247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0515 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0515  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
61 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0181031  unclonable  0.0000000000137591 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0345  50S ribosomal protein L30  100 
 
 
61 aa  122  2e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  57.89 
 
 
60 aa  73.6  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0423  50S ribosomal protein L30  59.65 
 
 
61 aa  71.6  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.60192  normal  0.209018 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0698  ribosomal protein L30  60 
 
 
58 aa  69.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.298561  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0313  ribosomal protein L30  57.89 
 
 
65 aa  67.8  0.00000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00845621  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0785  ribosomal protein L30  53.57 
 
 
62 aa  67  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000912341  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0337  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
60 aa  65.5  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000664675  unclonable  0.000000038279 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
62 aa  65.9  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000491198  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
59 aa  64.3  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
62 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  50.85 
 
 
61 aa  63.9  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0476  50S ribosomal protein L30P  53.45 
 
 
62 aa  63.9  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  63.9  0.0000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  63.9  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0439  50S ribosomal protein L30P  52.63 
 
 
61 aa  63.5  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.188702  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  62.8  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209135  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06430  50S ribosomal protein L30  59.26 
 
 
58 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340792  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 
60 aa  63.2  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  62.8  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000735954  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3891  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
59 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000029695  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  49.15 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 
59 aa  62.8  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000879323  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09030  50S ribosomal protein L30  57.41 
 
 
58 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0258453  normal  0.264293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0855  50S ribosomal protein L30  57.41 
 
 
58 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.342105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  62.4  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0644  ribosomal protein L30  53.7 
 
 
58 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104733  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0341  ribosomal protein L30  50.91 
 
 
63 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000260811  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4530  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
58 aa  62  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0070404  normal  0.197222 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  47.46 
 
 
60 aa  61.6  0.000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  49.15 
 
 
61 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 
59 aa  61.6  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 
59 aa  61.6  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  61.2  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3506  ribosomal protein L30  53.7 
 
 
58 aa  61.2  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000460865  hitchhiker  0.000000075211 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  56.36 
 
 
59 aa  61.6  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0297  50S ribosomal protein L30P  53.7 
 
 
65 aa  60.8  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000000859668  hitchhiker  0.00000207421 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0267  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
63 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.16996  hitchhiker  0.00743529 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0345  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123094  normal  0.0645299 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3465  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155512  normal  0.071059 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2741  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0301719  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  60.8  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0285  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.104363  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0366  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.139804  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  60.8  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0294  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000487608  normal  0.0630356 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1364  ribosomal protein L30  51.79 
 
 
58 aa  60.8  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000295854  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2614  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.177274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3758  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0279178  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2821  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.238696  normal  0.243188 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3050  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0897802  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0332  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00936849  decreased coverage  0.00323406 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0355  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
63 aa  60.5  0.000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1836  50S ribosomal protein L30  53.45 
 
 
63 aa  60.5  0.000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.279591  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3151  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0153482  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1942  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428807  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3626  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000585179  hitchhiker  0.0000000000133791 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3728  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00881974  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3786  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3496  50S ribosomal protein L30  53.7 
 
 
60 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943573  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4225  ribosomal protein L30  46.3 
 
 
60 aa  60.1  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00829354  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0212  LSU ribosomal protein L30P  49.15 
 
 
63 aa  59.7  0.00000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161029  normal  0.28126 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2354  ribosomal protein L30  53.45 
 
 
61 aa  59.7  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.230884  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4672  ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  60.1  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000104117  unclonable  0.00000000820737 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3161  50S ribosomal protein L30  51.85 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158521  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  52.63 
 
 
59 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  0.00000000000200607 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 
60 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000726837  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2932  50S ribosomal protein L30  51.85 
 
 
60 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000405636 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5061  50S ribosomal protein L30  51.85 
 
 
58 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000009319  normal  0.126935 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  50.88 
 
 
60 aa  58.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158011  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3299  50S ribosomal protein L30  51.85 
 
 
60 aa  59.3  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3279  50S ribosomal protein L30  51.85 
 
 
60 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0271147  hitchhiker  0.00015076 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  50.91 
 
 
58 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  52.63 
 
 
61 aa  58.5  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2306  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 
62 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.173673  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2307  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.227659  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
58 aa  58.2  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0412  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 
61 aa  57.8  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4731  50S ribosomal protein L30  51.85 
 
 
58 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000152085  normal  0.600234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5052  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
61 aa  58.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0761193  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  50 
 
 
60 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 
58 aa  58.2  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>