72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0307 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0307  hypothetical protein  100 
 
 
280 aa  574  1e-163  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  2.84732e-05  decreased coverage  6.57786e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0137  hypothetical protein  100 
 
 
447 aa  555  1e-157  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0760948  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1497  hypothetical protein  50 
 
 
442 aa  250  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.291485  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1215  outer membrane porin  50 
 
 
442 aa  250  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  3.87662e-06  hitchhiker  1.48872e-08 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1991  hypothetical protein  42.28 
 
 
428 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0954759  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1660  outer membrane porin  42.28 
 
 
428 aa  183  3e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.448938 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0114  hypothetical protein  29.86 
 
 
483 aa  87.8  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.853586  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1540  outer membrane porin  31.29 
 
 
456 aa  84  3e-15  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000339272  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0366  outer membrane porin  30.32 
 
 
403 aa  81.3  2e-14  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.02534e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0019  outer membrane porin  31.52 
 
 
402 aa  75.9  8e-13  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00360128  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1456  hypothetical protein  28.12 
 
 
450 aa  71.6  1e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2788  outer membrane porin  32.14 
 
 
413 aa  68.6  1e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.149615 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0734  outer membrane porin  29.36 
 
 
384 aa  67  3e-10  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.536638  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3627  outer membrane porin  30.23 
 
 
435 aa  66.6  4e-10  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4147  outer membrane porin  23.67 
 
 
407 aa  65.5  9e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.17719 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3385  outer membrane porin  27.34 
 
 
412 aa  63.9  2e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.228993  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3175  outer membrane porin  30 
 
 
420 aa  62.8  6e-09  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.442937  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0469  outer membrane porin  29.12 
 
 
432 aa  59.7  5e-08  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.34788e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0715  outer membrane porin  33.12 
 
 
451 aa  59.3  6e-08  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0142723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0255  outer membrane porin  23.38 
 
 
406 aa  58.9  8e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1155  outer membrane porin  29.05 
 
 
413 aa  56.2  6e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.864338  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4293  outer membrane porin  24.48 
 
 
398 aa  54.7  2e-06  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0195017  normal  0.981008 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0474  outer membrane porin  28.49 
 
 
407 aa  53.9  3e-06  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  4.58474e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2087  outer membrane porin  28.11 
 
 
452 aa  52.4  9e-06  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  24.44 
 
 
409 aa  51.6  1e-05  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  29.41 
 
 
412 aa  51.2  2e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  24.87 
 
 
409 aa  51.2  2e-05  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0265  hypothetical protein  27.4 
 
 
493 aa  51.2  2e-05  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  2.73485e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1951  hypothetical protein  26.23 
 
 
424 aa  50.4  3e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2309  hypothetical protein  26.23 
 
 
424 aa  50.4  3e-05  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0988635  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2207  metalloid reductase RarA  26.92 
 
 
458 aa  48.5  0.0001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  29.72 
 
 
447 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  29.72 
 
 
447 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  5.82651e-06 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  30.06 
 
 
416 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  29.72 
 
 
447 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  29.72 
 
 
447 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  27.6 
 
 
443 aa  47.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  29.45 
 
 
416 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  26.51 
 
 
417 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  29.79 
 
 
467 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  22.28 
 
 
433 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  22.77 
 
 
429 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  28.43 
 
 
425 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3692  outer membrane porin  25.77 
 
 
417 aa  46.2  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.844156  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  23.28 
 
 
417 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  27.93 
 
 
472 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  27.75 
 
 
416 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  22.05 
 
 
421 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  24.03 
 
 
421 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  28.43 
 
 
425 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  29.76 
 
 
421 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  21.65 
 
 
421 aa  45.4  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  29.76 
 
 
421 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  26.19 
 
 
423 aa  44.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  25.57 
 
 
431 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  27.11 
 
 
417 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1463  hypothetical protein  24.24 
 
 
435 aa  44.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  25.65 
 
 
430 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  27.37 
 
 
441 aa  43.9  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  27.08 
 
 
446 aa  43.5  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  29.26 
 
 
441 aa  43.5  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  24 
 
 
440 aa  43.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  23.44 
 
 
429 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  23.43 
 
 
440 aa  42.7  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  28.57 
 
 
430 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  28.04 
 
 
441 aa  42.7  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  28.29 
 
 
431 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  24.73 
 
 
418 aa  42.7  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  27.85 
 
 
411 aa  42.4  0.008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  27.14 
 
 
428 aa  42.4  0.009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  25.51 
 
 
420 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  27.78 
 
 
416 aa  42.4  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>