More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0018 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  100 
 
 
365 aa  720    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  100 
 
 
365 aa  720    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  49.58 
 
 
364 aa  297  2e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  47.84 
 
 
372 aa  290  3e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  48.75 
 
 
388 aa  290  4e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  47.75 
 
 
375 aa  285  7e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0097  DNA protecting protein DprA  50.53 
 
 
387 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  48.52 
 
 
379 aa  279  6e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  48.49 
 
 
368 aa  272  5.000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  52.66 
 
 
320 aa  271  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6479  SMF protein  44.2 
 
 
448 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.848521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  47.44 
 
 
374 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3394  DNA protecting protein DprA  47.88 
 
 
386 aa  270  4e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  46.38 
 
 
401 aa  269  7e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4049  Fis family transcriptional regulator  47.49 
 
 
386 aa  267  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  48.4 
 
 
384 aa  267  2e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  46.69 
 
 
379 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  43.63 
 
 
361 aa  264  2e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4084  DNA protecting protein DprA  47.21 
 
 
399 aa  264  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168592  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  44.2 
 
 
421 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  43.34 
 
 
361 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  46.58 
 
 
408 aa  260  3e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3144  DNA protecting protein DprA  44.56 
 
 
422 aa  259  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  45.9 
 
 
377 aa  258  9e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  47.8 
 
 
366 aa  258  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  47.66 
 
 
365 aa  258  1e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  46.03 
 
 
358 aa  257  2e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  50.17 
 
 
336 aa  256  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3183  DNA protecting protein DprA  43.8 
 
 
422 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  48.12 
 
 
308 aa  256  6e-67  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3128  DNA protecting protein DprA  43.8 
 
 
475 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.328888  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1867  DNA protecting protein DprA  43.22 
 
 
381 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1931  DNA processing chain A  43.22 
 
 
381 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  45.59 
 
 
422 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2514  DNA processing protein DprA, putative  43.54 
 
 
475 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  46.67 
 
 
399 aa  253  5.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  42.07 
 
 
377 aa  253  5.000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0835  DNA protecting protein DprA  45.27 
 
 
405 aa  252  9.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  47.78 
 
 
296 aa  251  1e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  46.28 
 
 
389 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3862  DNA processing protein DprA, putative  41.5 
 
 
409 aa  251  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  46.52 
 
 
365 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3066  DNA protecting protein DprA  42.53 
 
 
422 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3267  DNA protecting protein DprA  45.3 
 
 
364 aa  250  3e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000733179  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  48.19 
 
 
358 aa  249  4e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  42.66 
 
 
399 aa  249  4e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  48.48 
 
 
366 aa  249  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3681  DNA protecting protein DprA  45.84 
 
 
402 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  40.34 
 
 
373 aa  249  7e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  45.68 
 
 
365 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3358  DNA protecting protein DprA  45.58 
 
 
401 aa  248  1e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.496729  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0148  DNA protecting protein DprA  52.86 
 
 
434 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5115  DNA protecting protein DprA  46.34 
 
 
382 aa  246  3e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  44.82 
 
 
394 aa  245  9e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  41.46 
 
 
369 aa  245  9e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  40.06 
 
 
406 aa  244  9.999999999999999e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0157  DNA protecting protein DprA  52.53 
 
 
434 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.38909  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2273  DNA protecting protein DprA  52.86 
 
 
396 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0141  DNA processing protein DprA, putative  52.86 
 
 
396 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3690  DNA protecting protein DprA  40.88 
 
 
359 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2350  DNA protecting protein DprA  52.86 
 
 
434 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2808  DNA protecting protein DprA  52.86 
 
 
434 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  42.2 
 
 
352 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4546  DNA protecting protein DprA  42.46 
 
 
369 aa  243  3e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0345  SMF family protein  52.86 
 
 
434 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  39.61 
 
 
373 aa  242  9e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  41.69 
 
 
369 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  40.78 
 
 
360 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1985  DNA protecting protein DprA  44.38 
 
 
385 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  45.96 
 
 
365 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  46.84 
 
 
368 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  47.7 
 
 
338 aa  239  5e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  47.7 
 
 
338 aa  239  8e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  47.7 
 
 
338 aa  239  8e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  47 
 
 
338 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  42.02 
 
 
369 aa  237  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  39.78 
 
 
379 aa  237  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0459  DNA protecting protein DprA  38.48 
 
 
370 aa  237  2e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000016133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  49.67 
 
 
362 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3587  DNA protecting protein DprA  43.65 
 
 
375 aa  236  4e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  45.7 
 
 
340 aa  236  6e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  39.72 
 
 
368 aa  235  7e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3341  DNA processing protein DprA, putative  43.09 
 
 
385 aa  235  7e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  44.6 
 
 
372 aa  235  9e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2444  DNA protecting protein DprA  41.38 
 
 
389 aa  235  9e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000433746  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0127  DNA processing protein DprA, putative  51.69 
 
 
433 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0045  DNA protecting protein DprA  50.54 
 
 
405 aa  234  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  45.67 
 
 
338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0348  DNA protecting protein DprA  45.72 
 
 
379 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.083083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  45.67 
 
 
338 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  45.33 
 
 
338 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  45.67 
 
 
338 aa  233  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  45.98 
 
 
311 aa  233  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  46.7 
 
 
362 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  45.56 
 
 
365 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  41.16 
 
 
362 aa  231  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0212  DNA protecting protein DprA  41.4 
 
 
386 aa  231  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00622091  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  42.95 
 
 
331 aa  231  2e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3125  DNA protecting protein DprA  42.96 
 
 
425 aa  231  2e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142757 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1025  DNA processing protein DprA, putative  40.66 
 
 
361 aa  229  5e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00128425  unclonable  0.00000000696536 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>