116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0343 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0343  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 
87 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.343465  normal  0.703045 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0164  S4 domain protein  100 
 
 
87 aa  169  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0086  RNA-binding S4  53.73 
 
 
89 aa  73.2  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0510355  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0136  RNA-binding S4 domain protein  45.12 
 
 
90 aa  70.5  0.000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.170322  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0528  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.31 
 
 
87 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000233006  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0541  RNA-binding S4 domain-containing protein  52.31 
 
 
87 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000262722  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0076  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.75 
 
 
88 aa  69.7  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0052  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.67 
 
 
91 aa  67.8  0.00000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.052055  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0054  RNA-binding S4 domain protein  47.22 
 
 
90 aa  67.8  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0449701  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0116  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.27 
 
 
80 aa  67  0.00000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0400  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  44.44 
 
 
93 aa  66.6  0.0000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0052  RNA-binding S4 domain-containing protein  49.23 
 
 
91 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2801  S4 domain-containing protein  41.46 
 
 
86 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000568506  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2487  S4 domain-containing protein  41.46 
 
 
86 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.0000000000325164  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0220  RNA-binding S4 domain protein  43.06 
 
 
86 aa  65.9  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.126994  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0052  RNA-binding S4 domain protein  47.56 
 
 
93 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0688  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.45 
 
 
81 aa  65.5  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0948167  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0093  RNA-binding S4 domain protein  39.02 
 
 
82 aa  65.1  0.0000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000415805  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3084  RNA-binding S4 domain protein  41.79 
 
 
79 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000350444  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0649  RNA-binding S4 domain protein  42.65 
 
 
80 aa  65.1  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000000916676  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0055  S4 domain-containing protein  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.28078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0056  S4 domain-containing protein  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0052  heat shock protein 15  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000120975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0052  heat shock protein 15  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69267  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0056  s4 domain-containing protein  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00178771  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1221  RNA-binding S4 domain protein  47.54 
 
 
89 aa  64.3  0.0000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000000180321  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0066  S4 domain protein  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0453623  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0062  S4 domain protein  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.244767  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5254  S4 domain protein  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00238131  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0063  S4 domain protein  51.67 
 
 
91 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0263  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.44 
 
 
90 aa  63.2  0.000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0144  S4 domain-containing protein  40.24 
 
 
87 aa  62.4  0.000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0012  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  37.5 
 
 
89 aa  62  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2658  RNA-binding S4  46.27 
 
 
79 aa  61.6  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000195193  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0187  RNA-binding S4 domain protein  45.56 
 
 
100 aa  60.5  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0184  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  41.54 
 
 
86 aa  60.5  0.000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0272  ribosome-associated heat shock protein implicated in the recycling of the 50S subunit S4-like protein  41.89 
 
 
91 aa  60.1  0.000000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2068  RNA-binding S4 domain protein  42.11 
 
 
81 aa  58.2  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0134  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.62 
 
 
79 aa  57.4  0.00000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000111292  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1262  RNA-binding S4 domain protein  40.62 
 
 
83 aa  56.6  0.0000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0620  RNA-binding S4 domain protein  46.03 
 
 
81 aa  56.6  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.215008  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0084  hypothetical protein  37.5 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0010  S4 domain-containing protein  35.62 
 
 
90 aa  56.2  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0693  S4 domain-containing protein  33.33 
 
 
81 aa  55.5  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0008  S4 domain-containing protein  40.62 
 
 
91 aa  55.1  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.340534  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0768  S4 domain-containing protein  31.94 
 
 
81 aa  54.3  0.0000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.515789  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1332  S4 domain-containing protein  31.94 
 
 
81 aa  54.3  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1980  S4 domain-containing protein  42.19 
 
 
81 aa  53.9  0.0000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1237  uroporphyrinogen decarboxylase  37.5 
 
 
81 aa  54.3  0.0000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1380  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.62 
 
 
77 aa  52.4  0.000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.278565  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.36 
 
 
93 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1152  RNA-binding S4  31.51 
 
 
82 aa  48.1  0.00004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1066  S4 domain-containing protein  29.17 
 
 
81 aa  48.1  0.00004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0753  S4 RNA-binding domain protein  34.38 
 
 
82 aa  47.8  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  36.14 
 
 
135 aa  47.4  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0965  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.33 
 
 
79 aa  47.4  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.94 
 
 
149 aa  47  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0850  S4 domain-containing protein  32.81 
 
 
81 aa  46.2  0.0001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00127812  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  36.14 
 
 
135 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3766  RNA-binding S4 domain protein  40.51 
 
 
122 aa  45.4  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3836  RNA-binding S4  35.37 
 
 
135 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0249  RNA-binding S4 domain protein  40.82 
 
 
137 aa  45.4  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0263  RNA-binding S4  35.37 
 
 
135 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.37 
 
 
157 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0747  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.37 
 
 
135 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.503491  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.37 
 
 
135 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.78 
 
 
133 aa  44.7  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  36.62 
 
 
96 aa  44.3  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  34.57 
 
 
124 aa  44.3  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2637  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.37 
 
 
135 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0717  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.37 
 
 
135 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  42.62 
 
 
95 aa  43.9  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.19 
 
 
137 aa  43.9  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  36.14 
 
 
93 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4736  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.78 
 
 
132 aa  43.9  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00728557  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  35.37 
 
 
135 aa  43.5  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0859  RNA-binding S4 domain protein  48.94 
 
 
132 aa  43.5  0.0009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00617037 
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  35.8 
 
 
137 aa  43.5  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  35.8 
 
 
133 aa  43.5  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4360  RNA-binding S4 domain-containing protein  36.73 
 
 
132 aa  43.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0783  RNA-binding S4 domain protein  36.11 
 
 
117 aa  43.5  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  29.76 
 
 
131 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1002  RNA-binding S4  32.53 
 
 
131 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.320344 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0879  RNA-binding S4 domain protein  42.31 
 
 
128 aa  42.7  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.29 
 
 
131 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  29.41 
 
 
132 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3749  RNA-binding S4 domain protein  43.55 
 
 
127 aa  42.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3621  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.3 
 
 
130 aa  42  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0308418  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  29.41 
 
 
132 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  29.07 
 
 
135 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0328  RNA-binding S4 domain protein  36.73 
 
 
137 aa  42  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0313  RNA-binding S4 domain protein  34.69 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.78 
 
 
134 aa  41.2  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.06 
 
 
129 aa  41.6  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.69 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.69 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.69 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.69 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.69 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  34.69 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>