More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0513 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_0343  50S ribosomal protein L18  100 
 
 
117 aa  229  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0251755  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0513  50S ribosomal protein L18  100 
 
 
117 aa  229  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00333829  unclonable  1.49151e-11 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0783  ribosomal protein L18  60.34 
 
 
118 aa  135  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000107746  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0295  50S ribosomal protein L18  59.83 
 
 
117 aa  135  3e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.64906e-11  hitchhiker  2.15768e-06 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3301  50S ribosomal protein L18  61.86 
 
 
119 aa  134  3e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.148876  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3281  50S ribosomal protein L18  59.32 
 
 
118 aa  134  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000101647  hitchhiker  6.25516e-05 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0335  50S ribosomal protein L18  58.12 
 
 
118 aa  134  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.04847e-10  unclonable  4.54999e-08 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3003  50S ribosomal protein L18  59.32 
 
 
118 aa  133  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0984872  normal  0.0535953 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2934  50S ribosomal protein L18  59.32 
 
 
118 aa  133  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.431392  hitchhiker  9.45815e-07 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2823  50S ribosomal protein L18  58.68 
 
 
121 aa  132  1e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0449582  normal  0.246581 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0330  50S ribosomal protein L18  58.68 
 
 
121 aa  132  1e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0191995  decreased coverage  0.00330541 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3153  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0233073  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3933  50S ribosomal protein L18  60.83 
 
 
121 aa  131  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1940  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143893  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0265  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00184574  hitchhiker  0.00751382 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3322  50S ribosomal protein L18  58.97 
 
 
117 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000880137  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2616  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0100785  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3730  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000891962  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3788  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.609142  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3052  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00599217  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3494  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.463785  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3760  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00916301  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3628  50S ribosomal protein L18  57.85 
 
 
121 aa  130  4e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  2.01917e-05  hitchhiker  1.50693e-11 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0283  50S ribosomal protein L18  57.02 
 
 
121 aa  129  1e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0906703  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3463  50S ribosomal protein L18  57.02 
 
 
121 aa  129  1e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00117262  normal  0.0353993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2743  50S ribosomal protein L18  57.02 
 
 
121 aa  129  1e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0343  50S ribosomal protein L18  57.02 
 
 
121 aa  129  1e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0340572  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0364  50S ribosomal protein L18  57.02 
 
 
121 aa  129  1e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000939296  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0292  50S ribosomal protein L18  57.02 
 
 
121 aa  129  1e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  4.86203e-07  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5054  50S ribosomal protein L18  57.5 
 
 
122 aa  129  1e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00315198  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4227  50S ribosomal protein L18  59.17 
 
 
121 aa  127  4e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0059454  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3427  50S ribosomal protein L18  56.67 
 
 
121 aa  127  6e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.190409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5054  50S ribosomal protein L18  57.27 
 
 
120 aa  127  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.570149  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2311  50S ribosomal protein L18  58.18 
 
 
120 aa  126  1e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0992173  normal  0.451377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3168  50S ribosomal protein L18  59.09 
 
 
120 aa  126  1e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411824  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1038  50S ribosomal protein L18  56.67 
 
 
121 aa  126  1e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00219408  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0311  ribosomal protein L18  50.43 
 
 
117 aa  125  2e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00282815  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0772  50S ribosomal protein L18  54.7 
 
 
117 aa  125  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.638388  normal  0.012276 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2148  50S ribosomal protein L18  56.78 
 
 
120 aa  125  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0491  50S ribosomal protein L18  57.5 
 
 
121 aa  124  4e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0139014  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0863  50S ribosomal protein L18P  53.39 
 
 
121 aa  124  4e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00546241  hitchhiker  0.0054851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0336  50S ribosomal protein L18  57.5 
 
 
121 aa  124  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0037548  hitchhiker  0.00117224 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2672  50S ribosomal protein L18P  56.36 
 
 
120 aa  124  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.159839  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2308  ribosomal protein L18  53.85 
 
 
117 aa  124  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  2.72436e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1380  50S ribosomal protein L18  57.89 
 
 
120 aa  124  6e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.794975 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04504  50S ribosomal protein L18  51.28 
 
 
119 aa  123  7e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673327  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0735  ribosomal protein L18  57.26 
 
 
115 aa  122  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0002396  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0617  50S ribosomal protein L18  54.17 
 
 
121 aa  122  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130788  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3651  50S ribosomal protein L18  56.14 
 
 
120 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2356  50S ribosomal protein L18  55.56 
 
 
117 aa  122  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.327633  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4782  50S ribosomal protein L18  55.83 
 
 
120 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.127323  hitchhiker  7.4744e-08 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06410  50S ribosomal protein L18  60.34 
 
 
116 aa  122  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00978537  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3163  50S ribosomal protein L18  61.02 
 
