More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0062 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
193 aa  386  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
193 aa  386  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.52 
 
 
205 aa  194  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.52 
 
 
205 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0139  Holliday junction DNA helicase RuvA  50.25 
 
 
199 aa  192  3e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.03 
 
 
205 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.03 
 
 
205 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.26 
 
 
202 aa  190  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  49.75 
 
 
201 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.5 
 
 
200 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.77 
 
 
202 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.5 
 
 
201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.5 
 
 
201 aa  182  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.27 
 
 
202 aa  182  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.6 
 
 
208 aa  181  6e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.78 
 
 
202 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.21 
 
 
197 aa  180  9.000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.73 
 
 
200 aa  180  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.12 
 
 
205 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2033  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.63 
 
 
205 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00030841  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1847  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  46.97 
 
 
206 aa  176  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0445343  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.87 
 
 
223 aa  176  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2363  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.16 
 
 
205 aa  176  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00132923  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.65 
 
 
205 aa  175  4e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.97 
 
 
204 aa  174  6e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.16 
 
 
205 aa  174  7e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.16 
 
 
205 aa  174  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.16 
 
 
205 aa  174  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1840  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.63 
 
 
205 aa  174  7e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.175833 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2572  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.31 
 
 
205 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0232474  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  41.58 
 
 
203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  43.84 
 
 
206 aa  171  6.999999999999999e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.43 
 
 
200 aa  171  6.999999999999999e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.08 
 
 
203 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1437  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.87 
 
 
204 aa  171  7.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.43 
 
 
200 aa  171  9e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0484  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.64 
 
 
193 aa  169  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1938  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
205 aa  169  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00077844  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.26 
 
 
207 aa  169  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1222  Holliday junction DNA helicase RuvA  47.26 
 
 
201 aa  169  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550433  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.46 
 
 
206 aa  168  5e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2076  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
205 aa  167  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.438835  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
205 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
205 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
205 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.18 
 
 
205 aa  167  7e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.24 
 
 
197 aa  167  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.69 
 
 
206 aa  165  4e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
209 aa  164  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.83 
 
 
192 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
203 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
203 aa  162  3e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
203 aa  162  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
203 aa  162  3e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
203 aa  162  3e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
203 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.29 
 
 
203 aa  162  3e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  42.29 
 
 
203 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
203 aa  162  4.0000000000000004e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0285195  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  42.29 
 
 
203 aa  162  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3345  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.71 
 
 
193 aa  161  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0616  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.71 
 
 
193 aa  160  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
203 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  45.64 
 
 
191 aa  160  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
204 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
203 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
203 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2353  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.62 
 
 
194 aa  160  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.547794 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
203 aa  160  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
204 aa  160  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
204 aa  160  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.4 
 
 
200 aa  159  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.49 
 
 
209 aa  159  3e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.71 
 
 
190 aa  158  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.65 
 
 
199 aa  157  8e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.65 
 
 
199 aa  157  8e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.21 
 
 
199 aa  157  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
204 aa  156  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.69 
 
 
197 aa  157  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0501  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.39 
 
 
193 aa  156  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2116  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.14 
 
 
211 aa  155  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.79 
 
 
194 aa  155  3e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0424  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.7 
 
 
193 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.702078  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  42 
 
 
198 aa  154  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0392  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.88 
 
 
193 aa  154  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.938201 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  41 
 
 
199 aa  154  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2146  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.79 
 
 
204 aa  153  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233451  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0377  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.88 
 
 
193 aa  153  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.21 
 
 
199 aa  154  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36700  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.29 
 
 
204 aa  153  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
200 aa  153  1e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0313  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.18 
 
 
196 aa  153  2e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178792  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.64 
 
 
193 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1129  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
193 aa  151  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0267  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
193 aa  151  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2354  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
193 aa  151  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3406  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
193 aa  151  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3400  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
193 aa  151  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2533  Holliday junction DNA helicase RuvA  45.13 
 
 
193 aa  151  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>