  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0691454  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2387  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.99976e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1960  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00367756  hitchhiker  0.00162465 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2060  iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  52.94 
 
 
162 aa  150  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0325541  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1818  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00131743  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2425  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.345505  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1738  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.71223e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14710  putative Rrf2 family protein  56.74 
 
 
163 aa  150  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.259526  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2503  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333652  normal  0.0233016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2263  Rrf2 family protein  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2150  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00595476  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2398  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00199156  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2281  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00598103  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1298  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  56.74 
 
 
163 aa  150  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.148039  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1018  hypothetical protein  52.14 
 
 
193 aa  150  9e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128019  normal  0.167986 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1024  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.11 
 
 
184 aa  150  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0591774  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2847  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.88 
 
 
178 aa  149  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4613  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.24 
 
 
163 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0156233  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2318  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  150  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0363364  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0884  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.48 
 
 
182 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360129  hitchhiker  0.00284827 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  149  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.675644  hitchhiker  1.82952e-08 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1459  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.47 
 
 
174 aa  148  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.138815  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3512  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.32 
 
 
165 aa  148  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.112818  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0883  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.37 
 
 
197 aa  148  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.667568  normal  0.213332 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1775  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.15 
 
 
153 aa  148  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175223  hitchhiker  0.000151325 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0948  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.37 
 
 
197 aa  148  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.636464  normal  0.0187276 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1487  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.41 
 
 
153 aa  148  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.540059  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0694  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  56.39 
 
 
172 aa  147  6e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  9.40296e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2189  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  54.35 
 
 
167 aa  146  1e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2207  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  54.74 
 
 
160 aa  146  1e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.118334  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1948  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.8 
 
 
167 aa  146  1e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00171818  normal  0.169559 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02423  DNA-binding transcriptional repressor  50 
 
 
162 aa  144  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.657853  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1137  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50 
 
 
162 aa  144  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.554552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>