 
118 aa  122  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00625996  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1630  50S ribosomal protein L18  58.04 
 
 
118 aa  122  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.473609  normal  0.181454 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1122  ribosomal protein L18  50.89 
 
 
122 aa  120  5e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.805171  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0442  50S ribosomal protein L18  54.7 
 
 
116 aa  120  5e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.10034e-09  hitchhiker  0.000103446 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1924  50S ribosomal protein L18  61.86 
 
 
120 aa  120  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.845183  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1815  50S ribosomal protein L18  50.85 
 
 
120 aa  120  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3979  ribosomal protein L18  50.85 
 
 
122 aa  120  8e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1378  50S ribosomal protein L18  53 
 
 
122 aa  119  9e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0119582  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1308  50S ribosomal protein L18  53 
 
 
122 aa  119  9e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.99642e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4010  50S ribosomal protein L18  59.18 
 
 
121 aa  120  9e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  7.37084e-06  hitchhiker  6.40833e-05 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0505  50S ribosomal protein L18  54.7 
 
 
116 aa  119  1e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000721211  hitchhiker  0.00352023 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0500  50S ribosomal protein L18  54.7 
 
 
116 aa  119  1e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  6.74494e-05  normal  0.0669565 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3432  50S ribosomal protein L18  54.39 
 
 
120 aa  119  1e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23776  normal  0.3359 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0069  50S ribosomal protein L18  55.56 
 
 
117 aa  119  1e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0150705  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1857  50S ribosomal protein L18  57.89 
 
 
120 aa  118  2e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.58959  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0337  50S ribosomal protein L18  62.11 
 
 
120 aa  118  2e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0774  ribosomal protein L18  46.61 
 
 
122 aa  118  2e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0706  50S ribosomal protein L18  48.31 
 
 
120 aa  118  2e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  5.04342e-08  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3312  50S ribosomal protein L18  50.86 
 
 
122 aa  118  2e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.52303e-10 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1561  50S ribosomal protein L18  54.55 
 
 
120 aa  119  2e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.467106  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1348  50S ribosomal protein L18  56.76 
 
 
120 aa  118  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  4.32903e-05  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2574  50S ribosomal protein L18  51.82 
 
 
120 aa  119  2e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1446  50S ribosomal protein L18  55.86 
 
 
120 aa  118  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.267488 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2185  50S ribosomal protein L18  60 
 
 
120 aa  117  4e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.954863  normal  0.731843 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0510  50S ribosomal protein L18  48.72 
 
 
119 aa  117  4e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.574759  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2463  50S ribosomal protein L18  60 
 
 
120 aa  117  4e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212338  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0449  50S ribosomal protein L18  48.72 
 
 
119 aa  117  6e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.540056  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1269  ribosomal protein L18  51.69 
 
 
120 aa  117  6e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0066  50S ribosomal protein L18  54.7 
 
 
117 aa  116  8e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000122538  hitchhiker  2.07264e-13 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2695  ribosomal protein L18  52.99 
 
 
119 aa  115  1e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1169  50S ribosomal protein L18  58.16 
 
 
121 aa  116  1e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0336131  normal  0.0947713 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3651  50S ribosomal protein L18  47.46 
 
 
122 aa  115  1e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  4.55959e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0774  ribosomal protein L18  47.86 
 
 
122 aa  116  1e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  2.6259e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0717  50S ribosomal protein L18  49.56 
 
 
122 aa  116  1e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402618  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0490  50S ribosomal protein L18  48.31 
 
 
121 aa  116  1e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0095589  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2202  50S ribosomal protein L18  60.64 
 
 
120 aa  116  1e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0988305  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0467  50S ribosomal protein L18  48.31 
 
 
121 aa  116  1e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  7.81328e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_432  ribosomal protein L18  47.46 
 
 
121 aa  115  2e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  1.58089e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0397  50S ribosomal protein L18  56.67 
 
 
121 aa  115  2e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.203848  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0389  50S ribosomal protein L18  56.67 
 
 
121 aa  115  2e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000189964  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1662  50S ribosomal protein L18P  50.42 
 
 
119 aa  115  2e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.130652  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0969  50S ribosomal protein L18  46.15 
 
 
122 aa  115  2e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0138  50S ribosomal protein L18  51.28 
 
 
120 aa  115  2e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.4273e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0147  50S ribosomal protein L18  51.28 
 
 
120 aa  115  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  7.02498e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0126  50S ribosomal protein L18  51.28 
 
 
120 aa  115  3e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0315012  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2309  50S ribosomal protein L18  55.83 
 
 
121 aa  115  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0354463  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0122  50S ribosomal protein L18  51.28 
 
 
120 aa  115  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.09989e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0883  50S ribosomal protein L18  48.72 
 
 
121 aa  115  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.418113  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>