More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0512 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0512  50S ribosomal protein L6  100 
 
 
174 aa  354  3e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000124699  unclonable  1.61683e-11 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0342  50S ribosomal protein L6  100 
 
 
174 aa  354  3e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.202734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5064  50S ribosomal protein L6  62.36 
 
 
177 aa  225  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  9.65255e-14  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09000  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 
177 aa  224  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.31703e-06  normal  0.1847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0852  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 
177 aa  224  4e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115405  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0499  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  3.56471e-06  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0469  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  2.06818e-05  hitchhiker  2.93736e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4734  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000597715  normal  0.617382 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0502  50S ribosomal protein L6  62.15 
 
 
177 aa  223  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.23092e-06  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4533  50S ribosomal protein L6  62.71 
 
 
177 aa  222  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000653047  normal  0.0640617 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2309  ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  222  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0641  ribosomal protein L6  61.8 
 
 
177 aa  221  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000196267  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0734  50S ribosomal protein L6  60.45 
 
 
177 aa  219  2e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000390696  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00953  50S ribosomal protein L6  59.89 
 
 
177 aa  218  4e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0734749  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3894  50S ribosomal protein L6  61.45 
 
 
177 aa  216  9e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  1.49542e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0310  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  216  1e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000340261  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0420  50S ribosomal protein L6  61.02 
 
 
176 aa  215  3e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0146795  normal  0.235995 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0338  ribosomal protein L6  58.19 
 
 
175 aa  214  4e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  5.85971e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0974  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  213  9e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  2.34587e-06  hitchhiker  1.09608e-06 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0473  50S ribosomal protein L6  61.58 
 
 
177 aa  211  4e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0228  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  207  5e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  4.31714e-08  unclonable  8.04298e-06 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3053  50S ribosomal protein L6  59.32 
 
 
176 aa  206  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  5.12294e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0843  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
177 aa  206  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.602028  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2154  ribosomal protein L6  55.11 
 
 
176 aa  205  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0509532  normal  0.345883 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0214  50S ribosomal protein L6  57.69 
 
 
177 aa  205  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.0053e-07  hitchhiker  1.58568e-09 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2357  50S ribosomal protein L6  58.66 
 
 
177 aa  205  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.700236  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4261  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
177 aa  206  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.21964e-07  unclonable  2.81926e-12 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0075  50S ribosomal protein L6  58.66 
 
 
177 aa  206  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0536854  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3323  50S ribosomal protein L6  56.74 
 
 
177 aa  205  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00060748  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0214  50S ribosomal protein L6  57.69 
 
 
177 aa  205  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000958159  unclonable  1.52518e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0209  50S ribosomal protein L6  57.69 
 
 
177 aa  205  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000225303  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3744  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
177 aa  205  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  6.40948e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3302  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  204  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.207153  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0499  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 
177 aa  204  5e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000112242  normal  0.0683389 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0598  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
177 aa  204  6e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.3887e-08  normal  0.735029 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0298  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
177 aa  204  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.38851e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3899  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
177 aa  204  6e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.39368e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1004  50S ribosomal protein L6  57.69 
 
 
177 aa  204  6e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00326754  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0246  50S ribosomal protein L6  57.14 
 
 
177 aa  203  8e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3807  50S ribosomal protein L6  58.1 
 
 
177 aa  202  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4041  50S ribosomal protein L6  57.14 
 
 
177 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  8.05939e-05  unclonable  3.07302e-12 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0199  50S ribosomal protein L6  56.82 
 
 
176 aa  202  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  5.86968e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4155  50S ribosomal protein L6  57.14 
 
 
177 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  6.00192e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0211  50S ribosomal protein L6  57.14 
 
 
177 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.16546e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0215  50S ribosomal protein L6  57.14 
 
 
177 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  hitchhiker  0.000114271 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0504  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 
177 aa  202  3e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00191336  hitchhiker  0.0041563 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0436  50S ribosomal protein L6P  55.62 
 
 
176 aa  201  3e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0157307  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3154  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0206863  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3986  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
177 aa  201  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0087686  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3164  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 
177 aa  201  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000424619  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4529  50S ribosomal protein L6  57.54 
 
 
177 aa  201  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  1.52303e-06  hitchhiker  0.000162155 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3761  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0024508  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2309  ribosomal protein L6  55.56 
 
 
178 aa  201  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  5.83709e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3493  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.393113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3789  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3731  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000218121  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0441  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  202  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.96356e-09  hitchhiker  0.000109216 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1939  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0207492  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2617  50S ribosomal protein L6  58.19 
 
 
176 aa  202  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00663642  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3694  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0880192  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3729  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0348679 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3621  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0403056  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3621  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000291027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4302  50S ribosomal protein L6  55.68 
 
 
176 aa  201  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.5349e-08  unclonable  6.36307e-11 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0185  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  5e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.22994e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0264  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
176 aa  201  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000279479  hitchhiker  0.0041278 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0163  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  3.87746e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3600  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00731053  normal  0.0167726 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2935  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 
177 aa  200  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0214974  hitchhiker  1.01172e-06 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03107  hypothetical protein  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000133235  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03156  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000273178  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3690  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.70909e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4628  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000296835  normal  0.936677 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3499  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.06274e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0408  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000304254  hitchhiker  2.62117e-06 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0408  ribosomal protein L6 signature 1  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.181e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3788  50S ribosomal protein L6  57.63 
 
 
177 aa  201  6e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.56973e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3282  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 
177 aa  201  6e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  4.90691e-05  hitchhiker  8.52439e-06 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0509  50S ribosomal protein L6  56.25 
 
 
175 aa  200  8e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.910827  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3004  50S ribosomal protein L6  55.37 
 
 
177 aa  200  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0215907  normal  0.0568797 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2824  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  199  1e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0379678  normal  0.19351 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0448  50S ribosomal protein L6  56.25 
 
 
175 aa  200  1e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.935491  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4675  50S ribosomal protein L6  55.11 
 
 
176 aa  199  1e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000105609  unclonable  9.08127e-09 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2159  50S ribosomal protein L6  56.42 
 
 
177 aa  199  1e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.02064e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0334  50S ribosomal protein L6  59.22 
 
 
176 aa  199  2e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.27572e-11  unclonable  4.88908e-08 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0329  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
176 aa  199  2e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00323508  decreased coverage  0.00332979 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3792  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  199  2e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.274379  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0282  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  199  2e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00574931  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0420  50S ribosomal protein L6  56.98 
 
 
177 aa  198  3e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00669543  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0616  ribosomal protein L6  55.93 
 
 
177 aa  198  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0173  50S ribosomal protein L6  53.98 
 
 
176 aa  198  4e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.11848e-05  decreased coverage  5.38106e-05 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3736  50S ribosomal protein L6  57.06 
 
 
177 aa  197  4e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.12741e-05  decreased coverage  0.00108821 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0363  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  198  4e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  9.34657e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0342  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  198  4e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0157965  normal  0.0125773 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2744  50S ribosomal protein L6  56.5 
 
 
176 aa  198  4e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000130297  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00745  50S ribosomal protein L6  56.42 
 
 
177 aa  197  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0338  50S ribosomal protein L6  56.42 
 
 
177 aa  197  6e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000132809  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0068  50S ribosomal protein L6  52.54 
 
 
177 aa  197  6e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00100116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0291  50S ribosomal protein L6  55.93 
 
 
176 aa  197  7e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  8.75703e-07  normal  0.0218003 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001727  LSU ribosomal protein L6p (L9e)  56.98 
 
 
177 aa  196  9e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.94026e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>